24小时热门版块排行榜     先丰纳米 买纳米材料就点这里

查看: 550  |  回复: 11
【悬赏金币】回答本帖问题,作者雪野千树将赠送您 30 个金币

雪野千树

新虫 (小有名气)

[求助] 在gromacs中出现itp文件atomtype错误已有1人参与

如题在gromacs使用amber99SB.ffl力场模拟过程中出现错误,提示itp文件的atomtype有问题

Fatal error:
Syntax error - File M2OHBDE123_000_GMX.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

以下是我的itp文件
; M2OHBDE123_000_GMX.itp created by acpype (Rev: 401) on Thu Dec  7 11:22:01 2017

[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
ca       ca          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
os       os          0.00000  0.00000   A     3.00001e-01   7.11280e-01 ; 1.68  0.1700
br       br          0.00000  0.00000   A     3.59923e-01   1.75728e+00 ; 2.02  0.4200
oh       oh          0.00000  0.00000   A     3.06647e-01   8.80314e-01 ; 1.72  0.2104
ha       ha          0.00000  0.00000   A     2.59964e-01   6.27600e-02 ; 1.46  0.0150
ho       ho          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
M2OHBDE123_000   3
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

琳达的情人

金虫 (小有名气)


自己写的?

发自小木虫Android客户端
2楼2017-12-08 00:10:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪野千树

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 琳达的情人 at 2017-12-08 00:10:57
自己写的?

自己用acpype脚本生成的,但是Gromacs说atomtype有问题,我去看你力场文件中的atomtype,里面的原子都包含啊,所以很奇怪
3楼2017-12-08 08:47:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

acpype生成的要手动修改一下才能用。现在不做也记不清了。去网上多搜索相关信息

发自小木虫Android客户端
4楼2017-12-08 10:04:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪野千树

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-12-08 10:04:38
acpype生成的要手动修改一下才能用。现在不做也记不清了。去网上多搜索相关信息

好的,谢谢楼主,请问可以帮忙查一下吗?因为我也不怎么查得到
5楼2017-12-08 10:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

6楼2017-12-10 14:48:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-942117.html

发自小木虫Android客户端
7楼2017-12-10 14:48:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

8楼2017-12-10 14:49:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

9楼2017-12-10 14:49:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可能是因为itp文件在 top 文件里面的位置不对


我的top文件是这样加入itp的:
; Include forcefield parameters
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "ap.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein     3
Jesus shall take the highest honor
10楼2017-12-20 03:55:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雪野千树 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  基金中了你会怎么做?(纯属娱乐) +18 wisecat 2018-08-15 21/1050 2018-08-15 13:24 by lambert2014
[微生物] 最近做微生物限度实验,出现大量水渍情况,求助虫友!~ +3 Seal_丫丫 2018-08-13 9/450 2018-08-15 12:59 by snoopytbw
[硕博家园] 改论文没思路,伤心,怎么办 +4 偏振片 2018-08-15 4/200 2018-08-15 12:49 by 石油抄人
[基金申请] 基金中否,各位泰然视之。 +7 caoxinjiang 2018-08-15 7/350 2018-08-15 12:29 by irenewan
[基金申请] 消失了 +10 ioudan1017 2018-08-15 14/700 2018-08-15 10:53 by xtwwtx521
[硕博家园] 硕士3年点滴及感悟 (EPI+1)(金币+10) +78 mengsui11 2018-08-08 99/4950 2018-08-15 10:46 by 啄木鸟一世
[化工设备] 有做微化工设备的吗? +5 stopinsitu 2018-08-10 6/300 2018-08-15 08:24 by 13918995458
[基金申请] 在读博士可以申请青年基金吗? +30 JasmineJLU 2018-08-09 56/2800 2018-08-15 02:19 by Math露珠
[有机交流] 丙烯酰氯怎么合成 10+3 ynw2013 2018-08-10 16/800 2018-08-15 00:58 by 啄木鸟先森
[手机资源] 浅谈碎屏保 +3 congqin312 2018-08-13 7/350 2018-08-14 21:09 by congqin312
[职场人生] 人生若没有规划,错过会成为习惯 +6 georte 2018-08-09 10/500 2018-08-14 16:06 by liuxuhan
[催化] 我是否应该听导师的安排呢,恳请前辈给些意见 10+4 vti065 2018-08-13 6/300 2018-08-14 14:57 by king_xu
[基金申请] 今天的讨论数量要上五千了,明后天估计还得涨 +8 emmetchen 2018-08-13 10/500 2018-08-14 08:22 by huangyq79
[访问学者] 北京美使馆面签J1和J2,分开好还是携签好? +6 qdsrxj 2018-08-09 15/750 2018-08-13 23:22 by pumpkin_5112
[教师之家] 官科其实不比民科强多少——学术界伪科学盛行 +5 取万军首级 2018-08-12 11/550 2018-08-13 19:19 by 取万军首级
[材料综合] 求助真空加热的问题 5+3 偏执狂执偏 2018-08-12 6/300 2018-08-13 15:08 by 初次见面
[基金申请] 等等 +4 lamge 2018-08-12 4/200 2018-08-12 19:46 by kakarote
[基金申请] 教你如何查基金,百分之百准确 +41 氧还原反应 2018-08-10 44/2200 2018-08-11 08:32 by bishy
[基金申请] 基金落榜,文章Reject,这个暑假有点凉 +62 nice2486 2018-08-08 64/3200 2018-08-10 18:48 by maybe198376
[微生物] 固体培养基上有水 +3 min88 2018-08-08 8/400 2018-08-09 10:25 by min88
信息提示
请填处理意见