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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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lzysnbb

新虫 (小有名气)

[交流] 使用Materials Studio构建MOF模型已有5人参与

各位大佬,我从剑桥数据库中下载了相关的MOF.cif格式的模型,使用MS打开之后感觉模型中缺少一下原子(如图我圈出来的地方,明显是缺少一部分苯环和金属原子)。所以想请问一下用没有前辈,或者做过这方面的大佬,指点一下,这些缺少的原子怎么添加上。或者说这些缺少的原子不会影响后续的计算模拟?

使用Materials Studio构建MOF模型
Inkedcapture_20200413143853047_LI.jpg


使用Materials Studio构建MOF模型-1
Inkedcapture_20200417102233685_LI.jpg
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郭同学

金虫 (著名写手)


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可以尝试用其他软件如diamond打开,如果还是这个问题,建议直接联系该作者,或者先其他的结构

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2楼2020-04-28 23:58:22
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lzysnbb

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 郭同学 at 2020-04-28 23:58:22
可以尝试用其他软件如diamond打开,如果还是这个问题,建议直接联系该作者,或者先其他的结构

感谢大佬。最近刚刚看到一篇文章,也是一样的模型,但是文章中就直接建了一个1×1×4的超晶胞就开始模拟了😂先打算就这样模拟试试,不行再换种软件。
3楼2020-04-29 14:10:12
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郭同学

金虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
缺少原子,晶胞不对的话,算了一定错,建议先确定结构

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4楼2020-04-29 15:56:11
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Planktoncc

新虫 (正式写手)


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是否是display style 的in cell?改default能行吗?

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5楼2020-04-29 20:36:04
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lzysnbb

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Planktoncc at 2020-04-29 20:36:04
是否是display style 的in cell?改default能行吗?

改过试了,也不行。改成default晶胞全乱了不过最近看到一篇文献,文献中也没添加原子,就直接这么进行了模拟😂感觉可能缺少的那些原子对计算没什么影响吧
6楼2020-04-30 08:19:37
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苏老师l

新虫 (小有名气)


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你好,MOF中的苯环需要改成单双键交替的形式么,如果用MS模拟
7楼2021-05-08 09:04:17
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ZandN

新虫 (初入文坛)


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楼主大佬能不能指教下剑桥数据库里的文件怎么下

发自小木虫IOS客户端
8楼2021-12-20 01:33:42
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STORYTELLER

铜虫 (小有名气)


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引用回帖:
8楼: Originally posted by ZandN at 2021-12-20 01:33:42
楼主大佬能不能指教下剑桥数据库里的文件怎么下

https://www.ccdc.cam.ac.uk/struc ... f2ea351d65e6623b767或者搜ccdc access structures
9楼2022-05-19 15:58:08
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