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NES润色

至尊木虫 (著名写手)


[交流] 科研论文的追踪、管理和阅读已有10人参与

阅读文献是了解各研究领域内新动态的最重要途径。通过阅读最近出版的论文,研究人员可以了解国内外同行做了什么,怎么做的,得到了什么重要结论等。及时找到感兴趣的专业文献,并尽可能将重要文献吃透,对于研究是至关重要的。

当前,检索文献的主要方式是直接在数据库,特别是谷歌学术搜索关键词,找到关键论文后,再查看引用这些论文的论文,下载pdf全文,甄选后阅读。

随着研究工作的深入,文献也逐渐积累,绝大多数研究人员积累的PDF文件可能达几百个,几千甚至几万个。这么多pdf文件,如果不按照一定规则管理,并按照一定顺序优先阅读,很容易让人陷入文献的海洋。读文献宜精不宜多。时间有限,不能漫无目的地在文献的海洋中漂流。

本文分享一些跟踪、整理和阅读文献的方法,主要是希望对生态学研究生有所帮助。与标题的顺序稍有不同,按照阅读、追踪和整理的顺序介绍。

阅读文献
为什么要阅读文献?
阅读文献的最终目标是为自己在所研究的领域构建最前沿、最深刻的认知。最终目标能否达到,是一个人能否成为一流学者的重要因素。每一位研究人员都要做好文献阅读和整理,这是学术研究能历久弥新的重要保证。

具体来说,阅读文献主要有以下三个原因:

获得新的认知

学习新的方法

熟悉研究领域

这三点就不展开了。而读文献时最重要的一点就是目的明确,也就是知道想从这篇文献中获得什么。

学术论文的常见类别
1. 研究论文


主要是收集数据,通过一定的方法进行假设的检验,展示结果,讨论。这也是研究论文最常见的格式。研究论文最核心的内容,就是原创性和新的知识。因为这是人们从科学领域获得并且记录新知识的最重要方式。

2. 方法和技术论文
这种论文一般介绍新的软件或者新的方法、新的工作流程或数据标准,如Darwin Core数据交换标准,植物标本图像采集的流程和具体要求等。生态学中常用的vegan程序包,分子系统学中建立进化树的RAxML软件,作者都撰写了相应的论文。论文中介绍软件研发的背景、目的,实现的主要功能以及和其他软件相比的优势等,一般还会提供一个或者几个研究实例。如果软件或算法得到的了广泛关注,文章的引用率往往会很高。

3. 数据论文
一般只介绍数据以及数据采集和生成的过程,或者标准化的过程,并提供初步的统计图表等。例如介绍CHELSA气候图层的论文,介绍植物功能性状数据库TRY的论文等。一般来说,数据都在Dryad, Figshare, Github等网站,或者专门设立网站将数据公开。这类论文可能比较短,而且不包括对数据的深入分析。数据论文也可能是某地区的生物多样性编目,如某地区的物种名录及其濒危等级评估等。

4. 综述
综述是对某一个领域的研究现状进行总结、评述和展望的论文。国际上的主流学术期刊,一般以研究性论文为主,但也会发表少量综述,一般为约稿。部分期刊,如Trends in Ecology and Evolution, Annual Reviews上的论文以综述为主。这些论文,大多是某学者取得很高的学术声望后,由期刊的编辑发邀请函,请该学者围绕领域内的某一问题撰写的。综述论文往往涉及大量文献。一般的研究论文,参考文献数量很少超过100篇, 且一般在80篇以下,而综述性论文,为了详细介绍研究进展等,往往从学科的历史、现状、问题、展望等多方面进行论述,因此参考文献也较一般的研究论文多得多。阅读好的综述论文,有助于快速了解某一个领域的动态,把握学科的发展方向,也能帮忙快速找到以前忽略的重要文献,因此是了解某一领域的首选。

5. 观点述评
一般是学者对某一研究进展,或者现象表达个人观点的论文,在一定程度上接近综述,但由于篇幅所限,很难展示某一领域的全貌。一般来说,对某一问题持不同观点的学者, 可能在期刊的同一期,或者附近的几期内刊登论文。例如植物分类学家Maarten J. M. Christenhusz将蕨类植物的属名分类系统进行了大量合并,而一些蕨类专家对此持反对态度,因此在Taxon杂志上发表论文互相驳斥对方的观点。观点述评一类的论文,当然也要用数据支撑自己的观点,做到有理有据。

6. 编者按
一般是主编对某一期的若干篇论文进行简要的评述,也可能是基于该期发表的论文做进一步的呼吁(如怎样有效保护野生动植物)等。编者按一般是期刊编委会成员或者特邀编委撰写的,对于了解学科动态有一定的指导意义。

7. meta分析
一般是从不同的研究论文提取数据, 再进一步分析,一般也进行假说检验,形式上介于研究论文和综述之间。

读文献的基本要求
无论是读哪种类型的论文,最重要有三点要了解:

研究人员做了什么

得到了什么结果

作者持什么观点

研究论文阅读的顺序
一般来说,论文都可以从头到尾通读。如果时间太紧张,或者对技术细节不感兴趣,则可以按照以下顺序阅读:

先读摘要,确定是否有读下去的必要

再看图表,确定结果是否足够吸引人

再读结论,即论文最重要的信息是什么

再读讨论,了解结果的意义

若对材料与方法的细节感兴趣,则应全面阅读全文

若自己对研究内容与问题不太熟悉,则要从前言开始顺序阅读

阅读笔记
阅读笔记,就是在读论文过程中记录看文献时得到的重要信息以及自己的想法。一般用一两句话总结该论文做了什么,得到了什么结果或者结论,有什么不足等。以后要回忆文献的内容,直接看笔记就能想起来大部分。阅读笔记可在文献管理软件中撰写和保存。

