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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

[求助] 部分优化的原子固定问题已有1人参与

Gaussian的部分优化(利用readfreeze)中,发现有时候被固定的原子在优化过程中也在跑,请问有何解决办法?
据说是用GaussView的Atom List Editor中的Freeze设置数值也可以固定原子,但我没用过,在Freeze下有0,-1,-2,-3四个值,请问这四个值的含义是什么?该死的说明书被我翻遍了也没找数值的含义。
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Gaussian

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愿好运与快乐伴随你!
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2019-09-12 15:58:35
quantumor(小红豆代发): 金币+30, 回帖应助 2019-09-12 17:14:56
在写分子的坐标部分的时候 在原子的名字和原子的坐标之间加上-1 就可以冻结该原子。而标记为 0 则为普通优化的原子。 而 -2 -3代表了当你的优化有不同的片段时候,片段内部也就是具有同样负数数值的原子是彼此保持相对位置不变的。但是标记为-2 -3的不同片段之间的相对位置是可以在优化中变化的。但是这个用法只能在做ONIOM计算时候用。一般时候不能用。

而且需要注意的是,高斯一开始会默认根据你分子的质心位置到原点 并且根据对称性 转动你的分子到一个合适的角度(standard orientation)。这时候你的坐标会发生变化。所以只看数值的话 坐标有时候会变动。但是优化的时候相对位置还是冻结的。 如果需要冻结的原子连初始坐标一点都不可以变 那么就要加入 nosymm关键词。 这样高斯就不会帮你 reorientation。

举个例子 比如下面是一个水分子 想要冻结O原子

%chk=E:\G16W1\h2o_freeze2.chk
# b3lyp/6-31g opt nosymm

Title Card Required

0 1
O         -1        -2.38259685   -1.24309390    0.00000000
H          0       -1.42259685   -1.24309390    0.00000000
H          0       -2.70305143   -0.33815807    0.00000000

结果优化算完之后的坐标是

O               -1   -2.38259700   -1.24309400    0.00000000
H                0   -1.40687400   -1.22715400    0.00000000
H                0   -2.70390200   -0.32165300    0.00000000

而如果不加nosymm关键词

算好之后的坐标是
O               -1    0.00000000    0.00000000    0.11424600
H                0    0.00000000    0.79120400   -0.45698500
H                0    0.00000000   -0.79120400   -0.45698500

这俩优化好的结构如果检查键长健角什么的其实是一样的。 只是后者在优化开始的时候被平移和转动了。
2楼2019-09-12 04:18:54
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

感谢版主详细的回复!谢谢!具体该如何操作才能将30金币交给你?请明示,我很久不来木虫,不记得该如何操作了,谢谢!
愿好运与快乐伴随你!
3楼2019-09-12 08:28:08
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wzhsun

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by quantumor at 2019-09-12 08:28:08
感谢版主详细的回复!谢谢!具体该如何操作才能将30金币交给你?请明示,我很久不来木虫,不记得该如何操作了,谢谢!

人家解惑不是为了你的30金币 是乐于助人 不要那么物质 人性是好的

发自小木虫IOS客户端
4楼2019-10-17 12:07:08
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mujie2319

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-09-12 04:18:54
在写分子的坐标部分的时候 在原子的名字和原子的坐标之间加上-1 就可以冻结该原子。而标记为 0 则为普通优化的原子。 而 -2 -3代表了当你的优化有不同的片段时候,片段内部也就是具有同样负数数值的原子是彼此保持相 ...

请问一下我想用qe计算声子谱  该怎么固定原子呢
5楼2019-11-18 17:02:57
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mujie2319

新虫 (小有名气)

请问一下楼主,我想用qe计算声子谱  该怎么固定原子呢
6楼2019-11-18 17:03:43
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