24小时热门版块排行榜     先丰纳米 买纳米材料就点这里

查看: 800  |  回复: 16
【悬赏金币】回答本帖问题,作者淼淼帕斯将赠送您 20 个金币

淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌系统发育树已有1人参与

为什么我用mega5.0做的这个系统发育树无论怎么选择序列都没有分支,实在是搞不懂为什么,急求懂的人帮忙看一下看到底是哪里出了问题~

细菌系统发育树
[P~G_$@YA[N9[7EKAG9KU83.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-10-26 07:46:44
你选的都是芽孢杆菌属的序列,部分16S序列?这个marker分到属就不错了,属下种间的区分效果一般,选几个其他近缘属做外群效果会有一定改善。

发自小木虫Android客户端
5楼2017-10-26 00:10:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niil

金虫 (正式写手)

看你这个情况,可能序列方向搞错了。你把下面clade里的四个序列互补反转后再和上面的比对看看结果如何?

发自小木虫Android客户端
Stop fighting,let it flow.
6楼2017-10-26 19:32:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

手机上打字慢,我直接在电脑上回复了。大致流程就是拼装Sanger测序reads,最(别)好(信)自(公)己(司)拼装,顺便看一遍所有位点的测序质量。然后去GenBank里找同源序列,选同属同种的两三个,同属不同种的几个,然后再选少量同目不同属的革兰氏阳性菌,比如葡萄球菌属的,再选少量不同目的,比如乳杆菌属的。你用的应该是基于距离矩阵的NJ法,所以选择的序列最好要在序列相似程度上有远近的层次。GenBank里有相当多低质量的垃圾16S序列,尽量选择以前文献中发表过的,最好是用相同引物对得到的扩增子,最好是全长。选好序列后进行序列比对,MEGA里最常用的就是Clustal,建议用其他比对软件比如T-Coffee,Muscle或MAFFT试试,都比Clustal更准确。核酸比对的结果顶多去除两端引物序列,不要过度删除两侧不齐的区域,尽量保留除引物序列外的所有核酸比对信息。基于比对结果计算配对的遗传距离矩阵,有多种核酸替代模型可以选,最常见的是K80,可以试试其他模型。Bootstrap重取样1000次。然后看看得到的树的拓扑构型是否和预期的一致。祝你好运~
14楼2017-10-28 00:47:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

JustusWu

新虫 (小有名气)

2楼2017-10-24 14:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

杨贵利

新虫 (初入文坛)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-10-26 07:46:24
你序列之间的相似度是不是特别高,如果都特别高的话,你可以再加两个相似度低的序列一起分析试试。

发自小木虫IOS客户端
3楼2017-10-25 12:52:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jamesdaze

铜虫 (小有名气)

你怎么解决的
你大爷的道路
4楼2017-10-25 20:36:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by JustusWu at 2017-10-24 14:28:15
什么物种?什么序列?

芽孢杆菌~

发自小木虫Android客户端
7楼2017-10-27 16:40:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 杨贵利 at 2017-10-25 12:52:10
你序列之间的相似度是不是特别高,如果都特别高的话,你可以再加两个相似度低的序列一起分析试试。

从Genbank上比对序列相似性除了100%就是99%了,没有别的了,实在是不知道怎么弄

发自小木虫Android客户端
8楼2017-10-27 16:41:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Jamesdaze at 2017-10-25 20:36:16
你怎么解决的

还没有解决~

发自小木虫Android客户端
9楼2017-10-27 16:42:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by niil at 2017-10-26 19:32:40
看你这个情况,可能序列方向搞错了。你把下面clade里的四个序列互补反转后再和上面的比对看看结果如何?

你说的这个我不知道怎么弄哦,能具体说一下嘛

发自小木虫Android客户端
10楼2017-10-27 16:43:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 淼淼帕斯 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 近期OPTIK审稿速度 +5 曾经的你哇 2018-06-18 6/300 2018-06-21 20:38 by 悼亡者之瞳
[论文投稿] Neuron审稿周期一般多久? +4 415410664 2018-06-20 5/250 2018-06-21 18:12 by tangyongping
[硕博家园] 江苏师范大学 +5 xiaoliuwang 2018-06-21 7/350 2018-06-21 17:49 by xiaoliuwang
[考研] 请问有了解金融跨考理工的大佬吗,求为萌新指点迷津 +9 一壶龙井 2018-06-20 21/1050 2018-06-21 15:25 by 风雪桃花
[育儿交流] 妈妈准备带两个小孙女来照顾怀孕的我 +22 evervast 2018-06-20 37/1850 2018-06-21 09:44 by AnnOct
[找工作] 非定向期间评到了副高 +3 zhangnaeve 2018-06-15 6/300 2018-06-20 16:50 by zhangnaeve
[基金申请] 工材学部杰青评审组专家组成公告 +10 天天向上3035 2018-06-19 11/550 2018-06-20 15:51 by 阳光茶园
[论文投稿] 关于稿件状态 +3 牛洁洁1992 2018-06-19 4/200 2018-06-20 14:51 by 牛洁洁1992
[论文投稿] 求助投稿analytical and bioanalytical chemistry 45天仍然没有任何消息 3+5 cy211 2018-06-19 10/500 2018-06-20 10:25 by paperhunter
[考研] 化工各校分析 +4 晟世青萍 2018-06-20 4/200 2018-06-20 07:59 by 缇小缇小
[硕博家园] 读博=赌博? +6 牛奶火腿肠 2018-06-19 15/750 2018-06-19 22:24 by 201004041077
[博后之家] 国内在站博后在合作导师同意情况下可出国做一年访问学者吗? +5 jianghaoqing 2018-06-16 5/250 2018-06-19 21:37 by oldskin
[考研] 英语六级对考研的影响 +18 得治 2018-06-19 20/1000 2018-06-19 17:37 by 随风入墨
[硕博家园] Offer迟迟不到,怎么操作 +4 向富康 2018-06-18 4/200 2018-06-18 22:57 by 未语花
[论文投稿] 什么情况下会被邀请审稿?成为审稿人的学术意义是什么? +6 NSresearch 2018-06-18 8/400 2018-06-18 21:30 by neuwendao
[硕博家园] 我该去做客坐研究生吗? +3 森木田 2018-06-17 6/300 2018-06-17 16:10 by 繁夏
[硕博家园] 123 +13 Dr.B1992 2018-06-17 19/950 2018-06-17 07:43 by hldj1964
[金属] 冲压预成形6%是什么意思? +3 1135860253 2018-06-15 8/400 2018-06-16 13:16 by 落尘化蝶
[考研] 想认识研友 +3 明见万里 2018-06-16 6/300 2018-06-16 11:45 by 明见万里
[硕博家园] 不知道 +6 蓝色的梦 2018-06-15 6/300 2018-06-15 07:33 by 牛仔很忙
信息提示
请填处理意见