查看: 450  |  回复: 9
【悬赏金币】回答本帖问题,作者limi5200将赠送您 20 个金币

limi5200

铜虫 (初入文坛)

[求助] VASP提交计算,显示一直排队。。。已有1人参与

请求大神帮助~拜托拜托。
之前让朋友帮忙编译了个VASP在超算上面,是PBS管理系统的,但是我利用提交命令一直在排队,也不要到错误在哪里,,,我看网上输入qstat -f jobid查看了,也不明白错误怎么改,请求大神帮帮忙
这是我的vasp.pbs
[Zhaohq@mu02 vaspnewtest]$ vi vasp.pbs

#!/bin/bash
#PBS -q PUBLIC
#PBS -l walltime=100:00:00
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -m abe
#PBS -N Ga2SSem12
###PBS -o test4.out
###PBS -e test4.err

echo $PBS_O_WORKDIR
export PATH=/public/software/openmpi-intel/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/openmpi-intel/lib:/public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/ifortvars.sh intel64
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/iccvars.sh intel64
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh

EXE=~/bin/vasp_std
#/public/home/zhaohan/bin/vasp.5.3-optcell/vasp

cd  $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE
NP=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{ print $1 }'`
cat $PBS_NODEFILE | awk '{n++; if(n%24==0) print $1 }' > ./machines


/public/software/openmpi-intel/bin/mpirun -machinefile $PBS_O_WORKDIR/machines -np $NP $EXE >out

echo '--------------Job ends at----------------------------'
date "+%k:%M:%S %b-%m-%Y"
echo '-----------------------------------------------------'

这是我输入qstat -f出来的东东。
[Zhaohq@mu02 ~]$ qstat 1509550.mu01
Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
1509550.mu01               tests            Zhaohq                 0 Q taihezi        
[Zhaohq@mu02 ~]$ qstat -f 1509550.mu01
Job Id: 1509550.mu01
    Job_Name = tests
    Job_Owner = Zhaohq@mu02
    job_state = Q
    queue = taihezi
    server = mu01
    Checkpoint = u
    ctime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Error_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.e1509550
    Hold_Types = n
    Join_Path = oe
    Keep_Files = n
    Mail_Points = a
    mtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Output_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.o1509550
    Priority = 0
    qtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Rerunable = True
    Resource_List.nodect = 8
    Resource_List.nodes = 8
    Resource_List.walltime = 9999:00:00
    Variable_List = PBS_O_QUEUE=taihezi,PBS_O_HOME=/public/home/Zhaohq,
        PBS_O_LOGNAME=Zhaohq,
        PBS_O_PATH=/public/software/intel/bin:/public/software/intel/advisor_
        xe_2015.1.10.380555/bin64:/public/software/intel/vtune_amplifier_xe_20
        15.1.1.380310/bin64:/public/software/intel/inspector_xe_2015.1.2.37916
        1/bin64:/public/software/intel//impi/5.0.2.044/intel64/bin:/public/sof
        tware/intel//itac/9.0.2.045/intel64/bin:/public/software/intel/compose
        r_xe_2015.1.133/bin/intel64:/public/software/intel/composer_xe_2015.1.
        133/debugger/gdb/intel64_mic/bin:/public/home/Zhaohq/bin:/usr/java/jre
        1.8.0_121/bin:/usr/java/jre1.8.0_121/bin:/public/software/tsce4/maui/s
        bin:/public/software/tsce4/maui/bin:/public/software/tsce4/torque6/bin
        :/public/software/tsce4/torque6/sbin:/usr/local/bin:/usr/lib64/qt-3.3/
        bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:.:/public/home/Z
        haohq/.local/bin:/public/home/Zhaohq/bin,
        PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/Zhaohq,PBS_O_SHELL=/bin/bash,
        PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,
        PBS_O_SUBMIT_FILTER=/public/software/tsce4/torque6/bin/submitfilter.s
        h,PBS_O_WORKDIR=/public/home/Zhaohq/lyz/gra,PBS_O_HOST=mu02,
        PBS_O_SERVER=mu01
    euser = Zhaohq
    egroup = Zhaohq
    queue_type = E
    etime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    submit_args = vasp.pbs
    fault_tolerant = False
    job_radix = 0
    submit_host = mu02
    request_version = 1

求大神帮帮忙
回复此楼
fun2ny
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超算云

新虫 (正式写手)

用我们超算吧,不排队,直接软件给你安装好了

发自小木虫Android客户端
2楼2018-10-12 16:24:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limi5200

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 超算云 at 2018-10-12 16:24:23
用我们超算吧,不排队,直接软件给你安装好了

能帮忙解决下问题吗换计算平台可以考虑的
fun2ny
3楼2018-10-12 18:32:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超算云

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by limi5200 at 2018-10-12 18:32:58
能帮忙解决下问题吗换计算平台可以考虑的...

