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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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Mr_ANZ

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs示例求助已有1人参与

如题，gromacs中文教程初学者，做溶菌酶那个到nvt平衡那一步产生tpr文件时老是出错，具体如下，求大佬指点一下，，，
Command line:
  gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'title'
Setting the LD random seed to 1818880411
Generated 330891 of the 330891 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 330891 of the 330891 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'
turning all bonds into constraints...
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
turning all bonds into constraints...
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'CL'
turning all bonds into constraints...
Setting gen_seed to -691171019
Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K
Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2018.1
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.cpp (line 2008)

Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
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1楼2019-12-20 13:51:35
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gmx模拟

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

少一个限制文件，看错误提示就知道那个限制文件（restraint.gro），这个文件需要在你当前目录下，详细的你可以根据提示去去网站上找错误的原因和解决方法，都有的，多看错误提示（Fatal error:后面的内容），看不到复制翻译下
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5楼2020-01-02 20:45:05
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普通回帖

112233ssg

新虫 (著名写手)
所加原子的个数和top里面的数量没对应上，可能有些分子没加进去，在加分子时的命令上最后用try试试

发自小木虫Android客户端
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2楼2019-12-24 11:37:19
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pl991

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3楼2019-12-31 11:22:18
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pl921

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pl974

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6楼2020-01-03 16:00:36
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Mr_ANZ

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gmx模拟 at 2020-01-02 20:45:05
少一个限制文件，看错误提示就知道那个限制文件（restraint.gro），这个文件需要在你当前目录下，详细的你可以根据提示去去网站上找错误的原因和解决方法，都有的，多看错误提示（Fatal error:后面的内容），看不到 ...

好的，谢谢

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7楼2020-01-03 19:50:04
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pl964

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pl949

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pl998

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