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No2学海无涯

新虫 (正式写手)

[求助] gulp命令问题

1.命令"harmonic intra bond single kcal"中的kcal是什么意思?表示以下键常数的单位是kcal/mol?如果不加kcal,是否表示键常数的单位为ev?
2.我用“coulomb_subtract x13 0.5”设置了1-4库伦相互作用为0.5,奇怪的是输出为lammps文件时显示1-4库伦相互作用为0,正常吗?
3.我的力场是opls-aa,我想用gulp做lattice dynamics,然而发现gulp中的torsion的函数形式没有lammps中opls-torsion的函数形式,只能利用倍角公式转化用Ryckaert-Bellemans函数,请问这种表达对吗:
ryckaert  4   
H1  core   O1   core  C1  core  C2  core  -0.00455800000000000        1.8 1.8 1.8 5.4
-0.0393880000000000                0.0286380000000000                0.0105780000000000  0       
4.找了一些例子,以下截取的一部分中为什么要多次重复“harmonic intra bond single kcal”?都一样,写一次不就够了?
harmonic intra bond single kcal
C2  core C2  core 938.0  1.40
C2  core C3  core 938.0  1.40
harmonic intra bond single kcal
C3  core C7  core 634.0  1.51
C2  core H1  core 734.0  1.08
harmonic intra bond single kcal
C7  core C5  core 536.0  1.529
C5  core C5  core 536.0  1.529
harmonic intra bond single kcal
C7  core C1  core 634.0  1.51
C5  core C4  core 634.0  1.51
C6  core O2  core 640.0  1.41
C5  core H2  core 680.0  1.09
C6  core H2  core 680.0  1.09
C4  core O1  core 1040.0 1.229
C4  core O2  core 428.0  1.327
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No2学海无涯

新虫 (正式写手)

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2楼2020-11-25 15:10:02
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No2学海无涯

新虫 (正式写手)

three-body
Type        Option
Format        three <exponential/vessal/cosine> <k3> <k4> <nbeq/nbne nbond> <intra/inter> <bond/mol> <kcal/kjmol/degree>
atom1 atom2 atom3 k <k3> <k4> theta0 <rmin(1-2)> rmax(1-2) <rmin(1-3)> rmax(1-3) &
<rmin(2-3)> rmax(2-3) <2-4 flags>
Units        k in eVrad**-2, k3 in eVrad**-3, k4 in eVrad**-4 (for standard)
k in eVrad**-2 (for exponential/vessal)
k, k3 and k4 in eV (for cosine)
theta0 in degrees, rmin & rmax in Angs
Default        none
Use        Three-body potentials about atom1. k is force constant and theta0
the equilibrium angle. Optional flags are for fitting. Atom 1 is
the middle atom of the triad about which the force acts.

还有一个今天才发现的问题,角的中心原子应该写在第一个?如果a,b,c三个原子成一个角,应该写做:b,a,c?真是奇怪
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3楼2020-11-25 15:13:28
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