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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)

[交流] 如何使用CBS-QB3寻找过渡态

已在其他水平下找到了过渡态，打算在此基础上使用CBS-QB3水平下通过IRCmax寻找过渡态，不知道如何写输入文件。想请教一个CBS-QB3做IRCmax的输入文件。
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1楼2019-05-15 11:57:24
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paramecium86

版主 (著名写手)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步一个opt步骤 所以这个不能直接写的。
高斯说明书的原话也是这样说的  ： Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2.  CBS-QB3就是属于 compound energy method。 所以没法直接写。如果需要就只能分步骤人工计算
第一步 先用 方法1 算IRC ，
第二步 自己提取IRC上每一个点的结构 逐一用CBS-QB3做一次单点能 （如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt）能自动跳过其中的opt步骤 ，给出能量）。但是G09不支持这个写法，那么就要人工来做整个CBS步骤 人为跳过opt步骤。

CBS-QB3除去优化的话需要进行四步骤
1. #p B3LYP/CBSB7 Freq
2. #p  CCSD(T)/6-31+G(d')
3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4
4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop)

你可以把这四部分的计算都用--link1--来隔开 写在同一个文件里。

http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/  这个网站可以帮你按照CBS-qb3的公式分别取这几个计算中有用的部分加加减减 得到最后的能量。

然后对每一个点都要做一次这些运算。整个运算步骤还是挺多的。
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流浪猫小琪
7楼2019-05-15 14:27:13
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-15 22:42:51
那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢？我这个过渡态还是蛮多的。...

还是可以用ircmax方法 只不过把CBS-QB3 换成比如说其它方法算单点能  比如说 CCSD(T)就可以。IRC搜寻部分 用你习惯用的泛函或者什么其它相对比较省时间的方法   比如说写成  IRCmax(CCSD(T)/aug-cc-pvtz:B3LYP/6-311g(d))  一般就还挺准的了
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16楼2019-05-18 00:38:20
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paramecium86

版主 (著名写手)
这个是因为你用zmatrix来写坐标 确没有给出要优化的变量

发自小木虫IOS客户端
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28楼2019-05-24 01:37:11
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muzi0104

木虫 (知名作家)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
1111
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11楼2019-05-16 07:42:38
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-15 14:27:13
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步 ...

那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢？我这个过渡态还是蛮多的。
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13楼2019-05-16 11:42:51
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zuiaixuexi

至尊木虫 (文坛精英)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
祝你成功
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20楼2019-05-19 09:33:22
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-18 00:38:20
还是可以用ircmax方法 只不过把CBS-QB3 换成比如说其它方法算单点能  比如说 CCSD(T)就可以。IRC搜寻部分 用你习惯用的泛函或者什么其它相对比较省时间的方法   比如说写成  IRCmax(CCSD(T)/aug-cc-pvtz:B3LYP/6-3 ...

谢谢前辈指点。我有个疑问，我是使用超算计算过渡态及IRC的。关于IRCmax关键词，我应该怎么样用呢？因为直接用IRCmax替代IRC，输出文件总是显示route card not found。IRCmax的输入文件是不是包括低水平的IRC计算的chk文件？
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23楼2019-05-22 22:17:29
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-22 09:17:29
谢谢前辈指点。我有个疑问，我是使用超算计算过渡态及IRC的。关于IRCmax关键词，我应该怎么样用呢？因为直接用IRCmax替代IRC，输出文件总是显示route card not found。IRCmax的输入文件是不是包括低水平的IRC计算的 ...

你的input是怎么写的呢？或者把output文件发上来看看
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流浪猫小琪
24楼2019-05-22 23:28:14
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-22 23:28:14
你的input是怎么写的呢？或者把output文件发上来看看...

前辈，这是今天的IRCmax的输入输出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的测试。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W8 TS Search

0 1
O              
H                  1    0.96474388
H                  1    2.52324319    2   96.16865489
C                  1    1.37453100    2  110.36391138    3  -68.07987935    0
O                  4    1.18920427    1  124.02515701    2  -96.13403058    0
S                  4    1.79329724    1  114.57558758    5 -177.11988964    0

1 2 1.0 4 1.0
2
3 6 1.0
4 5 2.0 6 1.0
5
6

output 文件
%NProcShared=12
Will use up to   12 processors via shared memory.
%LindaWorker=ys0716,yg0926,ys1047,ys1147,ys1438,ys0428,ys1521,ys1112,
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SetLPE:  input flags=""
SetLPE:    new flags=" -nodelist 'ys0716 yg0926 ys1047 ys1147 ys1438 ys0428 ys1521 ys1112'"
Will use up to    8 processors via Linda.
---------------------------------------------------
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
---------------------------------------------------
You must use ReadCartesianFC, FCCards, or CalcFC with IRC.
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l1.exe at Thu May 23 01:19:37 2019.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

以前在超算上面计算IRC时候，我都是直接从过渡态结构直接进行计算，没有用过chk文件。
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25楼2019-05-23 01:28:35
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-22 12:28:35
前辈，这是今天的IRCmax的输入输出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的测试。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W ...

