【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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贾立羽

新虫 (初入文坛)

[求助] 做进化树前用BLAST下载序列的问题已有1人参与

我用BLAST找到了相关序列以后打算下载然后做进化树,但是要下载这个蛋白的全部序列还是下载对比之后的aligned序列啊?如果下载aligned序列就会删掉一部分,但是下载全序列又有很多冗余的序列出现,所以到底用哪个做树才好一直不是很明白,有没有高人给讲解一下?生信小白,非常感谢!

做进化树前用BLAST下载序列的问题
如图
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澄江

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我觉得比对好后的吧,你即使下全序列,构建进化树之前还需要比对,才能构建。最好两种都试下,看看有没有差别
2楼2020-07-30 10:58:38
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贾立羽

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 澄江 at 2020-07-30 10:58:38
我觉得比对好后的吧,你即使下全序列,构建进化树之前还需要比对,才能构建。最好两种都试下,看看有没有差别

如果不用全序列的话会去掉一大段的多余序列呀,我现在做的蛋白有的物种里长800aa有的长500aa,一下载aligned以后就会去掉两百多的长度,这个有什么影响吗
3楼2020-07-31 09:10:09
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