查看: 10550  |  回复: 211

wangwy13

木虫 (正式写手)


[交流] [悬赏] xyz型原子坐标文件的后处理

如题,

需要进行后处理的文件具有如下的格式

###若干行注释
###若干行注释

A1 X1 Y1 Z1
A2 X2 Y2 Z2
...
...

###若干行注释
###若干行注释

A1 X1 Y1 Z1
A2 X2 Y2 Z2
...
...

附件中有实例一个

如此的坐标数据会重复若干次,其中A1,A2为原子符号,X1,Y1,Z1等为原子坐标,所有坐标都是整数值(bcc晶体材料,坐标有一定的规律性,是晶格点阵的位置)
需要进行的后处理过程:
0. 输出的坐标中都是置换型溶质原子的坐标,在进行以下计算时,需要您将溶剂原子的坐标,按bcc晶体的对称性补上(模拟盒子的总大小和原点是知道的,因此所有原子坐标位置都是知道的,这一步应该不难)
1. 这些原子有的互相近邻形成团簇,要根据原子间的距离,将各原子划分为不同团簇,在这一过程中要忽略不成团簇的孤立原子;

也就是说要把这些原子按相互之间的距离分成一组一组的

2. 需要知道每一个输出段中团簇的大小分布情况:1)团簇的数目分布2)团簇中相距最远的原子的距离 3)所有团簇的总原子数
3. 需要知道每个团簇的成分分布,也即以团簇的重心为基准,计算距离重心不同位置处这个团簇的成分分布,可假设团簇为球体;
(输出每个团簇的成分分布应该是麻烦的,所以可以按团簇的大小为轴,分别计算不同大小的团簇的成分分布,并进行统计,输出平均值,标准误,标准差等指标)。


已有应征帮助的了,谢谢大家

[ Last edited by wangwy13 on 2017-11-2 at 10:36 ]
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:emuch2018@163.com
  • 附件 1 : t.txt
  • 2017-11-01 11:54:16, 215.08 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wangwy13

木虫 (正式写手)


知道大家有很强编程能力的很多,

求扩散!!求扩散!!
5楼2017-11-01 10:58:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wangwy13

木虫 (正式写手)


请版主不要删除。。。。。。

着急。。。着急

谢谢!!!!
2楼2017-11-01 10:43:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syhorchid

木虫之王 (文学泰斗)



wangwy13(金币+1): 谢谢参与
不加评论
4楼2017-11-01 10:58:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwkqmb70

木虫 (著名写手)



wangwy13(金币+1): 谢谢参与
::::
26楼2017-11-01 12:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jbngnh75

木虫 (正式写手)



wangwy13(金币+1): 谢谢参与
::::
27楼2017-11-01 12:35:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangwy13

木虫 (正式写手)


各位水军的大大们。麻烦拿金币的时候帮忙问一下有能力的身边人,谢谢!!!


我已经绝望了,这不说所谓的绝望心情,而是真的不行了,差这个结果没法毕业,没有博士学位,多年青春就浪费了。

各位大大,请你们尽量不仅仅是水贴拿币,谢谢了!!!
34楼2017-11-01 13:11:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
wangwy13: 金币+10, 谢谢,方便留个联系方式吗? 2017-11-01 14:22:34
光团簇分析的代码都要很长一段, 一共才400, 不知有没有谁闲得慌才给你做
42楼2017-11-01 13:59:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangwy13

木虫 (正式写手)


引用回帖:
42楼: Originally posted by jerkwin at 2017-11-01 13:59:17
光团簇分析的代码都要很长一段, 一共才400, 不知有没有谁闲得慌才给你做

ok,你觉得多少合适,谢谢。
不好意思,对大家期望不了解。
看您主要是研究分子的,我这个是晶体,您有空闲吗?
43楼2017-11-01 14:00:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

evbnzc58

禁虫 (著名写手)


