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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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桂浜之龙

新虫 (初入文坛)

[求助] Lammps in文件求助,做摩擦模拟,求大神帮忙看下in文件的问题已有1人参与

小弟在做摩擦 表面的分子动力学模拟,模型就是两层碳膜进行摩擦,下层固定上层平移,但是运行之后从VMD中发现并没有平移,现在小弟把in文件贴出来,求大神们给些解答。
# DLC shear simulation

units                metal
dimension       3
boundary        p p p

atom_style        molecular
atom_modify     map array sort 100 2.0
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 1 one 5000

# create geometry
read_data       data.shear1

#potentials
pair_style        tersoff
pair_coeff        * * SiC.tersoff C C

#define groups
region                lower block INF INF INF INF INF 1.0
region                upper block INF INF INF INF 19.0 INF
group                lower region lower
group                upper region upper
group                boundary union lower upper
group                mobile subtract all boundary


# temp controllers

compute                new3d mobile temp
compute                new2d mobile temp/partial 1 1 1

# equilibrate

velocity        mobile create 300.0 5812775 temp new3d
fix                1 all nve
fix                2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0
#fix             3 upper addforce 0.0 0.0 1.0

fix                4 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0
fix_modify        4 temp new3d

thermo                25
thermo_modify        temp new3d

timestep        0.001
run                100

# IMD setup.
#fix  comm       peptide imd 5678 unwrap on trate 10

# shear

velocity        upper set 1.0 0 0
velocity        mobile ramp vx 0.0 1.0 z 1.0 19.0 sum yes

unfix                4
fix                4 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0
fix_modify        4 temp new2d

dump                1 all atom 100 dump.shear

#dump                2 all image 100 image.*.jpg type type &
#                axes yes 0.8 0.02 view 0 0 zoom 1.5 up 0 1 0 adiam 2.0
#dump_modify        2 pad 4

dump                3 all movie 100 movie.mpg type type &
                axes yes 0.8 0.02 view 0 0 zoom 1.5 up 0 1 0 adiam 2.0
dump_modify        3 pad 4

thermo                100
thermo_modify        temp new2d

reset_timestep        0
run                3000
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313838515

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
独孤神宇: 金币+2, 鼓励交流 2019-10-14 13:21:40
我觉得你的unfix 4 应该改为unfix 3. 而且后面的fix 和fix_modify应该去掉
ggg
2楼2019-10-13 15:53:08
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Admin327

新虫 (小有名气)

您好,您read data里的分子的位置是如何获得的,十分感谢

发自小木虫IOS客户端
3楼2019-10-17 07:05:20
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xnjd-wlj

银虫 (小有名气)

楼主还在做吗,能加qq讨论嘛,我也在做871959489

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2022-10-05 23:34:37
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xnjd-wlj

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Admin327 at 2019-10-17 07:05:20
您好,您read data里的分子的位置是如何获得的,十分感谢

还在做吗,能加qq讨论嘛,我也在做871959489

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2022-10-05 23:35:45
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