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摩羯鑫

新虫 (著名写手)


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想问问大神们,我做了三代全长转录组两个,一个对照组一个处理组,想问问大家,在公司给的结题报告之外还可以进行哪些分析,有了解的可以帮助下吗?万分感谢!

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zxd95

至尊木虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
三代读长长,但错误率高,如果没有基因组参照,需要使用二代测序来矫正。

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48楼2019-06-13 06:31:54
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摩羯鑫

新虫 (著名写手)


引用回帖:
48楼: Originally posted by zxd95 at 2019-06-13 06:31:54
三代读长长,但错误率高,如果没有基因组参照,需要使用二代测序来矫正。

我们做了三代,也做了两代,有什么比较好的分析么?可以分析哪些方面呢?

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53楼2019-06-13 19:34:56
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GRUBBY_WU

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
53楼: Originally posted by 摩羯鑫 at 2019-06-13 19:34:56
我们做了三代,也做了两代,有什么比较好的分析么?可以分析哪些方面呢?
...

三代isoseq跟二代rnaseq比最大的优势就是读长长,转录本不用拼接,可以看新的转录本/剪接本的发现,一般公司都有一些常规分析,三代全长转录组基本不能做表达量差异分析,除非深度很高,但是价格比较贵!

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64楼2019-06-16 22:11:13
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petty043楼
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