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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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hihjx

新虫 (小有名气)

[求助] CRISPR网站设计gRNA数据怎样分析呢已有1人参与

求指导crispr网站设计grna时下图最后一列数据怎样分析呢

CRISPR网站设计gRNA数据怎样分析呢


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[ Last edited by 渊博震天 on 2019-9-15 at 16:43 ]
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
myprayer: 金币+5, 应助指数+1, 赠人玫瑰,手有余香,鼓励积极发帖交流互帮互助。 2019-10-06 00:27:18
引用回帖:
4楼: Originally posted by hihjx at 2019-09-16 15:35:12
非常感谢你地解答,但是我还是不太懂分析判断的大概依据是什么呢,比如靠近PAM位置不一样的碱基至少需要几个,不知道这样表述对不对
...

分析判断的依据就是第一列的specific socre 要达到90以上,最后95以上。两列的prediction efficiency 要差不多,至少都要达到40以上才有可能,比如你你的截图,efficiency 两列都是-- 说明你设计的gRNA根本不会剪切。如果一列预测的efficiency 是60 一列是10 你需要注意了,这种设计的gRNA很有可能不会作用,off target 0-0-5-89 总共94个脱靶位点,这样的gRNA根本不需要考虑,off tarrget 要小于10 个最好。
5楼2019-09-17 15:19:11
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
myprayer: 金币+3, 赠人玫瑰,手有余香,鼓励积极发帖交流互帮互助。 2019-10-06 00:27:02
最后一列是gRNA脱靶可能的位点。就是gRNA可能不会在你要的基因上,而是在这些基因的位置。off target 一定要少,efficiency一定要高,特性性要好。这是设计gRNA的原则。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2019-09-15 20:49:43
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MAZ4HK

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 向阳向蕊 at 2019-12-02 10:51:23
能否发给我一下,CRISPR网站的网址呢?谢谢!

http://crispor.tefor.net/

11楼2019-12-26 08:10:13
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hihjx

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 向阳向蕊 at 2019-12-02 10:51:23
能否发给我一下,CRISPR网站的网址呢?谢谢!

https://zlab.bio/guide-design-resources

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12楼2019-12-26 18:56:18
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普通回帖

hihjx

新虫 (小有名气)

非常感谢你地解答,但是我还是不太懂分析判断的大概依据是什么呢,比如靠近PAM位置不一样的碱基至少需要几个,不知道这样表述对不对

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3楼2019-09-16 15:33:49
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hihjx

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2019-09-15 20:49:43
最后一列是gRNA脱靶可能的位点。就是gRNA可能不会在你要的基因上,而是在这些基因的位置。off target 一定要少,efficiency一定要高,特性性要好。这是设计gRNA的原则。

非常感谢你地解答,但是我还是不太懂分析判断的大概依据是什么呢,比如靠近PAM位置不一样的碱基至少需要几个,不知道这样表述对不对

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4楼2019-09-16 15:35:12
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hihjx

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2019-09-17 15:19:11
分析判断的依据就是第一列的specific socre 要达到90以上,最后95以上。两列的prediction efficiency 要差不多,至少都要达到40以上才有可能,比如你你的截图,efficiency 两列都是-- 说明你设计的gRNA根本不会剪切 ...

好的,非常感谢

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6楼2019-09-17 15:39:46
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
7楼2019-11-23 14:40:47
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hihjx

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2019-11-23 14:40:47
predicted 这项最好是都评分50以上比较好用

感谢

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8楼2019-11-23 19:09:55
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向阳向蕊

铁虫 (初入文坛)

能否发给我一下,CRISPR网站的网址呢?谢谢!
吃亏是福,难得糊涂
9楼2019-12-02 10:51:23
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MAZ4HK

新虫 (初入文坛)

最后一列是告诉你所有off-target 的信息,鼠标放上去可以看到这段基因的具体信息。
10楼2019-12-26 07:58:30
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