以私信

发自小木虫Android客户端
4楼2018-10-12 20:33:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周宾

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 超算云 at 2018-10-12 20:33:45
以私信
...

你们的超算要排队时间长吗

发自小木虫Android客户端
5楼2018-10-13 13:27:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超算云

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by 周宾 at 2018-10-13 13:27:50
你们的超算要排队时间长吗
...

不需要,很少有,可以先测试

发自小木虫Android客户端
6楼2018-10-13 13:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周宾

新虫 (小有名气)

7楼2018-10-13 13:54:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超算云

新虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 周宾 at 2018-10-13 13:54:17
下次用你们的

可以,性能比这个好很多

发自小木虫Android客户端
8楼2018-10-14 11:51:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haidiyou

木虫 (小有名气)

先到计算节点验证程序内不能正常运行,
如果能正常运行 就有可能是当前运行任务超过torqure 限制了
qmgr -c “p s”查看
9楼2018-10-16 20:55:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sbkk

铁杆木虫 (正式写手)

请问楼主torque怎么在主节点和子节点安装好的?装完了torque6.1.2发现pbs_mom和psb的一系列软件都打不开
路能走多远,在于事先准备的有多好。不要看到希望而坚持,只有坚持才会看到希望。
10楼2018-10-20 19:23:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 limi5200 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[数学] 一个极限的计算与证明 +3 Edstrayer 2018-12-12 9/450 2018-12-14 03:04 by Edstrayer
[论文投稿] 2018中科院最新分区Nature Communications竟然沦为二区 +51 张兴国 2018-12-11 79/3950 2018-12-13 23:37 by weekweek
[硕博家园] 文献下载 +7 Ladadiladi 2018-12-13 10/500 2018-12-13 22:56 by Ladadiladi
[考博] 研二在读,现在联系博导,早吗? +13 学者学者 2018-12-11 13/650 2018-12-13 21:52 by 啊文9995
[论文投稿] 请问RSC Green Chemistry 投稿的时候应该选择什么格式? +6 小小幸运a 2018-12-09 17/850 2018-12-13 19:55 by 小小幸运a
[材料工程] 下面的形貌图是如何做出来的 +3 raolixiang 2018-12-08 3/150 2018-12-13 17:29 by dctx0608
[分析] OpenLAB CDS EZChrom在哪可以下载? +4 yekenyh 2018-12-11 5/250 2018-12-13 15:22 by wslwydgv
[考博] 考博失败了。自己联系的老师,什么样的结果都要自己承担。 +30 prcwjy 2018-12-09 62/3100 2018-12-13 14:56 by wslwydgv
[硕博家园] 实验做得没头绪 +11 f-future 2018-12-12 20/1000 2018-12-13 14:02 by wslwydgv
[论文投稿] 核心都能被拒 +10 wanjikang 2018-12-13 10/500 2018-12-13 09:51 by 猫先森
[考博] 高分子材料还是锂电? +5 老人与海2012 2018-12-10 5/250 2018-12-13 09:50 by hustwestrain
[论文投稿] 2018中科院最新分区,materials letters从二区将为三区了 +7 靓仔归来 2018-12-12 7/350 2018-12-13 06:37 by mtong2004
[硕博家园] 大龄未婚女硕士选择国内or国外读博 +33 Jennysky 2018-12-11 34/1700 2018-12-12 20:02 by darlingzcz
[公派出国] csc规定问题 +4 bzvew 2018-12-07 6/300 2018-12-12 05:10 by xl77424
[公派出国] 催邀请函外导不回复是什么意思 +6 misZ^O^ 2018-12-09 11/550 2018-12-10 20:47 by Erwin1985
[论文投稿] 请问AJE这个润色公司怎么样啊? +8 Hdoaond 2018-12-07 15/750 2018-12-09 15:25 by Hdoaond
[版块工场] 【早起签到贴】2018年12月9日(q q 48626260 进群申请:小木虫——您个人ID) +37 8475 2018-12-09 37/1850 2018-12-09 09:48 by LAB9
[有机交流] 请问合成实验中的催化剂也要用FS(for synthesis)级的吗? +3 哈哈吉 2018-12-07 3/150 2018-12-09 09:39 by 天山明月
[论文投稿] 拜托大佬指教,一个主成分成分分析图。 +3 质谱界的渣渣 2018-12-08 3/150 2018-12-08 23:32 by 18291831678
[考研] 考研,物理化学和分析化学哪个就业前景好一点 +5 黎黎黎晓 2018-12-07 6/300 2018-12-07 10:17 by tsyxyss123
信息提示
请填处理意见