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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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人在研途

银虫 (小有名气)

[求助] Gromacs中rdf归一化后，最终值仍不为1已有1人参与

如题，构建了类似泡沫液膜的三明治结构，如图所示，即真空层+表面活性剂层+水盒子+表面活性剂层+真空层。模拟运行后，计算了表面活性剂头基中S原子周围的水分子的径向分布函数，已经使用了归一化，如下图，最终值仍不为1，求教大佬该怎么解决，谢谢！

Gromacs中rdf归一化后，最终值仍不为1
Screen Shot 2018-06-04 at 5.17.27 PM.png


Gromacs中rdf归一化后，最终值仍不为1-1
Screen Shot 2018-06-06 at 10.37.39 AM.png
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1楼2018-06-07 02:29:02
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星空0206

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我现在也在研究RDF，请问set在MD之前建立还是之后？要全部选中某一原子吗？分析时截断距离该取多少呢？
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2楼2018-06-21 16:47:30
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人在研途

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 星空0206 at 2018-06-21 16:47:30
我现在也在研究RDF，请问set在MD之前建立还是之后？要全部选中某一原子吗？分析时截断距离该取多少呢？

我也是新手，你说的这个set是什么？可以全部选中某一原子，也可选中部分区域内的某一原子（有些文章上选中了部分区域的原子，我还不会操作）。分析时应该不用选截断距离，直接计算即可。

不知道上面的理解对不对，欢迎交流，共同学习。
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3楼2018-06-22 05:55:00
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星空0206

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 人在研途 at 2018-06-22 05:55:00
我也是新手，你说的这个set是什么？可以全部选中某一原子，也可选中部分区域内的某一原子（有些文章上选中了部分区域的原子，我还不会操作）。分析时应该不用选截断距离，直接计算即可。

不知道上面的理解对不对 ...

我是研究氢和氧之间的RDF，我这个体系里有好几种分子都带有氢和氧原子，我是在建盒子前把每种氢、氧都单独选中并分别设置set，然后进行建盒子、MD，最后用RDF分析。
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4楼2018-06-22 09:00:22
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人在研途

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 星空0206 at 2018-06-22 09:00:22
我是研究氢和氧之间的RDF，我这个体系里有好几种分子都带有氢和氧原子，我是在建盒子前把每种氢、氧都单独选中并分别设置set，然后进行建盒子、MD，最后用RDF分析。...

你可以在模拟结束进行分析前，使用make_ndx进行索引文件设置即可

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5楼2018-06-22 11:14:00
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星空0206

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 人在研途 at 2018-06-22 11:14:00
你可以在模拟结束进行分析前，使用make_ndx进行索引文件设置即可
...

万分感谢。
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6楼2018-06-23 14:52:12
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