24小时热门版块排行榜     先丰纳米 买纳米材料就点这里

查看: 400  |  回复: 8
【悬赏金币】回答本帖问题,作者邹卓民将赠送您 5 个金币

邹卓民

新虫 (小有名气)

[求助] lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度已有1人参与

lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度
出现以下问题:ERROR on proc 0: Bond atoms 3078 3115 missing on proc 0 at step 4275849 (../ntopo_bond_all.cpp:63)

#采用Green-Kubo方法计算沥青分子粘度

#采用real单位系统(记住:长度:A;时间:fs)

#定义几个参数
variable T equal 533.15       #温度为533.15K
variable DT equal 10          #积分步长为10fs
variable V equal vol
#convert from LAMMPS real units to SI

variable kB equal 1.3806504e-23     #J/K Boltzman
variable atm2Pa equal 101325.0
variable A2m equal 1.0e-10
variable fs2s equal 1.0e-15
variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m}


#初始化
dimension 3
units real
boundary p p p
atom_style full
bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style harmonic
improper_style cvff

pair_style lj/cut/coul/long 10.0
kspace_style ewald 1.0e-4
neighbor 2.0 bin
read_data data.vigrin
region box block -50 100 -50 100 -50 100
velocity all create ${T} 12345 mom yes rot yes dist gaussian  

#在NVT系综下平衡体系
fix NVT all nvt temp ${T} ${T} 10  #Nose-Hoover热浴
timestep 0.001
thermo 1000
run 100000

#在产出阶段将用NVE系综
unfix NVT
fix NVE all nve

#在产出阶段计算自关联函数
variable Ns equal 100              #取样间隔
variable Nc equal 100000             #关联数据量
variable Np equal ${Ns}*${Nc}  #产出步数
variable pxy equal pxy
variable pxz equal pxz
variable pyz equal pyz
fix SS all ave/correlate ${Ns} ${Nc} ${Np} &
    v_pxy v_pxz v_pyz type auto file SS.txt ave running

variable M equal 1     #粘度自关联函数的个数
variable N equal ${M}*${Np}

#跑产出阶段
run ${N}
variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*${Ns}*${DT}
variable v11 equal trap(f_SS[3])*${scale}
variable v22 equal trap(f_SS[4])*${scale}
variable v33 equal trap(f_SS[5])*${scale}

thermo_style   custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33
variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0
variable ndens equal count(all)/vol
print    "average viscosity: $v [Pa.s] @ $T K, ${ndens} /A^3"
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenkunkun

铜虫 (小有名气)

请问沥青分子如何建立模型

发自小木虫Android客户端
努力
2楼2018-06-12 23:39:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无远不界

铁虫 (正式写手)

你的步长已经很小了,如果还有原子丢失:1.thermo modify lost ignore试试,如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青,建议换换力场pcff试试,cvff之前试过,不怎么成功

发自小木虫Android客户端
3楼2018-06-13 06:35:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主你试一下用单核运行的时候是否出错
4楼2018-06-13 09:35:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luyaobao

金虫 (正式写手)

5楼2018-06-14 07:49:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邹卓民

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenkunkun at 2018-06-12 23:39:08
请问沥青分子如何建立模型

MS 建模
6楼2018-06-14 20:58:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邹卓民

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-06-13 06:35:52
你的步长已经很小了,如果还有原子丢失:1.thermo modify lost ignore试试,如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青,建议换换力场pcff试试,cvff之前试过,不怎么成功
...

好的,谢谢我试试看,您方便留个联系方式(QQ)吗,想请教一下您
7楼2018-06-14 21:02:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邹卓民

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-06-13 06:35:52
你的步长已经很小了,如果还有原子丢失:1.thermo modify lost ignore试试,如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青,建议换换力场pcff试试,cvff之前试过,不怎么成功
...

我是用12-component的沥青分子模型,请问一下您的步长一般是设置多少,
8楼2018-06-14 22:10:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无远不界

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 邹卓民 at 2018-06-14 22:10:58
我是用12-component的沥青分子模型,请问一下您的步长一般是设置多少,...

我们应该有加QQ,你加我微信吧18729909957

发自小木虫Android客户端
9楼2018-06-16 09:47:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 邹卓民 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  国家自然科学基金产出成果的评价建议:代表作影响因子*5+ESI他引次数。 +18 rains11 2018-08-14 20/1000 2018-08-16 11:50 by chenrch
[基金申请] 今年系统一点漏洞都没有吗?等的好着急呀,都没心思干活了 +31 sxy880530 2018-08-14 64/3200 2018-08-16 10:55 by Merrylegs
[基金申请] 祈福 +5 cclchina 2018-08-16 6/300 2018-08-16 09:49 by lbjiaotong
[基金申请] 为旺仔基金祈福 +15 xy77 2018-08-16 15/750 2018-08-16 09:11 by czwustc
[基金申请] 2018年国家自然科学基金 +14 wyj64852999 2018-08-15 16/800 2018-08-16 09:01 by 406600436
[职场人生] 一个人的辛酸 +4 ssz200855 2018-08-15 7/350 2018-08-16 08:55 by ssz200855
[基金申请] 明后天将是丰收,还是秋天,秋天是丰收的季节 +4 wangtom 2018-08-15 4/200 2018-08-16 06:37 by sdaucf
[基金申请] 发个贴吧,马上开奖了 +17 欧阳蜂80 2018-08-15 17/850 2018-08-15 23:42 by 天堂Oo归来
[基金申请] 刚收到之友发来的“你有8个可能感兴趣的资助机会”的邮件 +9 nice2486 2018-08-15 11/550 2018-08-15 23:40 by he.ze.lai
[基金申请] 有没有这样的一出好戏? +14 莫言1986 2018-08-15 15/750 2018-08-15 23:38 by jiayingnan
[有机交流] 这是不是不对称合成 +8 cxmlxmf123 2018-08-11 30/1500 2018-08-15 20:29 by 见微知著
[基金申请] 听说单位昨天已经可以查询了! +26 xlchem 2018-08-15 29/1450 2018-08-15 11:06 by Serlin_Zhang
[基金申请] 世人都晓神仙好,唯有基金忘不了 +7 萝莉的救星 2018-08-14 8/400 2018-08-15 07:57 by 萝莉的救星
[硕博家园] GC-MS +3 herea 2018-08-14 3/150 2018-08-14 13:36 by 赵总
[论文投稿] 投稿没有编页码。。。。会怎么样? +10 maggieqqqqqq 2018-08-13 10/500 2018-08-13 23:34 by 狂奔的木乃伊
[硕博家园] 什么是异源表达? +3 煮粥的巫婆 2018-08-13 3/150 2018-08-13 15:41 by 往生花
[分析] 氢空发生器故障 +3 PowenLee 2018-08-10 4/200 2018-08-11 20:08 by luoyuan121
[基金申请] 青年已挂,mark一下,感谢小木虫的陪伴 +27 最最难看 2018-08-09 30/1500 2018-08-11 14:43 by 凌颖辉
[版块工场] 【早起签到贴】2018年8月11日(q q 48626260 进群申请:小木虫——您个人ID) +63 8475 2018-08-11 64/3200 2018-08-11 09:22 by 17826827325
[基金申请] 基金要中需要多开会? +25 kocanvas 2018-08-10 36/1800 2018-08-10 20:02 by ylc6351
信息提示
请填处理意见