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木子之玉铜虫 (初入文坛)
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任务上传到计算中心计算结果报错
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我先在Windows下的gaussian view建模，后将计算任务提交到学校的超算中心，结果每次下载计算结果后总是显示计算仍在进行中，报错图片如下，请大家帮忙看看，谢谢！ gaussian脚本如下： #!/bin/sh ################################################################# #PBS -N c6h6 #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=240:00:00 #PBS -q batch #PBS -V #PBS -S /bin/bash ################################################################# source /export/software/g09/g09envSetup.sh EXEC="/export/software/g09/g09" ARGS="c6h6" cd $PBS_O_WORKDIR cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$ #sed -e 's\c\ibc\g' -i /tmp/nodefile.$$ node=`head -n 1 $PBS_NODEFILE` NP=`grep -c $node $PBS_NODEFILE` for n in $(sort -u $PBS_NODEFILE);do mp_host_list="$n,${mp_host_list}" done string2="%nprocshared=$NP" string3="%Lindaworkers=$mp_host_list" #sed -i -e '/^\%mem=/d' -e '/^\%nprocshared=/d' -e '/^\%Lindaworkers=/d' $ARGS.com sed -i -e '/^\%nprocshared=/d' -e '/^\%Lindaworkers=/d' $ARGS.com sed -i "1i$string2\n$string3\n" $ARGS.com $EXEC $ARGS.com #del tmp files rm -rf /tmp/nodefile.$$ 输入文件如下： %chk=G:\gaussian\results\c6h6\c6h6.chk # opt=tight ub3lyp/6-311++g nosymm geom=connectivity Title Card Required 0 1 C -0.96679686 0.60546874 0.00000000 C 0.42836314 0.60546874 0.00000000 C 1.12590114 1.81321974 0.00000000 C 0.42824714 3.02172874 -0.00119900 C -0.96657786 3.02165074 -0.00167800 C -1.66417886 1.81344474 -0.00068200 H -1.51655586 -0.34684826 0.00045000 H 0.97787114 -0.34704426 0.00131500 H 2.22558114 1.81329974 0.00063400 H 0.97844714 3.97387174 -0.00125800 H -1.51669986 3.97393174 -0.00263100 H -2.76378286 1.81362774 -0.00086200 1 2 1.5 6 1.5 7 1.0 2 3 1.5 8 1.0 3 4 1.5 9 1.0 4 5 1.5 10 1.0 5 6 1.5 11 1.0 6 12 1.0 7 8 9 10 11 12  错误.png |
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