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邹卓民

新虫 (小有名气)

[求助] lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度已有1人参与

lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度
出现以下问题:ERROR on proc 0: Bond atoms 3078 3115 missing on proc 0 at step 4275849 (../ntopo_bond_all.cpp:63)

#采用Green-Kubo方法计算沥青分子粘度

#采用real单位系统(记住:长度:A;时间:fs)

#定义几个参数
variable T equal 533.15       #温度为533.15K
variable DT equal 10          #积分步长为10fs
variable V equal vol
#convert from LAMMPS real units to SI

variable kB equal 1.3806504e-23     #J/K Boltzman
variable atm2Pa equal 101325.0
variable A2m equal 1.0e-10
variable fs2s equal 1.0e-15
variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m}


#初始化
dimension 3
units real
boundary p p p
atom_style full
bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style harmonic
improper_style cvff

pair_style lj/cut/coul/long 10.0
kspace_style ewald 1.0e-4
neighbor 2.0 bin
read_data data.vigrin
region box block -50 100 -50 100 -50 100
velocity all create ${T} 12345 mom yes rot yes dist gaussian  

#在NVT系综下平衡体系
fix NVT all nvt temp ${T} ${T} 10  #Nose-Hoover热浴
timestep 0.001
thermo 1000
run 100000

#在产出阶段将用NVE系综
unfix NVT
fix NVE all nve

#在产出阶段计算自关联函数
variable Ns equal 100              #取样间隔
variable Nc equal 100000             #关联数据量
variable Np equal ${Ns}*${Nc}  #产出步数
variable pxy equal pxy
variable pxz equal pxz
variable pyz equal pyz
fix SS all ave/correlate ${Ns} ${Nc} ${Np} &
    v_pxy v_pxz v_pyz type auto file SS.txt ave running

variable M equal 1     #粘度自关联函数的个数
variable N equal ${M}*${Np}

#跑产出阶段
run ${N}
variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*${Ns}*${DT}
variable v11 equal trap(f_SS[3])*${scale}
variable v22 equal trap(f_SS[4])*${scale}
variable v33 equal trap(f_SS[5])*${scale}

thermo_style   custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33
variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0
variable ndens equal count(all)/vol
print    "average viscosity: $v [Pa.s] @ $T K, ${ndens} /A^3"
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chenkunkun

铜虫 (小有名气)

请问沥青分子如何建立模型

发自小木虫Android客户端
努力
2楼2018-06-12 23:39:08
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无远不界

铁虫 (正式写手)

你的步长已经很小了,如果还有原子丢失:1.thermo modify lost ignore试试,如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青,建议换换力场pcff试试,cvff之前试过,不怎么成功

发自小木虫Android客户端
3楼2018-06-13 06:35:52
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主你试一下用单核运行的时候是否出错
4楼2018-06-13 09:35:02
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luyaobao

金虫 (正式写手)

5楼2018-06-14 07:49:31
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邹卓民

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenkunkun at 2018-06-12 23:39:08
请问沥青分子如何建立模型

MS 建模
6楼2018-06-14 20:58:30
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邹卓民

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-06-13 06:35:52
你的步长已经很小了,如果还有原子丢失:1.thermo modify lost ignore试试,如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青,建议换换力场pcff试试,cvff之前试过,不怎么成功
...

好的,谢谢我试试看,您方便留个联系方式(QQ)吗,想请教一下您
7楼2018-06-14 21:02:28
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邹卓民

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-06-13 06:35:52
你的步长已经很小了,如果还有原子丢失:1.thermo modify lost ignore试试,如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青,建议换换力场pcff试试,cvff之前试过,不怎么成功
...

我是用12-component的沥青分子模型,请问一下您的步长一般是设置多少,
8楼2018-06-14 22:10:58
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无远不界

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 邹卓民 at 2018-06-14 22:10:58
我是用12-component的沥青分子模型,请问一下您的步长一般是设置多少,...

我们应该有加QQ,你加我微信吧18729909957

发自小木虫Android客户端
9楼2018-06-16 09:47:23
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