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淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌系统发育树已有1人参与

为什么我用mega5.0做的这个系统发育树无论怎么选择序列都没有分支,实在是搞不懂为什么,急求懂的人帮忙看一下看到底是哪里出了问题~

细菌系统发育树
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niil

金虫 (小有名气)

看你这个情况,可能序列方向搞错了。你把下面clade里的四个序列互补反转后再和上面的比对看看结果如何?

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Stop fighting,let it flow.
6楼2017-10-26 19:32:40
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

手机上打字慢,我直接在电脑上回复了。大致流程就是拼装Sanger测序reads,最(别)好(信)自(公)己(司)拼装,顺便看一遍所有位点的测序质量。然后去GenBank里找同源序列,选同属同种的两三个,同属不同种的几个,然后再选少量同目不同属的革兰氏阳性菌,比如葡萄球菌属的,再选少量不同目的,比如乳杆菌属的。你用的应该是基于距离矩阵的NJ法,所以选择的序列最好要在序列相似程度上有远近的层次。GenBank里有相当多低质量的垃圾16S序列,尽量选择以前文献中发表过的,最好是用相同引物对得到的扩增子,最好是全长。选好序列后进行序列比对,MEGA里最常用的就是Clustal,建议用其他比对软件比如T-Coffee,Muscle或MAFFT试试,都比Clustal更准确。核酸比对的结果顶多去除两端引物序列,不要过度删除两侧不齐的区域,尽量保留除引物序列外的所有核酸比对信息。基于比对结果计算配对的遗传距离矩阵,有多种核酸替代模型可以选,最常见的是K80,可以试试其他模型。Bootstrap重取样1000次。然后看看得到的树的拓扑构型是否和预期的一致。祝你好运~
14楼2017-10-28 00:47:04
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JustusWu

新虫 (小有名气)

2楼2017-10-24 14:28:15
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杨贵利

新虫 (初入文坛)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-10-26 07:46:24
你序列之间的相似度是不是特别高,如果都特别高的话,你可以再加两个相似度低的序列一起分析试试。

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3楼2017-10-25 12:52:10
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Jamesdaze

铜虫 (小有名气)

你怎么解决的
你大爷的道路
4楼2017-10-25 20:36:16
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-10-26 07:46:44
你选的都是芽孢杆菌属的序列,部分16S序列?这个marker分到属就不错了,属下种间的区分效果一般,选几个其他近缘属做外群效果会有一定改善。

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5楼2017-10-26 00:10:25
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淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by JustusWu at 2017-10-24 14:28:15
什么物种?什么序列?

芽孢杆菌~

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7楼2017-10-27 16:40:15
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淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 杨贵利 at 2017-10-25 12:52:10
你序列之间的相似度是不是特别高,如果都特别高的话,你可以再加两个相似度低的序列一起分析试试。

从Genbank上比对序列相似性除了100%就是99%了,没有别的了,实在是不知道怎么弄

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8楼2017-10-27 16:41:52
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淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Jamesdaze at 2017-10-25 20:36:16
你怎么解决的

还没有解决~

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9楼2017-10-27 16:42:37
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淼淼帕斯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by niil at 2017-10-26 19:32:40
看你这个情况,可能序列方向搞错了。你把下面clade里的四个序列互补反转后再和上面的比对看看结果如何?

你说的这个我不知道怎么弄哦,能具体说一下嘛

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10楼2017-10-27 16:43:16
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