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三百烦恼风

银虫 (小有名气)


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autodock对接结合能分布特别广,从-5到-9都有怎么办?
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对接了50次,大概有十几个能量,分布得特均匀。这是为啥?是我处理的有问题,还是小分子药物根本没有抑制效果?

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三百烦恼风

银虫 (小有名气)


找最优构象是要同时考虑最低结合能,和聚类里次数最多的构象吧。现在分布特别广,怎么办?求教

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18楼2018-01-14 21:52:30
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longdlut

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可以增加对接次数,或者修改对接参数

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25楼2018-01-15 09:16:11
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三百烦恼风

银虫 (小有名气)


送红花一朵
引用回帖:
25楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-15 09:16:11
可以增加对接次数,或者修改对接参数

修改对接参数指的是什么参数?gridbox的大小吗?
感觉增加对接次数也没有用,试过增加到200次,还是范围很宽,高低区分也不大。
有的小分子对接就区分很明显,是不是还是小分子的原因。

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26楼2018-01-15 10:57:48
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pandongzi2楼
2018-01-14 21:22   回复  
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lldf103楼
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zbg2190014楼
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4182362855楼
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panda6686楼
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Andy^?_?^7楼
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smile5238楼
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tiantianmm10楼
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daqing101813楼
2018-01-14 21:34   回复  
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liuxun500014楼
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刘春雨16楼
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wuyuqicas17楼
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清霜lsc21楼
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dlli201422楼
2018-01-14 21:58   回复  
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