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jrcs

铁虫 (初入文坛)

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[交流] 分享：生成小分子力场TOP（ITP）：生成oplsaa力场

分享：生成小分子力场TOP（ITP）：生成oplsaa力场
（原文链接： https://mp.weixin.qq.com/s/1iMBbjpaChhc8d3gwoZa_Q ）

一、使用MKTOP离线工具生成
1、进入其官方网址，输入自己的信息之后，点击send。
官网：http://www.aribeiro.net.br/mktop/
然后，在send按钮下面会出现一个蓝色的Download MKTOP，点击下载下来即可。

2、解压之后出现readme.txt文件和mktop_2.2.1.pl，我们要用的是mktop_2.2.1.pl，把其上传到linux的工作目录里面。也可以直接上传下载的压缩包，然后通过tar -xvf mktop_2.2.1.tar 命令解压也可。

3、用vi编辑器打开mktop_2.2.1.pl，修改gromacs的力场目录为自己linux系统安装gromacs的路径，即修改如下红色框里面的内容。（或者在win系统下面先修改好之后再上传上去）

一般来说后面三个路径/share/groamcs/top是一致的，只需在此前面修改为自己安装groamcs的路径如：/opt/gromacs-4.6.7/share/groamcs/top，修改完成后保存退出。

4、创建好自己分子的pdb文件。

5、由于此方法不能生成电荷，所以需要自己准备（可使用高斯等量化软件自己优化生成）按照pdb文件里面的原子顺序准备一个电荷文件（取任意名，比如：charge.txt）。电荷文件的内容仿照如下甲烷的格式编写：（切记，顺序一定要和pdb文件里面的原子顺序一致）

再次核对一下是不是和甲烷的pdb原子对应：

6、上传pdb文件和charge.txt文件到mktop_2.2.1.pl所在的目录，很多时候pdb文件是我们在win系统下面生成的，编码可能和linux系统不一样，所以生成的top文件可能会乱码，所以为保险起见，在执行之前，把pdb文件转成linux格式的，运行下面代码：
dos2unix **.pdb
**为你自己pdb文件的名字。运行后会有如下类似提示：

之后运行下面命令：
perl  mktop_2.2.1.pl  -i  methane.pdb  -c  charge.txt  -o  top.top  -ff  opls  -conect  yes
-i是识别输入的pdb文件，-c是识别输入的charge.txt文件，-o是输出top文件，-ff是选择生成的力场形式，opls故名思意，也可改为amber，也可生成amber力场的，其他力场不能生成。-conect  yes 为识别pdb文件里面的conect字段，告诉程序哪些原子是成键的。
注：假如不能获得电荷，可以不带-c  charge.txt这条命令，那么top里面生成的原子的电荷参数都是设置为0.

7、在当前目录下会生成top.top的文件，屏幕上也有如下提示：

8、若已经有top文件，仅仅是需要生成这个单分子的itp，那么可以修改生成的top.top文件名字为：**.itp,并在已有的top文件里面include即可。但是还需要删除top.top里面的一些内容，需要删除的内容如下图红框所示：


二、使用LigParGen在线工具生成
1、进入官方网站：
官网：http://www.aribeiro.net.br/mktop/

2、上传文件之后，修改相应的信息，电荷等。点击Submit Molecule分配的原子电荷是1.14*CM1A或1.14*CM1A-LBCC，前者是把CM1A电荷数值乘上1.14得到的，后者是在1.14*CM1A基础上再引入LBCC校正得到的，参考论文：J. Phys. Chem. B, 121, 3864 (2017)。

3、等待之后会出现新页面：

4、下载所需的gro文件和top文件，如下：

5、生成的itp文件如下，[ atomtypes ]字段包含了其非键参数，可以整合到力场目录的ffnonbonded.itp文件里面去。建立模型时候一定要用其生成的gro文件，不可用原来的pdb文件。

部分截图：

a.jpg

b.jpg

c.jpg

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1楼2020-09-16 09:46:20

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