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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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cenxueer

木虫 (正式写手)

[求助] IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?已有1人参与

IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?如下图所示
按着文献中的过渡态进行TS寻找,并用IRC验证。但是只有一半,没有反应物。
#p opt=(ts,calcfc,noeigentest)  freq  b31yp/6-31+g(d.p) geom=connectivity  SMD=water
#p IRC(calcfc) b31yp/6-31+g(d.p) geom=connectivity  SMD=water

IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?
Snipaste_2019-12-07_20-11-07.png


IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?-1
Snipaste_2019-12-07_20-07-05.png


IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?-2
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IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?-3
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paramecium86

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【答案】应助回帖

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zhou2009: 金币+5 2019-12-08 11:43:47
不是计算的问题 是gv的问题 你使用gv6 打开的g09算好的文件  就是这个样子。 你用gv5.09打开看到的就是正常的曲线。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2019-12-07 23:43:01
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cenxueer

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-12-07 23:43:01
不是计算的问题 是gv的问题 你使用gv6 打开的g09算好的文件  就是这个样子。 你用gv5.09打开看到的就是正常的曲线。

非常感谢,我试一下。
还有一个问题请教,优化的产物(如图1 ,氧原子连接的氢脱去,连接到邻位碳上),最后log文件中又变回原来的反应物了(如图二)。是怎么回事呀?关键词如图3.
IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?-4
Snipaste_2019-12-09_10-01-24.png


IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?-5
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IRC只有抛物线的一半,左边没有连接原来的反应物结构?-6
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3楼2019-12-09 10:07:44
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paramecium86

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引用回帖:
3楼: Originally posted by cenxueer at 2019-12-08 21:07:44
非常感谢,我试一下。
还有一个问题请教,优化的产物(如图1 ,氧原子连接的氢脱去,连接到邻位碳上),最后log文件中又变回原来的反应物了(如图二)。是怎么回事呀?关键词如图3.

Snipaste_2019-12-09_10-01-2 ...

你优化时候的初始结构因为只有截图 没法确定 但是看起来用的是接近过渡态的一个结构 从算法上来看 高斯会找到你给定的初始结构附近的一个能量低点。显然如果你用ts的结构作为初始结构 它两侧都有一个最低点 (反应前的结构和反应后的结构都是能量低点)  那高斯会收敛到哪边的最低点就不一定了。比如你的情形就是它有回到了反应物。一般情况下 你需要把正常的irc曲线的产物一侧的端点的结构作为初猜的产物结构并进行优化 就能比较顺利找到产物一侧的结构。
4楼2019-12-09 10:36:01
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cenxueer

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-12-09 10:36:01
你优化时候的初始结构因为只有截图 没法确定 但是看起来用的是接近过渡态的一个结构 从算法上来看 高斯会找到你给定的初始结构附近的一个能量低点。显然如果你用ts的结构作为初始结构 它两侧都有一个最低点 (反应 ...

非常感谢,我试一下
5楼2019-12-09 19:42:55
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药物分析!!

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-12-09 10:36:01
你优化时候的初始结构因为只有截图 没法确定 但是看起来用的是接近过渡态的一个结构 从算法上来看 高斯会找到你给定的初始结构附近的一个能量低点。显然如果你用ts的结构作为初始结构 它两侧都有一个最低点 (反应 ...

老师,没想到在这里碰见您了

发自小木虫Android客户端
6楼2019-12-11 23:16:10
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paramecium86

版主 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物分析!! at 2019-12-11 10:16:10
老师,没想到在这里碰见您了
...

哈哈 毕竟那个群就是以前的量化版主建立的 把我拉进去的。本就源于木虫的。
7楼2019-12-12 00:10:32
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