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limi5200

铜虫 (初入文坛)

[求助] VASP提交计算,显示一直排队。。。已有1人参与

请求大神帮助~拜托拜托。
之前让朋友帮忙编译了个VASP在超算上面,是PBS管理系统的,但是我利用提交命令一直在排队,也不要到错误在哪里,,,我看网上输入qstat -f jobid查看了,也不明白错误怎么改,请求大神帮帮忙
这是我的vasp.pbs
[Zhaohq@mu02 vaspnewtest]$ vi vasp.pbs

#!/bin/bash
#PBS -q PUBLIC
#PBS -l walltime=100:00:00
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -m abe
#PBS -N Ga2SSem12
###PBS -o test4.out
###PBS -e test4.err

echo $PBS_O_WORKDIR
export PATH=/public/software/openmpi-intel/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/openmpi-intel/lib:/public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/ifortvars.sh intel64
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/iccvars.sh intel64
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh

EXE=~/bin/vasp_std
#/public/home/zhaohan/bin/vasp.5.3-optcell/vasp

cd  $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE
NP=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{ print $1 }'`
cat $PBS_NODEFILE | awk '{n++; if(n%24==0) print $1 }' > ./machines


/public/software/openmpi-intel/bin/mpirun -machinefile $PBS_O_WORKDIR/machines -np $NP $EXE >out

echo '--------------Job ends at----------------------------'
date "+%k:%M:%S %b-%m-%Y"
echo '-----------------------------------------------------'

这是我输入qstat -f出来的东东。
[Zhaohq@mu02 ~]$ qstat 1509550.mu01
Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
1509550.mu01               tests            Zhaohq                 0 Q taihezi        
[Zhaohq@mu02 ~]$ qstat -f 1509550.mu01
Job Id: 1509550.mu01
    Job_Name = tests
    Job_Owner = Zhaohq@mu02
    job_state = Q
    queue = taihezi
    server = mu01
    Checkpoint = u
    ctime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Error_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.e1509550
    Hold_Types = n
    Join_Path = oe
    Keep_Files = n
    Mail_Points = a
    mtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Output_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.o1509550
    Priority = 0
    qtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Rerunable = True
    Resource_List.nodect = 8
    Resource_List.nodes = 8
    Resource_List.walltime = 9999:00:00
    Variable_List = PBS_O_QUEUE=taihezi,PBS_O_HOME=/public/home/Zhaohq,
        PBS_O_LOGNAME=Zhaohq,
        PBS_O_PATH=/public/software/intel/bin:/public/software/intel/advisor_
        xe_2015.1.10.380555/bin64:/public/software/intel/vtune_amplifier_xe_20
        15.1.1.380310/bin64:/public/software/intel/inspector_xe_2015.1.2.37916
        1/bin64:/public/software/intel//impi/5.0.2.044/intel64/bin:/public/sof
        tware/intel//itac/9.0.2.045/intel64/bin:/public/software/intel/compose
        r_xe_2015.1.133/bin/intel64:/public/software/intel/composer_xe_2015.1.
        133/debugger/gdb/intel64_mic/bin:/public/home/Zhaohq/bin:/usr/java/jre
        1.8.0_121/bin:/usr/java/jre1.8.0_121/bin:/public/software/tsce4/maui/s
        bin:/public/software/tsce4/maui/bin:/public/software/tsce4/torque6/bin
        :/public/software/tsce4/torque6/sbin:/usr/local/bin:/usr/lib64/qt-3.3/
        bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:.:/public/home/Z
        haohq/.local/bin:/public/home/Zhaohq/bin,
        PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/Zhaohq,PBS_O_SHELL=/bin/bash,
        PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,
        PBS_O_SUBMIT_FILTER=/public/software/tsce4/torque6/bin/submitfilter.s
        h,PBS_O_WORKDIR=/public/home/Zhaohq/lyz/gra,PBS_O_HOST=mu02,
        PBS_O_SERVER=mu01
    euser = Zhaohq
    egroup = Zhaohq
    queue_type = E
    etime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    submit_args = vasp.pbs
    fault_tolerant = False
    job_radix = 0
    submit_host = mu02
    request_version = 1

求大神帮帮忙
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fun2ny
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超算云

新虫 (小有名气)

用我们超算吧,不排队,直接软件给你安装好了

发自小木虫Android客户端
2楼2018-10-12 16:24:23
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limi5200

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 超算云 at 2018-10-12 16:24:23
用我们超算吧,不排队,直接软件给你安装好了

能帮忙解决下问题吗换计算平台可以考虑的
fun2ny
3楼2018-10-12 18:32:58
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超算云

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by limi5200 at 2018-10-12 18:32:58
能帮忙解决下问题吗换计算平台可以考虑的...

以私信

发自小木虫Android客户端
4楼2018-10-12 20:33:45
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周宾

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 超算云 at 2018-10-12 20:33:45
以私信
...

你们的超算要排队时间长吗

发自小木虫Android客户端
5楼2018-10-13 13:27:50
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超算云

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by 周宾 at 2018-10-13 13:27:50
你们的超算要排队时间长吗
...

不需要,很少有,可以先测试

发自小木虫Android客户端
6楼2018-10-13 13:46:59
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周宾

新虫 (小有名气)

7楼2018-10-13 13:54:17
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超算云

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 周宾 at 2018-10-13 13:54:17
下次用你们的

可以,性能比这个好很多

发自小木虫Android客户端
8楼2018-10-14 11:51:19
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haidiyou

木虫 (小有名气)

先到计算节点验证程序内不能正常运行,
如果能正常运行 就有可能是当前运行任务超过torqure 限制了
qmgr -c “p s”查看
9楼2018-10-16 20:55:52
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