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GROMACS中如何指定两个原子之间LJ势的参数
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最近在用GROMACS计算石墨烯表面的水接触角。看的一篇文献里面给出了LJ参数 σC−OW(Å  εC-OW(kcal/mol) σC-HW(Å εC-HW(kcal/mol)3.430 0.1164 2.685 0.0263 我在我用的OPLS力场文件夹的ffnonbonded.itp文件里面的[ nonbond_params ] 写入了这些参数 [ nonbond_params ] ; i j funct V W opls_145 opls_111 1 0.343 0.1164 opls_145 opls_112 1 0.2685 0.0263 其他模拟参数都按照文献设定后，模拟得到的结果和文献中不一样。文献中的水最后的形状是很矮的半球形，我得到的结果是椭球形。 请问我设定LJ参数的方法是不是错了？ |
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