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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 14:24:02
嗯 是的...

您好，我想请问一下我的第一部脱水反应，反应物的G-686.912449634，产物G-610.449247098
为什么会差这么多？我的输入文件都是# b3lyp/6-31G（d）opt freq
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  • 附件 1 : }37GA5{2G7W655DL(`YOY.png
    • 2019-03-29 15:24:54, 4.52 K
21楼2019-03-29 15:24:58
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-03-29 01:48:43
需要看哪？还是上图我发的那样吗？我回去给您找下，您帮我分析分析呗！...

用高级回复，可以上传附件。 把文件整个传上来最好。
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22楼2019-03-29 15:48:27
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暗殇之夜

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-23 10:03:58
只是DFT计算的话 那就用高斯就可以。

计算反应机理给出反应路径 是一套计算 需要不少计算方面的知识。

算反应路径基本的思路是对反应路径上的反应物， 各个intermediate和各个TS，和 产物 进行结构优化和振动 ...

什么是柔性扫描啊
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23楼2019-04-02 19:31:32
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 15:48:27
用高级回复，可以上传附件。 把文件整个传上来最好。...

老师，您好。这两天我把我的结构重新进行了优化，原子顺序也调了。整个过程是果糖第一步脱水。
1、请问我用QST2这个方法计算过渡态，这样的报错应该怎么解决？附件中有.com和.log文件。
2、请问如果我要改成Ts这个方法计算模拟过渡态，我应该怎么画？是拉长键长还是改变成虚线进行键连？对于我这个小白，实在没搞懂过渡态怎么画出来？需要对初始结构怎么进行改变？
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    • 2019-04-02 20:43:27, 17.17 K
24楼2019-04-02 20:43:32
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-04-02 07:43:32
老师，您好。这两天我把我的结构重新进行了优化，原子顺序也调了。整个过程是果糖第一步脱水。
1、请问我用QST2这个方法计算过渡态，这样的报错应该怎么解决？附件中有.com和.log文件。
2、请问如果我要改成Ts这 ...

我不是太确定这个输入文件中这么多分子 几个果糖 几个苯磺酸之类的 组成的是一个大的化合物么？他们之间是靠氢键连接的？
我理解如果苯磺酸如果在反应中只是负责脱水 那在做反应机理的时候就先别考虑到计算文件里。
如果第一步就是果糖脱水 反应物就应该是果糖 通过一个过渡态 生成产物+水。至于之后水去哪里了 是如何被苯磺酸给吸收的 不属于果糖脱水的反应机理了。预想中的的反应机理可不可以发上来看看？
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25楼2019-04-02 22:20:55
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
23楼: Originally posted by 暗殇之夜 at 2019-04-02 06:31:32
什么是柔性扫描啊...

所谓柔性扫描是针对另外一种刚性扫描来说的。
一般来说扫描分为这两种。
扫描的意思是 人为的控制一个变量 可以是键长 可以是键角 可以是二面角，让它们取一系列值，比如 让一个键长从1.0A开始 每增加0.1A 取一个值做一次计算。这种操作就叫扫描。把每一次计算得到的能量值作一个点就可以形成一条能量变化的曲线。 在这基础之上就可以分析这个曲线的最高点 最低点什么的。

那么在每一个点的计算中 如果其它的变量 都保持不变。也就是 每一次计算仅仅是 人为规定的那个变量发生变化，其他分子坐标都不随之变化的扫描就叫刚性扫描。简单的说就是在每一点处做单点能计算。这种扫描比较快  高斯中对应关键词是 scan。

而相对的柔性的扫描，是说在每一个点除了对人为规定的那个变量赋值，还需要对除此之外所有其他的键长键角二面角这些变量进行一次优化，以达到能量最低。换句话说 就是在每一点处都做一次几何优化。这种计算比较费时间。高斯中对应的关键词是 opt=modredundant  不过这种方法可以更好的模拟一个反应中的分子的结构变化 所以可以用这种方法来寻找过渡态 中间体什么的。
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26楼2019-04-02 22:41:49
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-04-02 22:20:55
我不是太确定这个输入文件中这么多分子 几个果糖 几个苯磺酸之类的 组成的是一个大的化合物么？他们之间是靠氢键连接的？
我理解如果苯磺酸如果在反应中只是负责脱水 那在做反应机理的时候就先别考虑到计算文件里 ...

如果只单纯的画果糖脱掉1分子的水的过渡态，应该是怎么画呢？我用虚线连接的羟基和氢，都不对啊？您有什么号的办法吗？
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27楼2019-04-08 16:39:59
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
27楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-04-08 03:39:59
如果只单纯的画果糖脱掉1分子的水的过渡态，应该是怎么画呢？我用虚线连接的羟基和氢，都不对啊？您有什么号的办法吗？...

之前漏掉这个回复 我没看到 我今儿才发现。不好意思。   
计算TS 的话 结构是要找的很准的。用虚线直接连一般肯定是没法收敛的。而我目测这个过渡态应该是不大好收敛的。

可以试着 用QST方法 或者 柔性扫描来寻找可能的TS初始结构 才能比较容易收敛。
我试着搜了搜文献 还是有人做葡萄糖脱水的，里面有一个步骤就是从果糖开始的。 我把文献里的图截下来放上来了。 可以给你些参考。图里的单位是KJ/mol

文献是  DOI 10.11715/rskxjs.R201404013
http://journals.tju.edu.cn/rs/oa ... p;amp;id=R201404013
求高人指点DFT模拟反应机理
果糖脱水.png
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15645016370
28楼2019-04-12 21:07:39
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15645016370

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
28楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-04-12 21:07:39
之前漏掉这个回复 我没看到 我今儿才发现。不好意思。   
计算TS 的话 结构是要找的很准的。用虚线直接连一般肯定是没法收敛的。而我目测这个过渡态应该是不大好收敛的。

可以试着 用QST方法 或者 柔性扫描来寻 ...

谢谢您的耐心指导，只有果糖第一部脱水的过渡态我弄出来了，irc也验证了。现在就是想用这个过渡态加上我的离子液体，想这么优化出来过渡态，方法可行不？

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29楼2019-04-13 08:16:01
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
29楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-04-12 19:16:01
谢谢您的耐心指导，只有果糖第一部脱水的过渡态我弄出来了，irc也验证了。现在就是想用这个过渡态加上我的离子液体，想这么优化出来过渡态，方法可行不？
...

像上次那个文件里那么多松散的分子加上去 几乎很收敛到最优结果的。这个离子液体在反应中起到什么作用？或者说你预设的这个离子液体会对这个反应起到什么效果？是相当于催化剂吗？还是说可以当做一般的溶剂来考虑？那样可以当作隐式溶剂来做计算 会容易得多。
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30楼2019-04-13 09:48:34
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