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是改改啊

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助师兄师姐,我怎么找要求基因然后下载并知道这些基因的关系并构建网络呢?已有1人参与

建立基因调控网络(GRN)
在本工作中,使用来自以下Web服务器的公共可用基因表达数据构建模型GRN:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
从Homo sapiens中提取数据集,列出5个高表达基因和5个弱表达基因。确定这10个基因之间的相关性。
从Mus musculus中获取第二个数据集,然后列出步骤1中发现的10个基因。确定这10个基因之间的相关性。

注:使用“cytoscape”确定网络,并对两个小网络进行比较。
要求:简要介绍每种基因的功能。

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随风入墨

新虫 (正式写手)

2楼2019-01-06 19:23:02
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3楼2019-01-06 21:33:32
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酱油托儿所

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2019-02-25 22:00:43
可以把数据做完功能分析再导入cytoscape里面作图,关键是前面的数据有找完并分析好了吗?前期对于GEO数据库的搜索和挖掘一般要自己先定好标准,然后根据筛选要求选取自己需要的数据集,然后做一系列的数据指控,功能分析等等。如果数据已经找完的话,也会敲一点点代码,那么可以尝试用R包来进行分析,网上教程非常多的。如果不太会敲代码,那么只能用网络上的一些在线分析软件了,我之前用过omicsshare,小工具分的比较细致,可以更具需求来使用。还用过一个叫omicsbean的,这个里面整合了cytoscape的做图功能,前期也可以转化GEO的数据库。就是用起来之前需要看一下操作教程,不然不知道怎么点,操作教程有的还看不太懂的话就打他们电话去问就行,技术支持还可以,希望对你有帮助
生物信息数据挖掘爱好者
4楼2019-02-25 09:07:36
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