应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » auto dock4.2 对接重复性问题
【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
51/1返回列表
查看: 1099  |  回复: 4
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者zcm123zcm123将赠送您 5 个金币

zcm123zcm123

新虫 (初入文坛)

[求助] auto dock4.2 对接重复性问题已有3人参与

请教下各位，用Auto dock4.2对接一个小分子有机物和一个蛋白，对接次数100次 条件相同的情况下，重复几次实验发现，抑制常数Ki的值 重复性并不好，300多到500多。以及最低结合能数值的重复性也不好。请问下 这是什么原因
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼2018-08-31 10:26:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对接结果有一定的随机性，对接能量簇分析稳定即可
赞一下 回复此楼
2楼2018-08-31 14:59:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zcm123zcm123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2018-08-31 14:59:06
对接结果有一定的随机性，对接能量簇分析稳定即可

你好，我这一次是选了100个构象中结合能最低的。然后平行比较 发现。结合能的数值确实差的不多，但是抑制常数，结合位点都有很大的出入，
关于你说的团簇的问题。 之前也出现过团簇分析柱状图其最多构象的团簇 平行比较重复性也不太好  团簇的个数和 高低都没有趋势上的相似。 计算条件都一致
望解答，谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2018-08-31 15:30:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

拜仁慕尼黑5

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问对接软件怎么下啊
赞一下 回复此楼
4楼2018-09-20 20:53:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

扯不断

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

AutoDock使用遗传算法，对接结果具有随机性，但聚类分析通常会表现出一定的稳定性。你的情况可能是因为蛋白口袋形状较大、配体分子较小使得配体结合收到的约束较少或者没有氢键之类的具有明确方向的作用力使之结合方向各异。建议用AutoDock Vina，计算更快更准确。更建议用UCSF Dock 6，对接结果是固定的。这两个方案都可以在殷赋云计算平台（http://www.yinfotek.com/platform）上找到，无需安装软件，即可轻松完成整个分子对接计算与分析。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2019-03-28 10:22:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zcm123zcm123 的主题更新
51/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫 论文翻译-EnPapers美助理教授团队-SCI英文润色
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] 傅克酰基化，产率大于百分之一百，求解，很急 90+4 hsn991013 2024-04-15 10/500 2024-04-18 15:38 by lkw0604
[找工作] 家乡二本高校/沿海传统私企，如何抉择？ 10+4 化学巷 2024-04-15 12/600 2024-04-18 10:51 by sayuri0712
[考研] 0854计算机技术316分调剂，求求导师 捞我一下，有学就上 +6 zhushijie218 2024-04-16 7/350 2024-04-17 23:33 by petro
[考博] 没.赶.上.今.年.博.士.的.同.学.看.过.来. +3 SudaQian 2024-04-12 7/350 2024-04-17 20:31 by zzjhpzi
[公派出国] CSC在职申请求问 +5 Amber0919 2024-04-16 5/250 2024-04-17 16:15 by liaojiayan
[教师之家] 调动考察遇到问题。 +7 ZHONGWU_U 2024-04-12 9/450 2024-04-17 15:00 by shl2112501
[考研] 322求调剂 +7 本己上岸 2024-04-16 7/350 2024-04-17 11:49 by duanxz
[考研] 生物与医药调剂 +9 lilinxian 2024-04-12 9/450 2024-04-17 06:38 by yongzhesheng
[考研] 332求调剂 +3 木叶下1999 2024-04-16 5/250 2024-04-17 00:56 by angeliar
[考博] 2024博士招生-9月入学 +17 firen2020 2024-04-12 20/1000 2024-04-16 11:54 by 我要上福
[考研] 食品工程考数学283还能有什么调剂选择 +7 宇宙无敌美少女 2024-04-12 8/400 2024-04-16 10:11 by cyclodextrin726
[考研] 329求调剂 +18 王郁洁哈哈哈 2024-04-14 26/1300 2024-04-15 19:10 by mumin1990
[考研] 求调剂 +4 桃岸雪 2024-04-15 5/250 2024-04-15 18:49 by mthwyj
[考研] 273求调剂 +5 Late婉安 2024-04-15 7/350 2024-04-15 13:01 by Late婉安
[考研] 一志愿大连理工大学342光学（070207），不挑学校希望老师捞一把！ +3 wxw_615 2024-04-12 4/200 2024-04-14 20:30 by zw_muchong
[考研] 338求调剂 +3 18280338551 2024-04-14 5/250 2024-04-14 10:03 by tcni
[考研] 294求调剂 +4 彦彦yh 2024-04-12 7/350 2024-04-12 19:12 by 彦彦yh
[考研] 280求调剂 +3 黑皮冰棒 2024-04-12 6/300 2024-04-12 16:18 by 黑皮冰棒
[考研] 0858能源动力求调剂 +5 毛驴子秋裤 2024-04-11 11/550 2024-04-12 11:41 by 想上岸啊a
[考研] 274分只求B区调剂 +4 备考的苏珊 2024-04-12 8/400 2024-04-12 11:36 by 备考的苏珊
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