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虔诚的人

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于gromacs并行的问题

我是个计算机菜鸡，一直搞不明白gromacs的并行方式，即使看过了相关文章。
请教一下各位大神，如果我研究“蛋白质-水”体系，盒子是10*10*10nm-3的立方体，一个节点20个核，我要选用几个节点计算效率最高（不是计算时间）。
有朋友说节点越多，计算效率越低，计算时间越短，是这样吗？
请各位指点迷津！
谢谢大家！

图片来源：
http://sci-hub.tw/http://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001

关于gromacs并行的问题
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关于gromacs并行的问题-1
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学如逆水行舟，不进则退
1楼2018-04-16 19:20:52
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yangys108

金虫 (小有名气)
这个，需要专业的人来回答啊！

发自小木虫Android客户端
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这里可以满足我每天知识的需求
2楼2018-07-22 15:07:30
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主
"有朋友说节点越多，计算效率越低"
只能告诉你这句话是不正确的。
如果是计算机模拟新手的话，不建议了解这么洗的东西。
如果是高手的话，甚至项目编写一套动力学模拟软件的话，建议可以看看GROMACS的源代码。
赞一下 回复此楼
3楼2018-07-23 14:42:13
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