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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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菡萏00

新虫 (初入文坛)

[求助] Gauss 分子模拟已有2人参与

我在做离子液体吸附氧气的分子模拟
我的方法是:DFT B3LYP 6-311G
步骤:
opt+freq离子液体分子(A),opt+freq O2分子(B),这样都可以运行下去。
但是,将优化好的O2分子copy到优化好的离子液体分子中,总是报错,为什么?
离子液体是乙烯基咪唑溴乙烷
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1、既是离子液体吸附氧气的分子,它们应是分子之间的的作用,即氢键或者是范德华作用,那两个分子之间的吸附排布是否符合氢键或者是范德华作用?
2、氧气的分子有两个单电子,离子液体呢?电荷和多重度是否正确?
2、B3LYP用来算氢键或者是范德华作用不合用,要用mp2或者DFT-3(如B2PLYPD3),6-311G基组则太小,因为是吸附,要加弥散和极化,如6-311++G**。
2楼2018-08-08 15:30:05
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paramecium86

版主 (著名写手)

有没有output文件传上来看看。这样比较可能容易看出来哪里的问题。我觉得分别优化之后 如何把这俩分子摆放放到一起,俩分子的相对位置,对于最后计算能不能收敛是有影响的。
3楼2018-08-08 22:46:34
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菡萏00

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2018-08-08 22:46:34
有没有output文件传上来看看。这样比较可能容易看出来哪里的问题。我觉得分别优化之后 如何把这俩分子摆放放到一起,俩分子的相对位置,对于最后计算能不能收敛是有影响的。

谢谢您的回复,我也试着调过两个分子之间的位置但是还是报错了,我把文件传上来了,请老师帮我看看,给点建议。

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  • 附件 1 : 1111.gjf
  • 2018-08-09 10:12:09, 1.62 K
  • 附件 2 : 1111.LOG
  • 2018-08-09 10:12:09, 32.63 K
4楼2018-08-09 10:14:12
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 菡萏00 at 2018-08-08 21:14:12
谢谢您的回复,我也试着调过两个分子之间的位置但是还是报错了,我把文件传上来了,请老师帮我看看,给点建议。...

我看了下 你的输出文件 1111.log 末尾是 normal termination,是正常完成的。 我也用你给的input文件 算了一下 也是正常完成的。你说的报错是什么样的错误信息?
5楼2018-08-09 12:02:24
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菡萏00

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by paramecium86 at 2018-08-09 12:02:24
我看了下 你的输出文件 1111.log 末尾是 normal termination,是正常完成的。 我也用你给的input文件 算了一下 也是正常完成的。你说的报错是什么样的错误信息?...

老师,可以帮我看看第一个文件(1111.gjf)这个吗?我的这个收敛不下去?
6楼2018-08-09 17:13:43
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 菡萏00 at 2018-08-09 04:13:43
老师,可以帮我看看第一个文件(1111.gjf)这个吗?我的这个收敛不下去?...

我用1111.gjf  的内容,算了一下 (我稍微改了一下里面cpu和 内存和 %chk 的设置 为了适应在linux下运行)并没有出错。我input和output在附件里。 你电脑上出错信息是什么?

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  • 附件 1 : test_08082018.log
  • 2018-08-09 23:53:34, 31.08 K
  • 附件 2 : test_08082018.com
  • 2018-08-09 23:53:35, 1.63 K
7楼2018-08-10 00:06:14
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