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喵帕斯儿

新虫 (小有名气)

[求助] 使用msi2lmp工具,lammps的data文件中molecule-ID无法正确生成的问题

如题,我是做水合物模拟方向的,使用material studio建好模型后,使用cvff力场run后,导出car文件,然后使用msi2lmp工具转化为lammps的data文件,然后发现第二列(即molecule-id)不正确,如图1所示。然而别人的data文件中,o h h三个原子为一组(一个水分子),编号整齐,如图2所示。想问下诸位,如何才能实现这样的效果,是material studio中不支持正确的分子编号?还是我使用msi2lmp工具有误?还是说需要后期编脚本自行修改?

使用msi2lmp工具,lammps的data文件中molecule-ID无法正确生成的问题
1(我生成的data文件).jpg


使用msi2lmp工具,lammps的data文件中molecule-ID无法正确生成的问题-1
2(正确的格式).jpg
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

楼主解决了么?
2楼2020-10-13 15:17:52
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hooge

木虫 (正式写手)

楼主解决得如何?
世界是分为你和他人两个方面的!
3楼2022-01-04 16:32:52
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