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[交流]
哪位大神能帮忙看看做PCoA代码中的问题
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#载入vegan包 library(vegan) #读取“样本-物种”文件 sp <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1) sp #读取“样本-环境因子”文件 se <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1) se #选择用RDA还是CCA分析？先用“样本-物种”文件做DCA分析！ decorana(sp) #根据看分析结果中Axis Lengths的第一轴的大小 #如果大于4.0,就应选CCA（基于单峰模型，典范对应分析） #如果在3.0-4.0之间，选RDA和CCA均可 #如果小于3.0, RDA的结果会更合理（基于线性模型，冗余分析） #以RDA分析为例 sp0 <- rda(sp ~ 1, se) sp0 plot(sp0) #加入所有环境变量排序，RDA分析 sp1 <- rda(sp ~ ., se) sp1 plot(sp1) #到这里RDA图已经出来了 最后三句生成sp1，我这里提示 Error in qr.fitted(Q, Xbar) : 'qr' and 'y' must have the same number of rows |
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