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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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jjssfan

新虫 (小有名气)

[求助] Autodock 1.5.6 加载蛋白和配体出现问题MGLTools-1.5.6已有1人参与

autodock 1.5.6 mgltools-1.5.6 window10独立显卡
第一类
dock选择macromolecule蛋白分子出现
idle 1.2.2      ==== no subprocess ====
>>> exception in tkinter callback
traceback (most recent call last):
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\lib-tk\\tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\site-packages\\autodocktools\\autogpfcommands.py", line 4479, in choosemolecule_cb
    mol = self.chooser.getmolset()
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\site-packages\\pmv\\guitools.py", line 178, in getmolset
    if self.mode==\'single\': return mols[0]
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\userlist.py", line 28, in __getitem__
    def __getitem__(self, i): return self.data
indexerror: list index out of range
exception in tkinter callback
traceback (most recent call last):
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\lib-tk\\tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\site-packages\\autodocktools\\autogpfcommands.py", line 4479, in choosemolecule_cb
    mol = self.chooser.getmolset()
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\site-packages\\pmv\\guitools.py", line 178, in getmolset
    if self.mode==\'single\': return mols[0]
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\userlist.py", line 28, in __getitem__
    def __getitem__(self, i): return self.data
indexerror: list index out of range
蛋白分子可以转化为pdbqt
第二项 配体ligand没办法保存为pdbqt
  图片1
我用计算gasteteier charges之后，
图片2
强制选择ligand出现的问题
traceback (most recent call last):
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\site-packages\\viewerframework\\vf.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\site-packages\\autodocktools\\autodpfcommands.py", line 1752, in doit
    d[a.autodock_element] = 1
  file "c:\\program files (x86)\\mgltools-1.5.6\\lib\\site-packages\\molkit\\molecule.py", line 411, in __getattr__
    raise attributeerror(\'member %s not found\'%member)
attributeerror: member autodock_element not foundAutodock 1.5.6 加载蛋白和配体出现问题MGLTools-1.5.6
2.png


Autodock 1.5.6 加载蛋白和配体出现问题MGLTools-1.5.6-1
1.png
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    • 2019-02-21 12:17:40, 258.21 K

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1楼2019-02-21 12:33:10
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yffy8962

禁言 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jjssfan: 金币+10, ★有帮助 2019-02-22 22:05:24
本帖内容被屏蔽
6楼2019-02-22 20:34:59
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罗伟August

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yffy8962 at 2019-02-22 20:34:59
autodock软件做对接的前提是蛋白和小分子分别处理成pdbqt文件，需要转变格式才能对接
大小分子都需要加氢，计算电荷等，找个教程看看

您好，我在用autodock软件做分子对接时，在准备DPF文件这一步无法添加受体分子的pdbqt文件，请问您知道是什么原因造成的吗？谢谢！
赞一下(1人) 回复此楼
我生，不负
7楼2019-04-09 15:22:09
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普通回帖

天地相生

新虫 (小有名气)
不是已有第三方网站做autodocking吗？ 怎么还要自己编码？

发自小木虫Android客户端
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2楼2019-02-21 12:50:09
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932464477

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天地相生 at 2019-02-21 12:50:09
不是已有第三方网站做autodocking吗？ 怎么还要自己编码？

第三方网站？

发自小木虫Android客户端
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3楼2019-02-21 16:49:26
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天地相生

新虫 (小有名气)
嗯，zdock可实现蛋白与蛋白间的对接。

发自小木虫Android客户端
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4楼2019-02-21 17:23:57
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jjssfan

新虫 (小有名气)
答案都跑偏了，怎么给悬赏
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5楼2019-02-22 13:08:28
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 罗伟August at 2019-04-09 15:22:09
您好，我在用autodock软件做分子对接时，在准备DPF文件这一步无法添加受体分子的pdbqt文件，请问您知道是什么原因造成的吗？谢谢！...

你还是用autodock vina吧，无论速度、精度还是操作的便利性，都不及vina，何必为这个问题纠结烦恼呢
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8楼2019-04-09 17:34:55
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wzywhy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by cngdkpmg at 2019-04-09 17:34:55
你还是用autodock vina吧，无论速度、精度还是操作的便利性，都不及vina，何必为这个问题纠结烦恼呢...

请问你的问题解决了吗,我也遇到同样的问题,不能生成pdbqt文件
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9楼2019-10-16 11:31:58
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wzywhy

新虫 (小有名气)
请问你的问题解决了吗,我也遇到同样的问题,不能生成pdbqt文件
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10楼2019-10-16 11:33:00
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