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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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LALA小黑

新虫 (初入文坛)

[交流] 引物设计的问题已有7人参与

1.我要通过普通PCR扩增一个2000bp的目的基因，将这个基因序列导入到Primer 5里设计引物，引物设计出来之后显示产物长度（product size）只有262bp，但是我需要的序列大小是2000bp，这样设计出来的引物是不是错的，正确的应该要如何设计才能扩增出这个基因。

2.在查找目的基因序列时，我通过基因名在NCBI上查到了该基因的序列，显示的是mRNA,complete cds，师兄告诉我要将NCBI中该基因的信息最下方的Origin处的序列提取出来，然后与小麦参考基因组进行比对，将比对后得到的序列作为该基因的源序列进行引物设计，这样的流程是规范的吗？还是说可以直接利用NCBI上查到的序列进行引物设计。

实验新手，麻烦各位大神帮我详细解答一下，谢谢大家啦
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1楼2018-07-27 14:29:40
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KI2018

禁虫 (著名写手)
★
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本帖内容被屏蔽
2楼2018-07-28 08:41:48
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Charles-glh

金虫 (正式写手)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-07-31 21:50:49
直接在目的基因的两侧，根据序列设引物就行了吧，不用软件。
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3楼2018-07-30 11:19:31
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elmanbio

金虫 (小有名气)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-07-31 21:51:04
你的目的序列2000（包含外显子和内含子）
你用mRNA或者CDS为模板，p5显示262也是没有毛病啊（因为没算内含子序列长度）
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4楼2018-07-30 13:06:15
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xie45518

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你设置参数的时候没有改吧？别默认啊

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抓住时间，就抓住了一切。
5楼2018-07-31 13:52:17
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忽悠小混混

新虫 (初入文坛)
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2018-12-19 10:22:34
在softberry上，分析一下基因结构，有无内含子，无内含子就可以用基因组扩，在基因两段设计引物，如果有内含子，就用cDNA扩，在CDS两端设计引物

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6楼2018-08-01 00:18:28
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LALA小黑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by KI2018 at 2018-07-28 08:41:48
不用P5，自己设计，P5检验

自己设计的详细步骤是怎么样的 是根据碱基互补配对 在基因的两端设计吗，还是要在目的基因的上下游序列设计啊 麻烦帮我解答一下 谢谢你
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7楼2018-08-01 08:41:56
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LALA小黑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 忽悠小混混 at 2018-08-01 00:18:28
在softberry上，分析一下基因结构，有无内含子，无内含子就可以用基因组扩，在基因两段设计引物，如果有内含子，就用cDNA扩，在CDS两端设计引物

请问在基因两端设计是指在目的基因序列的两端吗，还是说在目的基因上下游延伸几十bp进行设计，麻烦解答一下 谢谢你
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8楼2018-08-01 08:52:54
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忽悠小混混

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by LALA小黑 at 2018-08-01 08:52:54
请问在基因两端设计是指在目的基因序列的两端吗，还是说在目的基因上下游延伸几十bp进行设计，麻烦解答一下 谢谢你...

都可以的，可以在5'UTR和3'UTR设计

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9楼2018-08-01 11:45:53
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Eternity宇

铁杆木虫 (著名写手)

Andy
直接用snapgene

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似此星辰非昨夜，为谁风露立中宵
10楼2018-12-17 22:39:02
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