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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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beikwx

木虫 (小有名气)


[资源] [SailVina]最终版本发布!Vina分子对接全套整合GUI

写写停停大半年,终于把整个软件完成了!之前的版本我将在近期删除。
这是最终版本,不会再进行功能更新!
包含了分子对接需要的几乎所有工具,项目地址即详细介绍教程见:https://github.com/beikwx/sailvina

word教程文档下载(附件的链接已经失效):
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/19mobzp5tjzikjdiw0r7edw)
提取码:eow2

不同版本下载地址:
1. exe版本:
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/1tv_fdmwryqi9iu3teev6hg)
提取码:e4ss
2. python版本:
百度网盘(https://pan.baidu.com/s/16sj_atlagxwbf3fnamst-a)
提取码:ykxb


sailvina只是一个带界面的脚本,批量调用autodock vina,openbabel等来便捷的进行分子对接。
可以实现以下功能:
1. 下载受体;自动准备受体。
2. 配体格式转换;根据取代基批量生成配体。
3. 验证对接方案(protocol)是否可以还原实验结果。
4. 单个/多个配体和单个/多个受体进行对接。
5. 将对接的多个配体提取出来。
6. 提取对接的分数;批量提取分数,并选择性的提取结果。
7. 将配体和受体合并成一个文件。
8. 计算两个/多个小分子之间的rmsd值。

如果有疏漏或者错误欢迎指出。同时欢迎对项目进行再制作,本人也只是个业余喜欢编程的菜鸟,代码可能不太好看,欢迎交流讨论。
[SailVina]最终版本发布!Vina分子对接全套整合GUI
[SailVina]最终版本发布!Vina分子对接全套整合GUI-1
[SailVina]最终版本发布!Vina分子对接全套整合GUI-2
[SailVina]最终版本发布!Vina分子对接全套整合GUI-3[ last edited by beikwx on 2020-4-14 at 21:43 ]

[ last edited by beikwx on 2020-4-14 at 21:45 ]

[ last edited by beikwx on 2020-4-14 at 21:46 ]

[ last edited by beikwx on 2020-4-14 at 21:48 ]

更新下链接
word教程:
链接:https://pan.baidu.com/s/19moBZp5TjZiKjDIW0R7edw
提取码:eow2
exe版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/1Tv_FDMWryQI9iu3tEev6hg
提取码:e4ss
python版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/16Sj_AtlagxwbF3fNaMST-A
提取码:ykxb

[ Last edited by beikwx on 2021-5-5 at 16:33 ]
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    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:libolin3@tal.com
  • 附件 1 : SailVina_使用教程.docx
  • 2020-04-11 17:37:55, 4.25 M

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ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)


lz我使用过程中存在这样的问题
将多个mol2直接转化pdbqt文件,显示成功,结构没错误,但没有进行加氢以及能量最小化,而使用mol2转pdb,化合物能够加氢以及能量最小化,但部分化合物结构发生变化,obabel自身问题?
14楼2020-04-16 21:45:42
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哆啦有a梦

新虫 (初入文坛)


楼主,百度网盘的验证码显示错误

发自小木虫Android客户端
32楼2021-04-24 18:51:56
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yanzitl

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

太牛逼了!!!
5楼2020-04-12 11:04:03
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chaozai1998

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

qq群到小木虫膜拜的大神
7楼2020-04-12 16:17:28
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天空中下雨

新虫 (初入文坛)


10楼2020-04-13 18:59:20
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ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

正在用2.0

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13楼2020-04-15 13:22:28
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beikwx

木虫 (小有名气)


引用回帖:
14楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2020-04-16 21:45:42
lz我使用过程中存在这样的问题
将多个mol2直接转化pdbqt文件,显示成功,结构没错误,但没有进行加氢以及能量最小化,而使用mol2转pdb,化合物能够加氢以及能量最小化,但部分化合物结构发生变化,obabel自身问题?

mol2和pdb转pdbqt调用adt的prepligand4脚本,不会进行最小化。加氢的方法在下面的参数可以选择,一般只会删除非极性氢,不会加氢。结构变化应该是openbabel的问题,不行用chem3D优化结构吧。
15楼2020-04-18 18:37:53
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asymme

木虫 (小有名气)


送红花一朵
请问执行并行计算需要如何设置?谢谢
18楼2020-04-23 16:27:26
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beikwx

木虫 (小有名气)


引用回帖:
18楼: Originally posted by asymme at 2020-04-23 16:27:26
请问执行并行计算需要如何设置?谢谢

多开几个软件就行了

发自小木虫Android客户端
19楼2020-04-23 16:50:09
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碧川

新虫 (小有名气)


20楼2020-04-23 23:59:55
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tatum

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

厉害,非常感谢!
21楼2020-04-29 15:40:36
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Ljj1457

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

太好用了,很适合药化设计小白
23楼2020-06-28 21:53:56
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一个人的行走

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

先试试看
27楼2021-01-08 10:50:30
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shuidong

铁虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢楼主分享
28楼2021-03-25 14:34:15
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angelhunte

铁杆木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主,这个软件如果在服务器上运行,速度不是很快,能否修改参数,提高cpu和内存使用。谢谢!
29楼2021-04-12 17:13:59
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beikwx

木虫 (小有名气)


引用回帖:
29楼: Originally posted by angelhunte at 2021-04-12 17:13:59
楼主,这个软件如果在服务器上运行,速度不是很快,能否修改参数,提高cpu和内存使用。谢谢!

