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zengjiarui

新虫 (初入文坛)

[求助] 诚心请教:两株菌的16S测序结果很相似,可以算是同一株菌吗?谢谢!已有4人参与

分离了一些肠球菌,27F和1492R引物对扩增测序后,发现它们的序列信息很相似,很多只在序列的首尾部分有一些不同碱基,请教一下它们会是同一株菌吗?非常感谢!
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pansyg12

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不是可以把序列拿去NCBI里比对
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2楼2021-01-08 16:47:36
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嘟嘟熊levi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看你的实验目的,单单只是做一个鉴定,NCBI中去比对就好了,看得分和相似性。如果要是论文中的一部分数据,还要建树,还有其他的形态和生理生化鉴定。
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我凝望天涯,寻觅我的诗句
3楼2021-01-08 20:19:36
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zengjiarui

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pansyg12 at 2021-01-08 16:47:36
不是可以把序列拿去NCBI里比对

已经在NCBI里比对过了,大概可以确认种属,只是不知道我得到的那几株菌,会不会其实是同一株?
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4楼2021-01-08 20:26:26
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zengjiarui

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 嘟嘟熊levi at 2021-01-08 20:19:36
看你的实验目的,单单只是做一个鉴定,NCBI中去比对就好了,看得分和相似性。如果要是论文中的一部分数据,还要建树,还有其他的形态和生理生化鉴定。

其实主要问题不是鉴定种属,而是想确认一下,分离得到的那几株菌,会不会其实是同一株?毕竟它们的16S序列很相似
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5楼2021-01-08 20:27:58
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zg14151

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zengjiarui at 2021-01-08 20:27:58
其实主要问题不是鉴定种属,而是想确认一下,分离得到的那几株菌,会不会其实是同一株?毕竟它们的16S序列很相似...

如果是同一个样品中分离到的,就可能性大,

发自小木虫Android客户端
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6楼2021-01-08 23:13:35
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doukezhiwu

木虫 (著名写手)

建议再做其他持家基因的序列扩增和测序,更容易确定是否同意菌株。
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7楼2021-01-11 23:22:22
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独登楼倚栏

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

16S一致度多高?可以做形态、生理生化指标的一些分析
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8楼2021-01-12 23:07:21
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minghong222

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zengjiarui: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2021-01-14 10:02:29
将16S测序结果去掉头尾峰值较差的碱基后,将你测得的几株菌序列在NCBI中进行两两比对,看一下相似性到底有多高,如果相似性在99%以上,那证实是同一个种。在这个前提下,如果同一个样品、同一种培养基上挑取纯化的菌落,基本上可以证实是同一株菌;但如果是在不同样品、不同分离培养基下挑取的菌株,即使相似性是在99%以上,也只能证实是同一个种,但不能证实是同一株菌。如果想进一步证实是否是同一株菌,就要将这几株菌在同等条件下,一起进行生理生化实验,如果生理生化实验相同,可以证实是同一株菌。
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此处是知识的摇篮,解惑的圣地
9楼2021-01-13 09:30:36
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wamt6904

无虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小冀-: 金币-10, 屏蔽内容, 违规存档, 本版块禁止发一切形式的广告、链接及联系方式 2021-01-19 16:18:59
本帖内容被屏蔽

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10楼2021-01-13 21:27:39
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