24小时热门版块排行榜     先丰纳米 买纳米材料就点这里

热门推荐

查看: 400  |  回复: 8
【悬赏金币】回答本帖问题,作者雪野千树将赠送您 30 个金币

雪野千树

新虫 (小有名气)


[求助] 在gromacs中出现itp文件atomtype错误

如题在gromacs使用amber99SB.ffl力场模拟过程中出现错误,提示itp文件的atomtype有问题

Fatal error:
Syntax error - File M2OHBDE123_000_GMX.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

以下是我的itp文件
; M2OHBDE123_000_GMX.itp created by acpype (Rev: 401) on Thu Dec  7 11:22:01 2017

[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
ca       ca          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
os       os          0.00000  0.00000   A     3.00001e-01   7.11280e-01 ; 1.68  0.1700
br       br          0.00000  0.00000   A     3.59923e-01   1.75728e+00 ; 2.02  0.4200
oh       oh          0.00000  0.00000   A     3.06647e-01   8.80314e-01 ; 1.72  0.2104
ha       ha          0.00000  0.00000   A     2.59964e-01   6.27600e-02 ; 1.46  0.0150
ho       ho          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
M2OHBDE123_000   3
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

琳达的情人

新虫 (小有名气)

自己写的?

发自小木虫Android客户端
2楼2017-12-08 00:10:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪野千树

新虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 琳达的情人 at 2017-12-08 00:10:57
自己写的?

自己用acpype脚本生成的,但是Gromacs说atomtype有问题,我去看你力场文件中的atomtype,里面的原子都包含啊,所以很奇怪
3楼2017-12-08 08:47:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (小有名气)

acpype生成的要手动修改一下才能用。现在不做也记不清了。去网上多搜索相关信息

发自小木虫Android客户端
4楼2017-12-08 10:04:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪野千树

新虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-12-08 10:04:38
acpype生成的要手动修改一下才能用。现在不做也记不清了。去网上多搜索相关信息

好的,谢谢楼主,请问可以帮忙查一下吗?因为我也不怎么查得到
5楼2017-12-08 10:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (小有名气)

6楼2017-12-10 14:48:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (小有名气)

http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-942117.html

发自小木虫Android客户端
7楼2017-12-10 14:48:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (小有名气)

8楼2017-12-10 14:49:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (小有名气)

9楼2017-12-10 14:49:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雪野千树 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 遇见个陌生人就会被催什么找男朋友,结婚,生孩子什么的。。。 +14 pengguoguo 2017-12-10 23/1150 2017-12-13 09:55 by gdm1102
[论文投稿] 小老板将自己SCI文章私自加某人共一,我不想共一,该怎么办?文章已经返修了 55+14 纯蓝色2015 2017-12-06 47/2350 2017-12-13 02:46 by 清风吹水
[硕博家园] 今年考博好难 +6 哭哭闹闹 2017-12-12 6/300 2017-12-12 23:57 by xsw1EZUOS299
[论文投稿] 编辑初审建议修改后重投 +4 ZZXSIN 2017-12-11 4/200 2017-12-12 22:08 by 小小提莫
[无机/物化] 如何比较金属键强弱 +4 发芽~ 2017-12-11 8/400 2017-12-12 16:26 by 发芽~
[考研] |???????)”你好呀~ +4 hanhan晗晗 2017-12-07 6/300 2017-12-12 12:26 by hanhan晗晗
[公派出国] csc申请千人是不是会直接被pass +10 梦泽之安 2017-12-09 10/500 2017-12-12 06:09 by wulanyingzi
[硕博家园] 跟公司合作还是自己做事? +6 幸福的风憬雨 2017-12-11 6/300 2017-12-12 00:38 by 画中仙、
[公派出国] 美国芝加哥伊利诺理工大学钟庆昌教授面向国内985高校 招收博士生、CSC 联合培养博士、 (金币+5) +6 欧阳王翠 2017-12-08 8/400 2017-12-11 15:07 by 2012huanghui
[有机交流] 活化能如何测量?有无什么权威机构能对其进行分析出报告? +3 cubel 2017-12-09 5/250 2017-12-11 13:44 by yjjc2012
[硕博家园] 感情问题 +30 马甲马甲啊 2017-12-09 38/1900 2017-12-11 12:41 by biby
[考博] 请大家发表一下意见呢 +4 阡陌迈 2017-12-07 6/300 2017-12-11 10:15 by 科研帝bbs
[基金申请] 国青基结题后剩下的钱国基委几年收走? +5 zhongyuan764 2017-12-08 5/250 2017-12-11 04:16 by hityuntian
[基金申请] 吐槽一下那些奇葩的评审意见 +4 zebrafishyht 2017-12-09 4/200 2017-12-10 22:57 by xuzhengnjut
[硕博家园] 陈年六级成绩 +7 liyeqik 2017-12-06 7/350 2017-12-09 22:43 by zj_xmc
[论文投稿] 小论文影响学位论文的重复率吗? +7 lusaty 2017-12-06 10/500 2017-12-09 14:22 by lusaty
[考研] 怎么平衡考研跟毕业论文 +11 笨笨的文清 2017-12-08 18/900 2017-12-08 23:35 by miss~怪我咯
[论文投稿] 论文图片 +4 17864193076 2017-12-07 5/250 2017-12-08 14:35 by ree_xmc
[版块工场] 【早起签到贴】2017年12月7日(q q 48626260 进群申请:小木虫——您个人ID) +65 8475 2017-12-07 65/3250 2017-12-07 14:15 by flypanzer
[有机交流] 下图中反应的理解,谢谢大神赐教 5+3 自强不息独树一 2017-12-06 10/500 2017-12-06 19:23 by 自强不息独树一
信息提示
请填处理意见