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limi5200铜虫 (小有名气)
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VASP提交计算，显示一直排队。。。已有1人参与
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请求大神帮助~拜托拜托。 之前让朋友帮忙编译了个VASP在超算上面，是PBS管理系统的，但是我利用提交命令一直在排队，也不要到错误在哪里  ，，，我看网上输入qstat -f jobid查看了，也不明白错误怎么改，请求大神帮帮忙 这是我的vasp.pbs [Zhaohq@mu02 vaspnewtest]$ vi vasp.pbs #!/bin/bash #PBS -q PUBLIC #PBS -l walltime=100:00:00 #PBS -S /bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -m abe #PBS -N Ga2SSem12 ###PBS -o test4.out ###PBS -e test4.err echo $PBS_O_WORKDIR export PATH=/public/software/openmpi-intel/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/openmpi-intel/lib:/public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/ifortvars.sh intel64 source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/iccvars.sh intel64 source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh EXE=~/bin/vasp_std #/public/home/zhaohan/bin/vasp.5.3-optcell/vasp cd $PBS_O_WORKDIR cat $PBS_NODEFILE NP=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{ print $1 }'` cat $PBS_NODEFILE | awk '{n++; if(n%24==0) print $1 }' > ./machines /public/software/openmpi-intel/bin/mpirun -machinefile $PBS_O_WORKDIR/machines -np $NP $EXE >out echo '--------------Job ends at----------------------------' date "+%k:%M:%S %b-%m-%Y" echo '-----------------------------------------------------' 这是我输入qstat -f出来的东东。 [Zhaohq@mu02 ~]$ qstat 1509550.mu01 Job ID Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 1509550.mu01 tests Zhaohq 0 Q taihezi [Zhaohq@mu02 ~]$ qstat -f 1509550.mu01 Job Id: 1509550.mu01 Job_Name = tests Job_Owner = Zhaohq@mu02 job_state = Q queue = taihezi server = mu01 Checkpoint = u ctime = Thu Oct 11 17:23:52 2018 Error_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.e1509550 Hold_Types = n Join_Path = oe Keep_Files = n Mail_Points = a mtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018 Output_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.o1509550 Priority = 0 qtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018 Rerunable = True Resource_List.nodect = 8 Resource_List.nodes = 8 Resource_List.walltime = 9999:00:00 Variable_List = PBS_O_QUEUE=taihezi,PBS_O_HOME=/public/home/Zhaohq, PBS_O_LOGNAME=Zhaohq, PBS_O_PATH=/public/software/intel/bin:/public/software/intel/advisor_ xe_2015.1.10.380555/bin64:/public/software/intel/vtune_amplifier_xe_20 15.1.1.380310/bin64:/public/software/intel/inspector_xe_2015.1.2.37916 1/bin64:/public/software/intel//impi/5.0.2.044/intel64/bin:/public/sof tware/intel//itac/9.0.2.045/intel64/bin:/public/software/intel/compose r_xe_2015.1.133/bin/intel64:/public/software/intel/composer_xe_2015.1. 133/debugger/gdb/intel64_mic/bin:/public/home/Zhaohq/bin:/usr/java/jre 1.8.0_121/bin:/usr/java/jre1.8.0_121/bin:/public/software/tsce4/maui/s bin:/public/software/tsce4/maui/bin:/public/software/tsce4/torque6/bin :/public/software/tsce4/torque6/sbin:/usr/local/bin:/usr/lib64/qt-3.3/ bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:.:/public/home/Z haohq/.local/bin:/public/home/Zhaohq/bin, PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/Zhaohq,PBS_O_SHELL=/bin/bash, PBS_O_LANG=en_US.UTF-8, PBS_O_SUBMIT_FILTER=/public/software/tsce4/torque6/bin/submitfilter.s h,PBS_O_WORKDIR=/public/home/Zhaohq/lyz/gra,PBS_O_HOST=mu02, PBS_O_SERVER=mu01 euser = Zhaohq egroup = Zhaohq queue_type = E etime = Thu Oct 11 17:23:52 2018 submit_args = vasp.pbs fault_tolerant = False job_radix = 0 submit_host = mu02 request_version = 1 求大神帮帮忙  |
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2楼2018-10-12 16:24:23
limi5200
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sbkk
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10楼2018-10-20 19:23:39
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