可以并行运行多个。有一篇论文也专门讨论过这个,你可以找找看。
30楼2021-04-13 23:07:40
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angelhunte

铁杆木虫 (正式写手)


引用回帖:
30楼: Originally posted by beikwx at 2021-04-13 23:07:40
可以并行运行多个。有一篇论文也专门讨论过这个,你可以找找看。...

谢谢
31楼2021-04-21 15:44:57
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黑火焰X

新虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主,为什么百度网盘显示验证码错误啊,能重新给个链接吗,做课题急用
33楼2021-04-25 12:00:36
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liuyunli9999

至尊木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主验证码错误怎么办,重发一下吧
34楼2021-05-05 15:33:55
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liuyunli9999

至尊木虫 (著名写手)


送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2020-04-15 13:22:28
正在用2.0

跪求连接
35楼2021-05-05 15:37:30
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beikwx

木虫 (小有名气)


貌似是链接更新了?
word教程:
链接:https://pan.baidu.com/s/19moBZp5TjZiKjDIW0R7edw
提取码:eow2
exe版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/1Tv_FDMWryQI9iu3tEev6hg
提取码:e4ss
python版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/16Sj_AtlagxwbF3fNaMST-A
提取码:ykxb
36楼2021-05-05 16:27:28
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beikwx

木虫 (小有名气)


引用回帖:
33楼: Originally posted by 黑火焰X at 2021-04-25 12:00:36
楼主,为什么百度网盘显示验证码错误啊,能重新给个链接吗,做课题急用

word教程:
链接:https://pan.baidu.com/s/19moBZp5TjZiKjDIW0R7edw
提取码:eow2
exe版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/1Tv_FDMWryQI9iu3tEev6hg
提取码:e4ss
python版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/16Sj_AtlagxwbF3fNaMST-A
提取码:ykxb
37楼2021-05-05 16:37:22
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beikwx

木虫 (小有名气)


引用回帖:
34楼: Originally posted by liuyunli9999 at 2021-05-05 15:33:55
楼主验证码错误怎么办,重发一下吧

word教程:
链接:https://pan.baidu.com/s/19moBZp5TjZiKjDIW0R7edw
提取码:eow2
exe版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/1Tv_FDMWryQI9iu3tEev6hg
提取码:e4ss
python版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/16Sj_AtlagxwbF3fNaMST-A
提取码:ykxb
38楼2021-05-05 16:37:29
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beikwx

木虫 (小有名气)


引用回帖:
32楼: Originally posted by 哆啦有a梦 at 2021-04-24 18:51:56
楼主,百度网盘的验证码显示错误

word教程:
链接:https://pan.baidu.com/s/19moBZp5TjZiKjDIW0R7edw
提取码:eow2
exe版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/1Tv_FDMWryQI9iu3tEev6hg
提取码:e4ss
python版本:
链接:https://pan.baidu.com/s/16Sj_AtlagxwbF3fNaMST-A
提取码:ykxb
39楼2021-05-05 16:37:47
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tdwm

金虫 (小有名气)


引用回帖:
31楼: Originally posted by angelhunte at 2021-04-21 15:44:57
谢谢...

您好,请问您找到了吗?
40楼2021-07-28 11:08:12
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qbin1304

新虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢楼主。有个 问题,就是批量处理受体时会把非标准氨基酸链去掉,如果酶里边有辅酶的话这样也被去掉了,能不能解决这个问题呢?
41楼2021-08-18 10:57:58
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beikwx

木虫 (小有名气)


引用回帖:
41楼: Originally posted by qbin1304 at 2021-08-18 10:57:58
感谢楼主。有个 问题,就是批量处理受体时会把非标准氨基酸链去掉,如果酶里边有辅酶的话这样也被去掉了,能不能解决这个问题呢?

这种只能手动准备了。
42楼2021-08-20 20:40:06
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孤独的皮特祁

新虫 (初入文坛)


楼主可不可以加上分子动力学模拟的模块,实在学不会哈哈哈哈
43楼2022-01-03 19:33:58
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czyzsu2楼
2020-04-11 19:01   回复  
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czyzsu3楼
2020-04-11 19:03   回复  
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anna8364楼
2020-04-12 00:29   回复  
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2020-04-12 13:53   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2020-04-12 16:18   回复  
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2768952779楼
2020-04-13 11:06   回复  
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蝈23411楼
2020-04-14 13:30   回复  
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xufund12楼
2020-04-15 00:36   回复  
五星好评  谢谢分享!
wxw082516楼
2020-04-21 23:05   回复  
五星好评  
asymme17楼
2020-04-23 16:11   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!f
2020-06-19 08:27   回复  
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xufund24楼
2020-07-01 01:46   回复  
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sunjiank25楼
2020-09-28 17:10   回复  
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2020-12-07 15:23   回复  
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