应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 根据序列设计完引物，跑完胶测序一对比不完全吻合怎么办
【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
201/2返回列表12下一页
查看: 2683  |  回复: 19
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者xydlengyue将赠送您 16 个金币

xydlengyue

金虫 (正式写手)

[求助] 根据序列设计完引物，跑完胶测序一对比不完全吻合怎么办已有3人参与

按照NCBI上找的序列设计的，但是引物送来PCR之后结果无法完全吻合
原序列：
AAAATAATATAAAAAAATAATAAATTAATTTCTTTATATATCATTTAGTTAATGGCGATTCTATAAAAAATCACAGAAAAATTTGTTGGAAAAGTTAAAGGTTGTATCTGGGGTGCCGATAAACTTGTTGCCGGTGATTGACACCGTAAATGAATAGGCAAACTTTTATTTTATCGACTTGATTTTAAAGGAATCTAGCTATGGCACAAGTCATTAATACCAACTATCTATCCCTGGTAACTCAAAACAACCTGAACAAATCTCAGGGAACTTTAGGAAGTGCAATCGAGCGTCTGTCTTCTGGTCTACGTATCAACAGTGCAAAAGACGATGCAGCGGGTCAAGCAATTGCTAACCGTTTCACTTCAAACGTAAATGGTTTAACTCAAGCTTCACGTAATGCGAACGATGGTATCTCTATCGCTCAAACAACTGAAGGTGCATTAAACGAAATCAACAATAACTTACAACGTATCCGTGAGTTAACTGTTCAAGCGAAAAACGGTACTAACTCTAATTCAGATATCACTTCTATCCAAAACGAAGTGAAAGAACGTTTAGACGAAATCAACCGTATTTCTGAACAAACTCAGTTTAACGGCGTGAAAGTACTGAGCGGTGAGAAATCAGAAATGGTTATCCAAGTTGGTACTAACGATAATGAAACTATCAAATTTAACTTAGATAAAGTTGATAACGATACATTAGGTGTTGCTAGCGATAAACTGTTTGATGCTAAAACAGAGAAAAAAGGTGTTACAGAAGCAGGTGCTGCAATCGATGCGAAAGATATCGGCGTTGCTGGTGCAACTTCATACGATTCAGGTACAGTAAAAGAATATAAAGTAGATGGTGTTGTTTCTGCTGATAAAGTAATTTTCAATGATGGTACTAAAGATTACCTCGTAAATAAAAGCGATTTCGCACTGGAAGGTGCTGACAAAGCTAAATTTACTGGTGCTAAAACAACTGAATTTACAGCAGATGCAGGTAAAGACGTTAAAACTTTAAACGTTAAAGATGACGCTTTAGCAACTTTAGACAAAGCTATCAACACCATTGATGAAAGCCGTTCTAAATTAGGTGCGATTCAAAACCGTTTTGAATCTACTATCAACAACCTGAACAACACTGTTAACAACTTATCTGCTTCACGTAGCCGTATCTTAGATGCTGACTATGCAACAGAAGTTTCTAACATGAGCCGTGGTCAAATCTTGCAACAAGCGGGTACTTCAGTACTTGCTCAAGCAAACCAAGTACCACAAACTGTTCTGTCTCTGTTACGTTAATTCGTACCCTGACACAAAAGATACCTTTCTATATCAAAGGCCCTCATCTGAGGGTCTTTTTTGTCATTTTATTTTATATTTAAACTCACTCTGTTTTAGTTTATTTTTTTCTCTCCATCTATTTTTGTTTTTTCTGCTAGTCATTATCTCTTATAAATTAATTAATTGGCTTTTTTTACTATTTTCGCGACGCGAAAACA
设计的引物：5'  GGTTGTATCTGGGGTG  3'     F
                    5'  TCAGATGAGGGCCTTTG  3'   R


引物设计说实在刚接触，不是太懂，来个大佬指导一波，帮我找找问题

根据序列设计完引物，跑完胶测序一对比不完全吻合怎么办
对比图.png
回复此楼

» 猜你喜欢
篮球与科研都很重要~
1楼2018-09-25 21:35:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

linhaobua

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
4楼2018-09-26 13:57:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xipha

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
渊博震天: 金币+2, 鼓励回帖交流 2018-09-26 17:46:36
不一样的原因有两种，一个是你提取的组织基因就是和NCBI上的不一样，你把你的序列去blast看看。另一个是你的聚合酶和反应体系不对，导致不保真。这个可以在网上搜搜PCR扩增注意事项。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2018-09-26 17:38:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zw破风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这个引物设计的就不对吧
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2018-09-27 11:05:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

暖心calmyz

银虫 (正式写手)
引物这么短啊

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
2楼2018-09-25 23:33:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xydlengyue

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 暖心calmyz at 2018-09-25 23:33:57
引物这么短啊

是要长一点吗  大概多长  新手不是太懂
赞一下 回复此楼
篮球与科研都很重要~
3楼2018-09-26 09:57:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xydlengyue

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by linhaobua at 2018-09-26 13:57:34
引物这个长短也是可以的，方便的话咱们qq联系吧，53084526.有一些细节要沟通，才能解决问题...