wangwy13(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽

47楼2017-11-01 14:18:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
wwzzxr3楼
2017-11-01 10:54   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫IOS客户端
备悔erj6楼
2017-11-01 11:00   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
2017-11-01 11:00   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
wtbccq5058楼
2017-11-01 11:02   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
2017-11-01 11:03   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
shenrenren10楼
2017-11-01 11:06   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
uxrfr39511楼
2017-11-01 11:07   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
祝福
hongyingwu12楼
2017-11-01 11:08   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
expks77313楼
2017-11-01 11:14   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
祝福
假大空14楼
2017-11-01 11:35   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
2017-11-01 11:38   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫IOS客户端
zqbek87316楼
2017-11-01 11:44   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
2017-11-01 11:50   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
veapay85018楼
2017-11-01 11:52   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
xqxse4619楼
2017-11-01 11:59   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
jiaoxg20楼
2017-11-01 12:07   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
2017-11-01 12:09   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫IOS客户端
10652342822楼
2017-11-01 12:19   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
2017-11-01 12:23   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
fcypyu7924楼
2017-11-01 12:24   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
vjetes04225楼
2017-11-01 12:31   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
xzxjaxu51328楼
2017-11-01 12:45   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
gyxycx3429楼
2017-11-01 12:55   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
nono200930楼
2017-11-01 13:01   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
·
hydzp31楼
2017-11-01 13:05   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
祝福 发自小木虫IOS客户端
ylheping32楼
2017-11-01 13:05   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
nicenicey33楼
2017-11-01 13:07   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
2017-11-01 13:14   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
swwbx52636楼
2017-11-01 13:15   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
凤妹6月37楼
2017-11-01 13:21   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
fyhczp86638楼
2017-11-01 13:25   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
tcesc7539楼
2017-11-01 13:26   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
ssjpcmg3340楼
2017-11-01 13:29   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
rkywvhk8741楼
2017-11-01 13:32   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
2017-11-01 14:04   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
vvdzqh74845楼
2017-11-01 14:04   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
pkftp55146楼
2017-11-01 14:15   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
xhmaohan48楼
2017-11-01 14:19   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
abcbnyj1449楼
2017-11-01 14:27   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
bj200898950楼
2017-11-01 19:26   回复  
wangwy13(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangwy13 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 博士联合培养中途可以申请回国论文答辩吗? +8 cubernet 2018-10-10 19/950 2018-10-17 00:20 by 小小girl
[考博] 有人想要来日本读硕或博的吗? +21 ddv8888 2018-10-15 42/2100 2018-10-16 23:56 by SeptYe
[考研] 考研辅导班有必要报吗,报的话哪家的辅导班比较好 +4 deerll 2018-10-16 4/200 2018-10-16 22:42 by luotao131416
[论文投稿] Materials Science and Engineering: C最近的投稿周期 +4 smile246 2018-10-10 9/450 2018-10-16 19:14 by smile246
[硕博家园] 求帮助 +14 小花888 2018-10-16 16/800 2018-10-16 17:07 by 笨蛋不会飞
[硕博家园] 研究生的团日活动 +9 Mqing 2018-10-11 23/1150 2018-10-16 14:21 by yclgl2018
[硕博家园] 同门关系如何处 +35 Sunny zf 2018-10-15 49/2450 2018-10-15 19:58 by ZloveA
[硕博家园] 百年过后 +12 龚家湾 2018-10-14 13/650 2018-10-15 17:50 by 小火星木龄
[教师之家] 唯论文论究竟对不对? +15 秋秋小丫头 2018-10-13 24/1200 2018-10-15 08:03 by steangerleap
[论文投稿] 国内地理类期刊投稿 +4 jiacheng55 2018-10-11 8/400 2018-10-15 00:06 by 苦丁茶
[论文投稿] 通信类投MDPI 的Sensors期刊 选择的special issue一般是哪几个? +4 冷涩调 2018-10-13 6/300 2018-10-14 15:01 by 冷涩调
[教师之家] 说理:细数“学生评教”五宗闹 +7 kunlunxia 2018-10-12 8/400 2018-10-14 13:27 by rew90
[公派出国] 19年剑桥,求小伙伴 +8 小浪洋 2018-10-12 13/650 2018-10-14 13:21 by Missanny
[硕博家园] 不知道这样值不值得 +21 晴朗的天 2018-10-13 30/1500 2018-10-14 08:37 by 1043002105
[论文投稿] Sci投稿之后发现表格和图片出现跨页现象,会影响审稿么 +13 雷博士 2018-10-12 25/1250 2018-10-13 10:37 by 刘呈锋
[分析] 戴安液相色谱进样压力一直上升 求助 +5 deviliv 2018-10-11 15/750 2018-10-13 07:49 by 笑星星,和尚
[硕博家园] 有么有‘抄书’的虫友? +15 sysslm 2018-10-12 18/900 2018-10-12 21:36 by Putieren
[硕博家园] 博导选择 +5 Nlfg 2018-10-12 8/400 2018-10-12 13:22 by 大陆人1991
[公派出国] 加拿大阿尔伯塔大学招收博士一名(燃料电池方向) +3 flywei0407 2018-10-11 5/250 2018-10-12 10:51 by 各路杀神
[考博] 考博同时报两所高校 +4 水木年华欧欧 2018-10-11 5/250 2018-10-12 10:46 by 1209098482
信息提示
请填处理意见