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seawind1990木虫 (小有名气)
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[求助]
CP2k运行分子动力学高温下晶体不融化已有1人参与
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如题，采用cp2k内置MM力场进行分子动力学模拟，势函数参数由文献中得到，应该没有问题。 但是在远高于熔点温度下，依然不融化，求教可能出现问题，具体input 文件内容及计算结果贴在下边。 &GLOBAL ! Section with general information regarding which kind of simulation to perform an parameters for the whole PROGRAM PROJECT C6 ! Name of the project. This word will appear as part of a name of all ouput files (except main ouput file, specified with -o option) RUN_TYPE MD ! Molecular Dynamics PRINT_LEVEL low &END GLOBAL &FORCE_EVAL ! This section defines method for calculating energy and forces METHOD FIST ! Using Molecular Mechanics STRESS_TENSOR NUMERICAL &MM &FORCEFIELD ! This section specifies forcefield parameters .......... &END FORCEFIELD &POISSON ! This section specifies parameters for the Poisson solver &EWALD ! This section specifies parameters for the EWALD summation method (for the electrostatics) EWALD_TYPE none ! Standard real-space coulomb potential is computed together with the non-bonded contributions. &END EWALD &END POISSON &NEIGHBOR_LISTS GEO_CHECK TRUE NEIGHBOR_LISTS_FROM_SCRATCH TRUE VERLET_SKIN 1 &END NEIGHBOR_LISTS &END MM &SUBSYS ! This section defines the system &CELL ! Unit cell set up ABC 22.56 22.56 22.56 ! Lengths of the cell vectors A, B, and C ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 90.0 PERIODIC XYZ &END CELL &TOPOLOGY COORD_FILE_NAME NaCl.xyz COORDINATE xyz ! The type of the file is XYZ &END TOPOLOGY &END SUBSYS &END FORCE_EVAL &MOTION ! This section defines a set of tool connected with the motion of the nuclei. &TRAJECTORY LOG_PRINT_KEY T FORMAT XMOL &EACH MD 10000 &END EACH ADD_LAST NUMERIC &END TRAJECTORY &END PRINT &MD ENSEMBLE NPT_I TEMPERATURE 3000 &BAROSTAT PRESSURE 0 TEMPERATURE 3000 &END BAROSTAT &THERMOSTAT TYPE NOSE REGION GLOBAL &NOSE TIMECON 100 LENGTH 3 MTS 2 &END NOSE &END THERMOSTAT TIMESTEP 1.0 STEPS 100000 &END MD &RESTART LOG_PRINT_KEY T &EACH MD 10000 &END EACH ADD_LAST NUMERIC &END RESTART &END PRINT &END MOTION &END &END MOTION  TIM图片20180503142606.jpg  TIM图片20180503142559.png |
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3楼2019-07-26 09:51:45
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4楼2019-07-26 09:58:54
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