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dorasci

新虫 (初入文坛)

[交流] MEGA5.1获取和构建系统发育树已有1人参与

在分子生物学研究中,鉴定基因功能,避免不了与其他基因相比较,而利用蛋白序列构建系统发育树几乎是科研人员必备的基本技能,在此,我将向大家简单的描述一下构建系统发育树的流程。
1.首先,准备好要构建系统发育树的蛋白序列(一定要蛋白哦),然后把所有蛋白序列添加到fast格式的文件里,并且标清楚蛋白名称,在每个蛋白名称前面添加“>”;
MEGA5.1获取和构建系统发育树
MEGA5.1获取和构建系统发育树-1
2.准备好蛋白序列以后,打开mega5.1软件,点击align—edit/build alignment;
MEGA5.1获取和构建系统发育树-2
3.选择create a new alignment—protein;
MEGA5.1获取和构建系统发育树-3
MEGA5.1获取和构建系统发育树-4
4.选择data—open—retrieve sequences from file,现在准备好的fasta文件—打开
MEGA5.1获取和构建系统发育树-5
MEGA5.1获取和构建系统发育树-6
MEGA5.1获取和构建系统发育树-7
5.在此界面点击w—align protein—ok—ok,等待生成;
MEGA5.1获取和构建系统发育树-8
MEGA5.1获取和构建系统发育树-9
6.点击data—phylogenetic analysis—yes;
MEGA5.1获取和构建系统发育树-10
7.回到mega5.1主桌面,点击phylogeny-construct/test neighbor-joining tree—yes—compute,最终生成了系统发育树;
MEGA5.1获取和构建系统发育树-11
MEGA5.1获取和构建系统发育树-12
8.点击箭头位置选择进化树类型;
MEGA5.1获取和构建系统发育树-13
9.推荐生成的树,点击file—print打印为pdf版本,分辨率较高。

mega5.1免费获取地址,请关注微信公众号:懒胖子口袋,回复mega,获取下载链接。
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dorasci

新虫 (初入文坛)

来看吧
想发大文章
2楼2019-01-31 14:29:12
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yuqiHYQ

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
厉害厉害,一会试试,如果有问题还请多多关照

发自小木虫IOS客户端
3楼2019-03-15 10:30:56
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