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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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菜鸟木木

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌鉴定 16S rRNA 序列NCBI比对到3个种，怎么确定选那个种？已有2人参与

细菌鉴定 16S rRNA 序列NCBI比对到3个种，两个问题：
1、都是100%，大部分是枯草芽孢杆菌，怎么看这个比对结果？怎么确定选那个种？
2、需要进一步做鉴定的话，再做什么工作？

细菌鉴定 16S rRNA 序列NCBI比对到3个种，怎么确定选那个种？
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1楼2019-12-31 15:31:02
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给你的温柔

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
选前20个左右，构建进化树，看进化关系，进化树构建方法百度搜一下，还有大部分细菌分离鉴定的论文里都有进化树的解释，加油。
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fighting!
2楼2020-01-01 12:09:04
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zg14151

新虫 (正式写手)
做几个持家基因看看

发自小木虫Android客户端
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3楼2020-01-02 12:33:57
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狗狗狗尾巴草

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你测出来的16S序列是全长么？如果不是，建议扩增后连载体，测全长序列，再比对一下。
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4楼2020-01-02 19:43:58
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菜鸟木木

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 狗狗狗尾巴草 at 2020-01-02 19:43:58
你测出来的16S序列是全长么？如果不是，建议扩增后连载体，测全长序列，再比对一下。

用27F和1492R引物，PCR产物直接测序，测回来的长度为1369bp，我看许多文章里用这两个。但也有说用27F和1541R，测出来的片段能到1500bp。您一般用那一对引物啊？
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5楼2020-01-03 09:51:04
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狗狗狗尾巴草

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 菜鸟木木 at 2020-01-03 09:51:04
用27F和1492R引物，PCR产物直接测序，测回来的长度为1369bp，我看许多文章里用这两个。但也有说用27F和1541R，测出来的片段能到1500bp。您一般用那一对引物啊？...

我一般都是27F 和1492，送测之后双向拼接结果比对。不过没遇到过你这种，有很多相似性百分百的。之前有人做菌种鉴定的时候都是16s序列连载体，用载体上的引物测序。因为通常测序获得的前后几十个碱基可能会不准。你也可以用1541试试，祝你好运！
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6楼2020-01-03 18:58:46
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