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jrcs

铁虫 (初入文坛)


[交流] 分享:生成小分子力场TOP(ITP):生成oplsaa力场

分享:生成小分子力场TOP(ITP):生成oplsaa力场
(原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/1iMBbjpaChhc8d3gwoZa_Q

一、使用MKTOP离线工具生成
1、进入其官方网址,输入自己的信息之后,点击send。
官网:http://www.aribeiro.net.br/mktop/
然后,在send按钮下面会出现一个蓝色的Download MKTOP,点击下载下来即可。

2、解压之后出现readme.txt文件和mktop_2.2.1.pl,我们要用的是mktop_2.2.1.pl,把其上传到linux的工作目录里面。也可以直接上传下载的压缩包,然后通过tar -xvf mktop_2.2.1.tar 命令解压也可。

3、用vi编辑器打开mktop_2.2.1.pl,修改gromacs的力场目录为自己linux系统安装gromacs的路径,即修改如下红色框里面的内容。(或者在win系统下面先修改好之后再上传上去)

一般来说后面三个路径/share/groamcs/top是一致的,只需在此前面修改为自己安装groamcs的路径如:/opt/gromacs-4.6.7/share/groamcs/top,修改完成后保存退出。

4、创建好自己分子的pdb文件。

5、由于此方法不能生成电荷,所以需要自己准备(可使用高斯等量化软件自己优化生成)按照pdb文件里面的原子顺序准备一个电荷文件(取任意名,比如:charge.txt)。电荷文件的内容仿照如下甲烷的格式编写:(切记,顺序一定要和pdb文件里面的原子顺序一致)

再次核对一下是不是和甲烷的pdb原子对应:


6、上传pdb文件和charge.txt文件到mktop_2.2.1.pl所在的目录,很多时候pdb文件是我们在win系统下面生成的,编码可能和linux系统不一样,所以生成的top文件可能会乱码,所以为保险起见,在执行之前,把pdb文件转成linux格式的,运行下面代码:
dos2unix   **.pdb
**为你自己pdb文件的名字。运行后会有如下类似提示:

之后运行下面命令:
perl  mktop_2.2.1.pl  -i  methane.pdb  -c  charge.txt  -o  top.top  -ff  opls  -conect  yes
-i是识别输入的pdb文件,-c是识别输入的charge.txt文件,-o是输出top文件,-ff是选择生成的力场形式,opls故名思意,也可改为amber,也可生成amber力场的,其他力场不能生成。-conect  yes 为识别pdb文件里面的conect字段,告诉程序哪些原子是成键的。
注:假如不能获得电荷,可以不带-c  charge.txt这条命令,那么top里面生成的原子的电荷参数都是设置为0.

7、在当前目录下会生成top.top的文件,屏幕上也有如下提示:

8、若已经有top文件,仅仅是需要生成这个单分子的itp,那么可以修改生成的top.top文件名字为:**.itp,并在已有的top文件里面include即可。但是还需要删除top.top里面的一些内容,需要删除的内容如下图红框所示:
  

二、使用LigParGen在线工具生成
1、进入官方网站:
官网:http://www.aribeiro.net.br/mktop/

2、上传文件之后,修改相应的信息,电荷等。点击Submit Molecule分配的原子电荷是1.14*CM1A或1.14*CM1A-LBCC,前者是把CM1A电荷数值乘上1.14得到的,后者是在1.14*CM1A基础上再引入LBCC校正得到的,参考论文:J. Phys. Chem. B, 121, 3864 (2017)。

3、等待之后会出现新页面:

4、下载所需的gro文件和top文件,如下:

5、生成的itp文件如下,[ atomtypes ]字段包含了其非键参数,可以整合到力场目录的ffnonbonded.itp文件里面去。建立模型时候一定要用其生成的gro文件,不可用原来的pdb文件。

部分截图:

分享:生成小分子力场TOP(ITP):生成oplsaa力场
a.jpg


分享:生成小分子力场TOP(ITP):生成oplsaa力场-1
b.jpg


分享:生成小分子力场TOP(ITP):生成oplsaa力场-2
c.jpg
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tzynew2楼
2020-09-16 22:45   回复  
jrcs(金币+1): 谢谢参与
2020-09-21 20:29   回复  
jrcs(金币+1): 谢谢参与
666
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