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暴走的小鱼干

新虫 (小有名气)

[求助] race菌液测序后如何知道这是我需要的序列已有1人参与

我在测序的上面找到了自己的特异性引物,但是找不到试剂盒里面的short primer(upn),那我是不是没找到这个引物就表示失败了
请问测序后的这个序列我到底要如何分析才知道我测得这个是正确的

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渊博震天

版主 (职业作家)

Daryl

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-07-23 22:20:19
特异性引物是通过已知的一部分序列来设计的,按道理来说应该是一个特异性引物,一个upm引物,而你没找到upm引物会不会发生了单向扩增?

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2楼2018-07-23 16:42:36
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暴走的小鱼干

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-07-23 16:42:36
特异性引物是通过已知的一部分序列来设计的,按道理来说应该是一个特异性引物,一个upm引物,而你没找到upm引物会不会发生了单向扩增?

还有一个问题,我明明菌检出来是2000多的片段,测序出来,上引到下引的长度才一两百

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3楼2018-07-23 21:36:30
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渊博震天

版主 (职业作家)

Daryl

引用回帖:
3楼: Originally posted by 暴走的小鱼干 at 2018-07-23 21:36:30
还有一个问题,我明明菌检出来是2000多的片段,测序出来,上引到下引的长度才一两百
...

菌液PCR出来2000多?
4楼2018-07-24 09:40:55
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暴走的小鱼干

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-07-24 09:40:55
菌液PCR出来2000多?...

菌液跑pcr2000多啊,但是测序出来却只有一两百

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5楼2018-07-24 18:38:13
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渊博震天

版主 (职业作家)

Daryl

引用回帖:
5楼: Originally posted by 暴走的小鱼干 at 2018-07-24 18:38:13
菌液跑pcr2000多啊,但是测序出来却只有一两百
...

这个问问测序公司,我也想不通

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6楼2018-07-24 19:28:25
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xuyuzhi

新虫 (正式写手)

一道生物支持你
17343151072目前在一道生物,常联系
7楼2018-07-26 16:48:09
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cmjll

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 暴走的小鱼干 at 2018-07-24 18:38:13
菌液跑pcr2000多啊,但是测序出来却只有一两百
...

会不会是你菌液PCR扩反了,扩成载体序列了
8楼2018-07-30 14:32:15
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Agonilb

新虫 (小有名气)

测序后,和你的上下游引物比对,你的上游引物(自己的引物)到扩出来的序列之间应该有一部分和你的已知序列重叠,用三个(上下游引物,已知序列)比对看看

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9楼2018-07-30 18:00:19
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Agonilb

新虫 (小有名气)

其实我的测序也是不合适,引物能匹配上,但测出来序列总是引物上游碱基多于下游碱基,

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10楼2018-07-30 18:01:44
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