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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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xueyajuan

金虫 (著名写手)

[求助] 如何学习GROMACS?已有2人参与

最近因为要模拟一些多相粒子体系,发现文献中大多使用GROMACS,萌生了学习一下的念头。有两个问题请同行帮忙解答:

1.除了一些网上的论坛外,是否有一些好的教材可供学习,我是指学习GROMACS,不是指分子动力学,说明:我对这个软件一窍不通,起点很低。

2.GROMACS 一定要安装在专用服务器的UNIX系统上 吗?普通台式机上安装Linux或Unix后,是否可以安装GROMACS?

先问这两个问题吧,谢谢。
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xiaochan6

新虫 (正式写手)

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2019-02-13 17:21:03
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Ram_chen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是要安装在linux下,普通台式机装完系统后可以安装运行,不过要看你算的体系大小,有可能因为体系大例子打不开,或者说运行很卡。
留下邮箱,我把资料给你,或者私信给我QQ,发你资料。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2019-02-14 14:12:59
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xueyajuan: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢 2019-02-15 09:44:35
xueyajuan: 金币+5, ★★★很有帮助 2019-02-26 09:24:39
gromac是开源软件,官网都有详细的使用说明的,您要想学习这个软件,最好在官网学习,然后是需要linux环境,或者是安装虚拟机。具体前期摸索是个人电脑,重大计算还是得购买服务器工作站的。
4楼2019-02-14 15:17:23
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xueyajuan

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaochan6 at 2019-02-13 17:21:03
...

非常感谢
资源共享的时代!
5楼2019-02-15 09:44:01
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xueyajuan

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ram_chen at 2019-02-14 14:12:59
是要安装在linux下,普通台式机装完系统后可以安装运行,不过要看你算的体系大小,有可能因为体系大例子打不开,或者说运行很卡。
留下邮箱,我把资料给你,或者私信给我QQ,发你资料。

非常感谢,我手头有不少资料,我加入了一个群,相关的书籍实在是太多了,我不知道该从哪儿入手,据我了解(抱歉,我是刚认识这个软件一周啊),这软件主要用于生物大分子模拟的,但我不是要模拟某个大分子,我是看有人用它模拟纳米粒子相变的,我也要做这个。我上传一篇文献,就是我要模仿学习的内容,请你帮我看看,我应该重点学习GMX的哪一部分内容或功能,非常感谢。

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  • 2019-02-15 09:49:00, 1.52 M
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6楼2019-02-15 09:49:17
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hakuna

木虫 (知名作家)

你可以关注一下科音的培训,还是比较良心的: http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
7楼2019-02-15 16:08:17
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xueyajuan

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ram_chen at 2019-02-14 14:12:59
是要安装在linux下,普通台式机装完系统后可以安装运行,不过要看你算的体系大小,有可能因为体系大例子打不开,或者说运行很卡。
留下邮箱,我把资料给你,或者私信给我QQ,发你资料。

您好,之前与您联系过,根据您的建议,最近我在学习用MS跑聚合物,但始终没有找到相关的教程,网上的教程大多是有关小分子的,您是否知道能在哪个地方找到MS跑聚合物方面的教程,请指点一下,谢谢
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8楼2019-02-26 09:24:17
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muzhong242

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ram_chen at 2019-02-14 14:12:59
是要安装在linux下,普通台式机装完系统后可以安装运行,不过要看你算的体系大小,有可能因为体系大例子打不开,或者说运行很卡。
留下邮箱,我把资料给你,或者私信给我QQ,发你资料。

您好,能不能资料也发我一份?

发自小木虫Android客户端
9楼2019-09-10 12:51:45
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