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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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药石罔及

新虫 (初入文坛)


[交流] 分子对接结果分析

做了几个分子和蛋白的对接,现在求问结果怎么分析?
怎么证明分子和蛋白确实有结合?有形成氢键作用,疏水结合力吗?
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扯不断

铜虫 (小有名气)



药石罔及(金币+1): 谢谢参与
有没有结合看两方面:1、打分是否正常(不同软件不一样,MOE打分为越负越好,好表示结合力强);2、看三维的结合模式更直观,看化合物是否在口袋里。
结果分析的内容通常包括打分和相互作用。平面作用图已经给出了周围的氨基酸残基和作用力类型,看图说话即可。不过,化合物有较多氧原子却不见氢键,结合模式不算好(可能实际情况就是没有氢键),打分应该比较差吧。如何描述结合模式?可以参考以下文章链接:http://www.yinfotek.com/blog/literature-1
7楼2019-04-19 12:32:13
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zlh478

金虫 (正式写手)



药石罔及(金币+1): 谢谢参与
2D和3D图中能看出来

发自小木虫Android客户端
2楼2019-04-15 11:14:14
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药石罔及

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zlh478 at 2019-04-15 11:14:14
2D和3D图中能看出来

你好,比如这张图  如何解析呢  有没有结合呢
分子对接结果分析
ANE.png

4楼2019-04-15 11:30:48
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药石罔及

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
10楼: Originally posted by zl485156 at 2019-05-20 14:58:56
请问您用什么软件做的对接呢?能否分享一下安装包?

用的MOE 需要版权的   免费的可以用autodock
11楼2019-06-24 10:42:20
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圈内与圈外

新虫 (著名写手)



药石罔及(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by 药石罔及 at 2019-04-15 11:30:48
你好,比如这张图  如何解析呢  有没有结合呢

ANE.png
...

您这结果好像有点尬,打分结果还好么

发自小木虫Android客户端
9楼2019-04-24 00:02:30
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zl485156

新虫 (小有名气)



药石罔及(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
请问您用什么软件做的对接呢?能否分享一下安装包?
10楼2019-05-20 14:58:56
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一代米哟

新虫 (小有名气)



药石罔及(金币+1): 谢谢参与
我在知乎找到这两篇文章相信有一定借鉴作用,楼主可以参考一下:《如何科学合理地对待分子对接结果》和《【文献重现】D715-2441抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》。
12楼2021-12-03 15:55:19
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longwave3楼
2019-04-15 11:20   回复  
药石罔及(金币+1): 谢谢参与
祝福 发自小木虫Android客户端
tzynew5楼
2019-04-16 07:16   回复  
药石罔及(金币+1): 谢谢参与
2019-04-16 13:50   回复  
药石罔及(金币+1): 谢谢参与
nono20098楼
2019-04-19 23:39   回复  
药石罔及(金币+1): 谢谢参与
·
bjdxyxy13楼
2021-12-03 23:57   回复  
药石罔及(金币+1): 谢谢参与
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