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雪野千树

新虫 (小有名气)

[求助] 在gromacs中出现itp文件atomtype错误已有1人参与

如题在gromacs使用amber99SB.ffl力场模拟过程中出现错误,提示itp文件的atomtype有问题

Fatal error:
Syntax error - File M2OHBDE123_000_GMX.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

以下是我的itp文件
; M2OHBDE123_000_GMX.itp created by acpype (Rev: 401) on Thu Dec  7 11:22:01 2017

[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
ca       ca          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
os       os          0.00000  0.00000   A     3.00001e-01   7.11280e-01 ; 1.68  0.1700
br       br          0.00000  0.00000   A     3.59923e-01   1.75728e+00 ; 2.02  0.4200
oh       oh          0.00000  0.00000   A     3.06647e-01   8.80314e-01 ; 1.72  0.2104
ha       ha          0.00000  0.00000   A     2.59964e-01   6.27600e-02 ; 1.46  0.0150
ho       ho          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
M2OHBDE123_000   3
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琳达的情人

金虫 (小有名气)


自己写的?

发自小木虫Android客户端
2楼2017-12-08 00:10:57
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雪野千树

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 琳达的情人 at 2017-12-08 00:10:57
自己写的?

自己用acpype脚本生成的,但是Gromacs说atomtype有问题,我去看你力场文件中的atomtype,里面的原子都包含啊,所以很奇怪
3楼2017-12-08 08:47:10
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hclwonder

新虫 (正式写手)

acpype生成的要手动修改一下才能用。现在不做也记不清了。去网上多搜索相关信息

发自小木虫Android客户端
4楼2017-12-08 10:04:38
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雪野千树

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-12-08 10:04:38
acpype生成的要手动修改一下才能用。现在不做也记不清了。去网上多搜索相关信息

好的,谢谢楼主,请问可以帮忙查一下吗?因为我也不怎么查得到
5楼2017-12-08 10:31:40
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hclwonder

新虫 (正式写手)

6楼2017-12-10 14:48:05
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hclwonder

新虫 (正式写手)

http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-942117.html

发自小木虫Android客户端
7楼2017-12-10 14:48:20
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hclwonder

新虫 (正式写手)

8楼2017-12-10 14:49:04
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hclwonder

新虫 (正式写手)

9楼2017-12-10 14:49:14
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小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可能是因为itp文件在 top 文件里面的位置不对


我的top文件是这样加入itp的:
; Include forcefield parameters
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "ap.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein     3
Jesus shall take the highest honor
10楼2017-12-20 03:55:43
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