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黄河honour

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 如何统计某些特殊位置的原子类型以及个数已有1人参与

用LAMMPS计算以后，观察结构发现有vacancy和interstitial出现，也发现了反位缺陷，同时也有原子发生了移位，我现在想统计一下某些特殊位置处原子的种类和个数，必须自己写程序吗？有做过的帮帮忙！多谢啦！
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1楼2018-03-21 03:31:05
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bingyuans

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
黄河honour: 金币+30, ★有帮助 2018-03-21 20:58:34
lammps的结果用ovito可以进行分析，ovito里面的Wigner-Seitz defect analysis可以分析缺陷类型和数量，displacement vector可以分析原子位移，具体的可以看ovito手册。
http://www.ovito.org/
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2楼2018-03-21 11:21:42
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黄河honour

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bingyuans at 2018-03-21 11:21:42
lammps的结果用ovito可以进行分析，ovito里面的Wigner-Seitz defect analysis可以分析缺陷类型和数量，displacement vector可以分析原子位移，具体的可以看ovito手册。
http://www.ovito.org/

如何统计指定位置处原子的个数和种类 只能通过分析displacement vector 找出原子前后位置的变化 然后手动数出个数来吗？ ovito可不可以像WS defect analysis方法一样直接给出计数？谢谢了！
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不管身处哪一方土地记得在那儿树一杆大旗上面写上“艰苦奋斗”四个大字！
3楼2018-03-21 21:02:54
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bingyuans

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 黄河honour at 2018-03-21 21:02:54
如何统计指定位置处原子的个数和种类 只能通过分析displacement vector 找出原子前后位置的变化 然后手动数出个数来吗？ ovito可不可以像WS defect analysis方法一样直接给出计数？谢谢了！...

不好意思，这几天没上小木虫，没看到消息。
指定位置处原子的个数可以通过选择，你在expression selection中设置particle的位置和种类等条件，就能得到个数了。如果你熟悉python的话，可以通过ovito的python脚本来编程进行分析。
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4楼2018-03-30 16:09:47
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刘子不晕车

禁虫 (初入文坛)
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5楼2019-12-10 20:24:55
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pl936

禁虫 (小有名气)
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6楼2020-01-03 17:30:15
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pl990

禁虫 (小有名气)
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7楼2020-01-06 15:28:17
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pl920

禁虫 (小有名气)
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8楼2020-01-08 15:31:56
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