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为什么我用mega5.0做的这个系统发育树无论怎么选择序列都没有分支，实在是搞不懂为什么，急求懂的人帮忙看一下看到底是哪里出了问题~  [P~G_$@YA[N9[7EKAG9KU83.png |
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suyouzhen
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【答案】应助回帖
| 手机上打字慢，我直接在电脑上回复了。大致流程就是拼装Sanger测序reads，最(别)好(信)自(公)己(司)拼装，顺便看一遍所有位点的测序质量。然后去GenBank里找同源序列，选同属同种的两三个，同属不同种的几个，然后再选少量同目不同属的革兰氏阳性菌，比如葡萄球菌属的，再选少量不同目的，比如乳杆菌属的。你用的应该是基于距离矩阵的NJ法，所以选择的序列最好要在序列相似程度上有远近的层次。GenBank里有相当多低质量的垃圾16S序列，尽量选择以前文献中发表过的，最好是用相同引物对得到的扩增子，最好是全长。选好序列后进行序列比对，MEGA里最常用的就是Clustal，建议用其他比对软件比如T-Coffee，Muscle或MAFFT试试，都比Clustal更准确。核酸比对的结果顶多去除两端引物序列，不要过度删除两侧不齐的区域，尽量保留除引物序列外的所有核酸比对信息。基于比对结果计算配对的遗传距离矩阵，有多种核酸替代模型可以选，最常见的是K80，可以试试其他模型。Bootstrap重取样1000次。然后看看得到的树的拓扑构型是否和预期的一致。祝你好运~ |
14楼2017-10-28 00:47:04
suyouzhen
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-10-26 07:46:44
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你选的都是芽孢杆菌属的序列，部分16S序列？这个marker分到属就不错了，属下种间的区分效果一般，选几个其他近缘属做外群效果会有一定改善。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2017-10-26 00:10:25
niil
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你序列之间的相似度是不是特别高，如果都特别高的话，你可以再加两个相似度低的序列一起分析试试。 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2017-10-25 12:52:10
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