用好文献管理软件
文献管理软件,对于每个读论文、写论文的的学生,都是必须要熟练掌握的。

常用软件包括Mendeley, Zotero, JabRef, Endnote等,只需要选择一种自己认为顺手的软件即可。这些软件一般都包括以下功能:

自动提取PDF中的文字信息, 通过查询文档的DOI或者对PDF内容进行识别,而在软件中自动填写文献的作者、标题、期刊、页码等信息

PDF的文字部分导入数据库中,以便搜索时能顺利找到

做笔记的功能

按照一定格式,在Word, OpenOffice, LaTeX文档中插入参考文献,能极大节省论文撰写的时间。

在文献管理软件中,阅读笔记一般可以和标签一样检索。如果阅读笔记总结得合适,一般在检索时能快速找到文献。

什么时候读论文,每天读多少?
写文章之前一般要大量阅读论文,以确保自己对学科状态有全面和客观的认识。科研人员来说,最好需要养成在空闲时间阅读和思考的习惯,只是要懂得如何选择最适合自己的论文,去粗取精。对于博士研究生来说,最好每天能读一篇文献。

读文献遇到不懂的地方怎么办?
任何人在读论文时,都会有疑惑,或者对概念或者方法等不清楚。如果是关键性的方法,而作者在论文中介绍的不清楚,建议直接联系作者。其他情况下,建议按照以下顺序搜索或者请教问题。

谷歌 Google。善用搜索引擎已经是信息社会的基本生存能力。

维基百科 Wikipedia。对于一些基本概念,部分背景知识,维基百科介绍得可能更清楚。不过,因为所有人都能编辑维基百科,相关内容的可信度要经过认真评价。

在QQ群、微信群、Stackoverflow、统计之都等专业论坛咨询: 这些群或者论坛主要用来求助技术问题,特别是数据处理问题,如R,Python等的问题。国外就有研究生拍毕业照时,致谢Stackoverflow.

向同行求助。一些科研人员,愿意将自己的代码、模型等在网站上共享,一般来说,他们也非常愿意帮助别人。如果在QQ群、微信群、专业论坛等都没能解决,则可以尝试联系这些人,看能否帮忙解答问题。

文献检索
怎样获得研究领域的最新进展?
一般包括以下几种方式:

关注在谷歌学术设立个人页面的主要科学家,并让谷歌学术在作者有新论文发表时,发email提醒;

在Google Scholar创建若干核心论文的引用提醒(citation alert),这些论文在有新的引用后,谷歌学术就会发邮件提醒。

在ResearchGate, Twitter, facebook上跟踪感兴趣的学者;

订阅Wiley, Springer, Science Direct, Oxford等数据库中感兴趣期刊的Content Alert。有新论文发表时,系统会发邮件通知;

订阅期刊的RSS,有新的论文上线时,通过RSS Reader 等就能方便查看;

浏览学会或者期刊的网站或者博客,如英国生态学会(BES),Methods in Ecology and Evolution网站等都有相应的博客,介绍出版的重要论文;

专业论坛、QQ群、微信群等分享的文献

寻找文献的过程
通过Google Scholar等找到引用率较高的核心论文之后(又称为种子论文, seed paper),继续查找引用这些文献的论文,以及这些文献本身引用了哪些论文,防止将重要文献遗漏。综述论文一般可以作为种子论文,帮你找到更多的论文。

怎样下载论文的全文?
一般是在Google Scholar检索到之后,打开期刊的网页,找到DOI,然后在SCI-Hub搜索DOI,就可下载到PDF全文。绝大部分英文论文都可以在Sci-hub下载到全文,由于Sci-Hub侵犯了一些出版商的知识产权,目前不清楚还能坚持多久。当然,如果能够合法下载,可能还是合法下载更好。

文献整理
综述或者引用率很高的研究论文要归类为核心论文,这些是必须要精读的。可在文献管理软件中添加特定标签,方便查阅。

下载的论文应立即导入文献管理软件,并按照关键词分类,并加上适当标签,便于查找和做笔记。

用文献管理软件给PDF重命名,建议为 "第一作者,年份,杂志",这样,不但在管理软件中能快速找到文件,在单机版搜索软件(如Everything)也能快速找到。Zotero, Mendeley等软件都具有批量重命名PDF文件的功能。
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ruileelucky

新虫 (著名写手)

2楼2018-10-12 11:35:08
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Dezhen1

新虫 (小有名气)

引用回帖:
1楼: Originally posted by NES润色 at 2018-10-12 11:33:54
阅读文献是了解各研究领域内新动态的最重要途径。通过阅读最近出版的论文,研究人员可以了解国内外同行做了什么,怎么做的,得到了什么重要结论等。及时找到感兴趣的专业文献,并尽可能将重要文献吃透,对于研究是至 ...

受用了,点赞!

发自小木虫Android客户端
3楼2018-10-12 13:00:23
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摩卡~~

金虫 (著名写手)

4楼2018-10-12 18:33:07
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bmw喵喵

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
总结很好,谢谢楼主

发自小木虫IOS客户端
5楼2018-10-13 08:40:00
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宁雅刘

新虫 (初入文坛)

6楼2018-10-14 20:10:32
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公卫菌

新虫 (初入文坛)

7楼2018-10-16 08:53:50
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安丶辰

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主可以让我也进群吗
8楼2018-11-01 11:31:36
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9楼2018-11-01 11:46:27
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张九二

新虫 (初入文坛)

谢谢。
10楼2018-11-02 19:32:43
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