嗯 可以直接从结构开始 。那是提示的意思不是说要你一定得读取chk  但是和IRC一样 是必须要规定如何计算FC 也就是 如果从chk读取FC 就要计算FC，用CalcFC命令。 或者是每一个irc点都重新计算一次FC，那就是用calcall关键词。 总之因为要计算Force constant 所以必须加入一个命令去调控去计算FC。所以你可以写成 #p IRCmax(calcfc, B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
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26楼2019-05-23 07:52:40
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-23 07:52:40
嗯 可以直接从结构开始 。那是提示的意思不是说要你一定得读取chk  但是和IRC一样 是必须要规定如何计算FC 也就是 如果从chk读取FC 就要计算FC，用CalcFC命令。 或者是每一个irc点都重新计算一次FC，那就是用calca ...

还是有问题。
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(calcfc,B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W8 TS Search

0 1
O              
H                  1    0.96474388
H                  1    2.52324319    2   96.16865489
C                  1    1.37453100    2  110.36391138    3  -68.07987935    0
O                  4    1.18920427    1  124.02515701    2  -96.13403058    0
S                  4    1.79329724    1  114.57558758    5 -177.11988964    0

1 2 1.0 4 1.0
2
3 6 1.0
4 5 2.0 6 1.0
5
6

输出文件
%NProcShared=12
Will use up to   12 processors via shared memory.
%LindaWorker=yg0923,yg1048,ys1030,ys0736,yg0935,ys0730,ys0934,yg0946,
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SetLPE:  input flags=""
SetLPE:    new flags=" -nodelist 'yg0923 yg1048 ys1030 ys0736 yg0935 ys0730 ys0934 yg0946'"
Will use up to    8 processors via Linda.
----------------------------------------------------------
#p IRCmax(calcfc,B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
----------------------------------------------------------
1/10=4,14=-1,18=40,26=3,29=120000,38=1,44=3,58=1/1,15;
2/15=1,29=3/2;
3/5=4,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
1/10=4,14=-1,26=3,44=3,48=2,58=1/15;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=2,74=-5,140=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1,31=1/1,2,10;
10/6=1,31=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/8=1,10=1,18=20,25=1,30=1/1,2,3,16;
1/10=4,14=-1,26=3,44=3,58=1/15(1);
99/5=20/99;
2/15=1,29=3/2;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,44=3,48=3,58=1/15(-5);
2/15=1,29=3/2;
3/5=4,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
1/14=-1,26=3,44=3,48=2,58=1/15;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
7/8=1,30=1,45=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,44=3,48=1,58=1/15(-15);
2/15=1,29=3/2;
99/5=20,9=1/99;
Leave Link    1 at Thu May 23 17:20:46 2019, MaxMem=           0 cpu:         1.2
(Enter /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l101.exe)
------------------
RE-W8-W8 TS Search
------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O
H                    1     0.96474
H                    1     2.52324  2     96.16865
C                    1     1.37453  2     110.36391  3    -68.07988  0
O                    4     1.1892   1     124.02516  2    -96.13403  0
S                    4     1.7933   1     114.57559  5    -177.11989  0

NAtoms=      6 NQM=        6 NQMF=       0 NMMI=      0 NMMIF=      0
                NMic=       0 NMicF=      0.
                    Isotopes and Nuclear Properties:
(Nuclear quadrupole moments (NQMom) in fm**2, nuclear magnetic moments (NMagM)
  in nuclear magnetons)

  Atom         1           2           3           4           5           6
IAtWgt=          16           1           1          12          16          32
AtmWgt=  15.9949146   1.0078250   1.0078250  12.0000000  15.9949146  31.9720718
NucSpn=           0           1           1           0           0           0
AtZEff=   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NQMom=    0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000   0.0000000
NMagM=    0.0000000   2.7928460   2.7928460   0.0000000   0.0000000   0.0000000
AtZNuc=   8.0000000   1.0000000   1.0000000   6.0000000   8.0000000  16.0000000
Leave Link  101 at Thu May 23 17:20:46 2019, MaxMem=    33554432 cpu:         1.5
(Enter /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l115.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Berny reaction coordinate optimization.
There are no variables to optimize!
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l115.exe at Thu May 23 17:20:46 2019.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  2.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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27楼2019-05-23 17:29:50
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-24 01:37:11
这个是因为你用zmatrix来写坐标 确没有给出要优化的变量

谢谢前辈指点。CCSD(T)/aug-cc-pVTZ做IRCmax怎么耗这么多时间，我在超算开60核，已经运行了40个小时了还没有结果，体系只有S1O2H2C六个原子。
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29楼2019-05-26 01:21:09
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nono20092楼
2019-05-15 12:06   回复  
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rocisky73楼
2019-05-15 12:08   回复  
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time884楼
2019-05-15 12:14   回复  
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yundaclgc5楼
2019-05-15 12:18   回复  
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xiaoqiuqiu206楼
2019-05-15 12:26   回复  
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tzynew8楼
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xautldhldh9楼
2019-05-15 21:08   回复  
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youngen10楼
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miaojiabing12楼
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nono200914楼
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`
xautldhldh15楼
2019-05-17 21:56   回复  
xhmaohan17楼
2019-05-18 03:40   回复  
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M塞北18楼
2019-05-18 07:03   回复  
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dongmings19楼
2019-05-18 08:04   回复  
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paperhunter21楼
2019-05-20 10:01   回复  
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。
王锋1688022楼
2019-05-20 11:39   回复  
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