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生物痞子

银虫 (正式写手)


[交流] 在蛋白质模拟体系中,如何增加碳酸根,硫酸根等阴离子的,求赐教

最近要模拟一种蛋白质在不同溶液中的变化情况,在chemdraw中画出了这些离子的结构并保存了pdb结构,然后再ccgenf中获得了top文件和prm文件,然后我要加入到蛋白质的溶液体系中,在vmd中的merge structure中合并的时候,显示需要psf文件,然后就不知道如何得到阴离子的psf文件了,还有就是,如果需要控制溶液中的离子浓度的话,又是怎么操作的呢?麻烦各位,指点指点,或者给我指点一些让我阅读学习的资料,小弟感激不尽啦~~
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生物痞子

银虫 (正式写手)


没人么?
2楼2017-11-13 15:06:43
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
生物痞子: 金币+10, 有用 2017-11-14 14:06:55
不知道你问的是不是这个意思,你看看我之前回答的两个帖子吧:
http://muchong.com/t-11491060-1-authorid-1123054
http://muchong.com/t-11684714-1-authorid-1123054
希望对你有帮助
3楼2017-11-14 08:10:36
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sony8620

铁杆木虫 (文坛精英)



生物痞子(金币+2): 谢谢参与
12楼2017-11-14 09:38:13
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rrcje030

禁虫 (正式写手)


生物痞子(金币+2): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽

15楼2017-11-14 10:11:30
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生物痞子

银虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-11-14 08:10:36
不知道你问的是不是这个意思,你看看我之前回答的两个帖子吧:
http://muchong.com/t-11491060-1-authorid-1123054
http://muchong.com/t-11684714-1-authorid-1123054
希望对你有帮助

你好,非常感谢你的回复,我看了你给的两个链接,差不多就是这个意思,就是要构建类似的离子溶液体系,在里面放蛋白质,进行分子模拟,但是一直没找到具体的操作或者一些指导手册,请问,你能指点一二吗?不胜感激~~
19楼2017-11-14 14:10:02
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
19楼: Originally posted by 生物痞子 at 2017-11-14 14:10:02
你好,非常感谢你的回复,我看了你给的两个链接,差不多就是这个意思,就是要构建类似的离子溶液体系,在里面放蛋白质,进行分子模拟,但是一直没找到具体的操作或者一些指导手册,请问,你能指点一二吗?不胜感激 ...

哈哈,我也就只知道这一二,接触分子模拟时间不长,了解的东西也不是很深。可以一起讨论进步,但建议找个更牛的更资深的虫友讨论学习。
21楼2017-11-14 15:03:00
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tableman

木虫之王 (文学泰斗)



生物痞子(金币+2): 谢谢参与
花开富贵   
22楼2017-11-14 15:29:12
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生物痞子

银虫 (正式写手)


引用回帖:
21楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-11-14 15:03:00
哈哈,我也就只知道这一二,接触分子模拟时间不长,了解的东西也不是很深。可以一起讨论进步,但建议找个更牛的更资深的虫友讨论学习。...

谢谢了,以后可以相互交流学习
30楼2017-11-15 14:49:44
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gdflly08

金虫 (文坛精英)



生物痞子(金币+2): 谢谢参与
麻烦各位,指点指点
36楼2017-11-17 10:57:01
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侯木虫

新虫 (小有名气)



生物痞子(金币+2): 谢谢参与
大神,怎么保存成PDB格式

发自小木虫Android客户端
37楼2018-07-09 19:31:43
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简单回复
2017-11-14 08:23   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫IOS客户端
2017-11-14 08:39   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
假大空6楼
2017-11-14 08:44   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
2017-11-14 08:50   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
cxy33118楼
2017-11-14 08:59   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
2017-11-14 09:06   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
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longwave10楼
2017-11-14 09:11   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
祝福 发自小木虫Android客户端
dongmings11楼
2017-11-14 09:14   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫IOS客户端
nono200913楼
2017-11-14 09:42   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
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wjm1992o214楼
2017-11-14 09:46   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
沙沙鱼16楼
2017-11-14 10:32   回复  
生物痞子(金币+2): 谢谢参与
^_^ 发自小木虫IOS客户端
youngen17楼
2017-11-14 11:12   回复  
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syhorchid18楼
2017-11-14 12:03   回复  
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xhmaohan20楼
2017-11-14 14:43   回复  
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发自小木虫Android客户端
2017-11-14 23:08   回复  
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2017-11-14 23:34   回复  
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2017-11-15 07:33   回复  
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bj200898926楼
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gengxin6027楼
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