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流浪猫小琪

铁虫 (小有名气)


[交流] 如何使用CBS-QB3寻找过渡态

已在其他水平下找到了过渡态,打算在此基础上使用CBS-QB3水平下通过IRCmax寻找过渡态,不知道如何写输入文件。想请教一个CBS-QB3做IRCmax的输入文件。
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paramecium86

实习版主 (正式写手)



流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下:
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算,找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步一个opt步骤 所以这个不能直接写的。
高斯说明书的原话也是这样说的  : Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2.  CBS-QB3就是属于 compound energy method。 所以没法直接写。如果需要就只能分步骤人工计算
第一步 先用 方法1 算IRC ,
第二步 自己提取IRC上每一个点的结构 逐一用CBS-QB3做一次单点能 (如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt)能自动跳过其中的opt步骤 ,给出能量)。但是G09不支持这个写法,那么就要人工来做整个CBS步骤 人为跳过opt步骤。

CBS-QB3除去优化的话需要进行四步骤
1. #p B3LYP/CBSB7 Freq
2. #p  CCSD(T)/6-31+G(d')
3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4
4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop)

你可以把这四部分的计算都用--link1--来隔开 写在同一个文件里。

http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/  这个网站可以帮你按照CBS-qb3的公式分别取这几个计算中有用的部分加加减减 得到最后的能量。

然后对每一个点都要做一次这些运算。整个运算步骤还是挺多的。

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7楼2019-05-15 14:27:13
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muzi0104

金虫 (著名写手)



流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
1111
11楼2019-05-16 07:42:38
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流浪猫小琪

铁虫 (小有名气)


送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-15 14:27:13
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下:
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算,找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步 ...

那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢?我这个过渡态还是蛮多的。
13楼2019-05-16 11:42:51
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paramecium86

实习版主 (正式写手)


引用回帖:
13楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-15 22:42:51
那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢?我这个过渡态还是蛮多的。...

还是可以用ircmax方法 只不过把CBS-QB3 换成比如说其它方法算单点能  比如说 CCSD(T)就可以。IRC搜寻部分 用你习惯用的泛函或者什么其它相对比较省时间的方法   比如说写成  IRCmax(CCSD(T)/aug-cc-pvtz:B3LYP/6-311g(d))  一般就还挺准的了
16楼2019-05-18 00:38:20
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zuiaixuexi

至尊木虫 (文坛精英)



流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
祝你成功
20楼2019-05-19 09:33:22
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nono20092楼
2019-05-15 12:06   回复  
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
`
rocisky73楼
2019-05-15 12:08   回复  
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time884楼
2019-05-15 12:14   回复  
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yundaclgc5楼
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2019-05-15 12:26   回复  
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tzynew8楼
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youngen10楼
2019-05-15 21:18   回复  
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2019-05-16 07:58   回复  
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nono200914楼
2019-05-17 14:37   回复  
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xautldhldh15楼
2019-05-17 21:56   回复  
xhmaohan17楼
2019-05-18 03:40   回复  
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M塞北18楼
2019-05-18 07:03   回复  
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dongmings19楼
2019-05-18 08:04   回复  
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