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水天一色元

新虫 (正式写手)

[求助] 小白求教回复审稿人关于Gene Ontology方法的问题已有1人参与

投稿BMC，由于对Gene Ontology富集分析不太了解，所以不知该怎么回复审稿人才好？
其中一位审稿人提出
Question 2: The enrichment analysis is unclear, in particular as regards the GO classification. What are the used method and thresholds? Please clarify. Also as regards TF analysis, It is unclear if the classification and the difference among the samples are supported by an enrichment analysis. This must be clarified because in the absence of a statistical validation it is evident that the whole discussion is weak.
富集分析尚不清楚，尤其是在GO分类方面。使用的方法和阈值是什么？请澄清。此外，关于TF分析，还不清楚样品之间的分类和差异是否得到富集分析的支持。这一点必须澄清，因为在缺乏统计验证的情况下，整个讨论显然是薄弱的。
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1楼2020-11-21 23:41:16
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你做富集分析的参数，怎么排序的告诉他就行了。
你文章里对转录因子做富集分析了吗？听起来好像是审稿人要你对TF或者TF的靶基因做一个富集分析。不知道你文章里是怎么写的所以难以判断审稿人具体是什么意思。
另外，GSEA用的数学方法请阅读这篇PNAS：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1239896/
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水天一色元
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2020-11-22 13:54:08
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水天一色元

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2020-11-22 13:54:08
把你做富集分析的参数，怎么排序的告诉他就行了。
你文章里对转录因子做富集分析了吗？听起来好像是审稿人要你对TF或者TF的靶基因做一个富集分析。不知道你文章里是怎么写的所以难以判断审稿人具体是什么意思。
另 ...

非常感谢您的指点。我的这篇文章对差异基因做了富集分析，但没有对差异转录因子做富集分析。其实这个富集分析是找了相关公司合作的，所以对这个不是特别了解。现在比较为难就是不知道该怎么具体回答这个问题。还有3天就是deadline了，挺着急的。
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3楼2020-11-22 17:47:29
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Jopersen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 水天一色元 at 2020-11-22 17:47:29
非常感谢您的指点。我的这篇文章对差异基因做了富集分析，但没有对差异转录因子做富集分析。其实这个富集分析是找了相关公司合作的，所以对这个不是特别了解。现在比较为难就是不知道该怎么具体回答这个问题。还有 ...

您这个好像和我做的差不多，我也是公司给做的测序和报告，回来以后在即把转录组分析自学了一遍，好像还是很懵逼，文章写了，一直再改！您是投了哪个期刊呀！推荐一下呗

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4楼2020-11-23 10:54:50
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