好的  谢谢
回复此楼
篮球与科研都很重要~
5楼2018-09-26 14:48:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xydlengyue

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xipha at 2018-09-26 17:38:05
不一样的原因有两种，一个是你提取的组织基因就是和NCBI上的不一样，你把你的序列去blast看看。另一个是你的聚合酶和反应体系不对，导致不保真。这个可以在网上搜搜PCR扩增注意事项。

我做的是细菌的  在ncbi上面可以找到该细菌的该序列  应该差别不会这么大的  然后片段只有1100bp  应该不需要太保真吧
赞一下 回复此楼
篮球与科研都很重要~
7楼2018-09-27 10:37:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xipha

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xydlengyue at 2018-09-27 10:37:32
我做的是细菌的  在ncbi上面可以找到该细菌的该序列  应该差别不会这么大的  然后片段只有1100bp  应该不需要太保真吧...

如果序列应当一致，扩增体系也没问题，片段又小，你看看会不会扩到细菌基因上的其他同源基因。比如同一家族的不同蛋白，会有一个保守区域，然后其它都差别很大。
赞一下 回复此楼
9楼2018-09-27 14:17:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xydlengyue

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zw破风 at 2018-09-27 11:05:03
你这个引物设计的就不对吧

怎么说？ 求教
回复此楼
篮球与科研都很重要~
10楼2018-09-27 16:25:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xydlengyue 的主题更新
201/2返回列表12下一页
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫 SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 家乡二本高校/沿海传统私企，如何抉择？ 10+6 化学巷 2024-04-15 15/750 2024-04-19 20:43 by jiayouqf7
[硕博家园] 哎 +5 s150535912 2024-04-18 6/300 2024-04-19 20:33 by s150535912
[育儿交流] 小孩7岁，上一年级，不自信，学习较差 10+7 ljaxida 2024-04-16 34/1700 2024-04-19 18:49 by 水可南阳
[有机交流] 傅克酰基化，产率大于百分之一百，求解，很急 90+5 hsn991013 2024-04-15 11/550 2024-04-19 14:49 by scdxyouji
[考博] 25申博记录贴 +3 我属驴核动力驴 2024-04-18 4/200 2024-04-19 10:53 by 安塔瓦拉多
[论文投稿] 国家重点研发计划论文可以发MDPI里的期刊吗 +4 lin_2018 2024-04-17 4/200 2024-04-19 08:46 by TsolmonZ
[论文投稿] 投稿求助 5+3 我是洲洲啊 2024-04-17 5/250 2024-04-18 17:13 by topedit
[论文投稿] The total environment格式 25+4 lyyyyds0 2024-04-13 9/450 2024-04-18 09:33 by 我为人人研
[考研] 求调剂化工学硕276 +14 星星陨落 2024-04-13 14/700 2024-04-17 22:57 by 华北刘兵
[有机交流] 怎么清洗烧瓶 20+5 ww34523 2024-04-16 6/300 2024-04-17 15:20 by 591950582
[考博] 24计算机申博 +4 学无止境er 2024-04-13 6/300 2024-04-16 19:15 by 学无止境er
[考研] 求调剂 +4 鹿萌月yy 2024-04-15 5/250 2024-04-16 16:16 by chenweiwade
[考研] 320求调剂 +5 陆志伟 2024-04-15 5/250 2024-04-16 11:11 by 19862091
[考研] 广州大学光电信息工程专业调剂，招收物理学专业学生 +5 txhx4010 2024-04-14 7/350 2024-04-16 10:52 by domax
[考研] 312求调剂 +3 Lauhalo 2024-04-15 3/150 2024-04-16 10:16 by 19862091
[考研] 材料专硕329调剂遗留难民 +9 Kaylawander 2024-04-13 9/450 2024-04-15 19:21 by mumin1990
[考研] 322求调剂 +6 本己上岸 2024-04-15 7/350 2024-04-15 14:19 by mthwyj
[考研] 材料与化工267求调剂 +5 工科材料267 2024-04-15 8/400 2024-04-15 14:11 by wyx颖颖
[考研] 287求调剂 +6 南沨 2024-04-14 6/300 2024-04-14 23:08 by lincunhui
[考研] 300求调剂 +5 @Xqy668800 2024-04-14 6/300 2024-04-14 23:03 by lincunhui
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