| 查看: 2329 | 回复: 28 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 小范范1989 的 16 个金币 ，回帖就立即获得 1 个金币，每人有 1 次机会 | |||
[交流]
gromacs模拟咨询，谢谢指点
|
|||
|
背景：别人一个gromacs模拟描述如下。（图一，图二） 我现在有以下几个问题不明白，望老师指点一二。 1：他的整个模拟过程应该是em，eq和prod。eq和prod采用了不同的热浴和压浴。但是，她整个过程没有进行周期性退火吧？只是单个的退火。这样能找到最小点吗？ 我理解的退火过程是，高温跨过势垒，然后退到0K的时候，才找到极小点，也就是周期性退火，多少个0K，就有多少个极小点，通过比较极小点，选出最小点。 但是他的这个过程，没有到0K。是不是对了是真实实验对比？或者是其他方面考虑？ 2：如果按照他这个过程模拟，最后选取结构，应该是对最后的那10ns进行了簇分析吧（我的猜测），然后选取了构型研究？或者是一些其他经常用的方法是什么？ 3：我看按照他说的，她整过过程下来30ns左右吧。一般模拟都这个时间范围左右？这个时间是不是偏长？ 4：最后一点，他的那20ns，其中前10ns和后10ns压浴和热浴的方式变了，这个在模拟过程中，是分开模拟前10ns，结束之后再进行后10ns，这样修改mdp文件。 还是说一个mdp文件，能够前10ns采用第一种方式，后10ns采用第二种方式？还是什么办法？ 5：MD模拟的开始，他说缺少参数，通过DFT计算得到了？这个是什么意思？我们对分子做出来的GAFF力场还缺少参数？具体应该如何做呢，有没有相应的帖子或者案例。谢谢 我想模拟的就是有机分子做成 的薄膜，不知道老师有什么好的建议，或者相对清晰的模拟过程。 谢谢老师的指点。  1.png  2.png |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
随风zzd» 猜你喜欢
工科学硕305求调剂
已经有4人回复
-
基金和生小孩
已经有27人回复
-
请问教育部人文社科难度大吗
已经有14人回复
-
傅克酰基化，产率大于百分之一百，求解，很急
已经有8人回复
-
事业单位还是大学好？
已经有5人回复
-
某系主任被同校教授举报包养情妇、长期嫖娼
已经有9人回复
-
土木工程281求调剂
已经有4人回复
-
颜宁：基础研究应该“立地”,即从需求端作为问题的出发点，立项背景就是面向真实需求
已经有4人回复
-
浙江海洋大学 船舶与海运学院 交通运输专硕 （交通信息工程及控制）接收调节
已经有8人回复
-
迟国泰通过向学生发放劳务费再回收的方式套取科学基金重点项目
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
接收08开头的调剂学生 http://www.sxdtdx.edu.cn/news-show-31395.html
+5/640
-
最美的风景，依旧是你的笑容
+3/195
-
求分析化学和无机及分析化学电子教材！
+1/96
-
青岛科技大学材料学院2024年招收攻读硕士学位研究生调剂考生复试通知
+1/87
-
宁波东方理工大学金大勇院士团队招聘
+1/85
-
071000生物学，总分316求调剂
+1/49
-
青岛农业大学化学与药学院院长团队招生考研调剂生！
+2/32
-
上海交通大学化工学院邱惠斌教授课题组招聘博士后
+1/31
-
汕头大学接收调剂研究生
+1/12
-
招收一名化工或者化学专业博士生
+1/8
-
上海交通大学材料学院助理教授于绪江招录硕士生
+1/8
-
求教职/海外博后推荐！
+1/7
-
求助分析拉曼
+1/7
-
cyclohexyl alcohol为什么不是“cyclohexayl”alcohol? hexa为什么省略a
+1/7
-
青岛科技大学材料学院最后上岸机会！！！
+5/5
-
休斯顿大学招收smart sensing方向全奖博士2024秋季入学
+1/4
-
苯甲酰氯和N，N-双(3-氨丙基)甲胺反应
+1/4
-
求大神
+1/3
-
休斯顿大学招收化学工程方向全奖博士2024秋季入学
+1/2
-
哈尔滨工业大学医学与健康学院王广通副教授招收硕士研究生
+1/2
+5/640
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小范范1989: 金币+10, 非常感谢老师指点，谢谢老师 2017-10-17 14:25:50
smutao: 金币+3 2018-01-14 07:00:29
小范范1989: 金币+10, 非常感谢老师指点，谢谢老师 2017-10-17 14:25:50
smutao: 金币+3 2018-01-14 07:00:29
|
1：周期性退火不是找能量最低点的，能量最低点是通过EM来找的。这里模拟的重点不是要得到0K时能量最小的点，对于大多数有机系统这样的能量最低点是很难找到的，而且也没有太大意义。模拟的重点是要找到实验温度和压力下的平衡态结构。所以一般通过EM找到一个能量相对低的点，然后通过eq把系统加热到想要的温度，这个可以分几步，也可以一步到位。最后就是在NVT，或者NPT系统下，进行模拟找到系统的平衡结构。因为要加温，所以起始构型是不是能量最低不太重要，只要g构型差的不是太远，最后加温后的结构都会差不多。 2：这个看自己研究的需要，一般可能就从最后10ns里随机选一些构型作为初始构型进行下一步研究。 3：对于一般的系统来说，30ns不算长。就是一个初始的平衡过程。 4：是的，这个是分两步进行的，需要修改mdp文件 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
13楼2017-10-17 11:08:52
5楼2017-10-16 22:21:40
11楼2017-10-17 10:52:02
19楼2017-10-17 14:39:18
26楼2018-01-12 14:27:41
27楼2018-01-13 16:12:35
28楼2018-01-13 22:55:45
29楼2019-01-09 11:26:27
简单回复
2017-10-16 21:23
回复
2017-10-16 21:26
回复
nono20094楼
2017-10-16 21:34
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
朙天儿6楼
2017-10-16 23:07
回复
2017-10-17 09:37
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
skyish8楼
2017-10-17 09:51
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
一 发自小木虫IOS客户端
一杯绿豆9楼
2017-10-17 10:45
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
^_^ 发自小木虫IOS客户端
岩拔t810楼
2017-10-17 10:47
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
M 发自小木虫IOS客户端
假大空12楼
2017-10-17 10:53
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
顶
syhorchid14楼
2017-10-17 11:11
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
诛仙青云15楼
2017-10-17 11:12
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
k 发自小木虫IOS客户端
迷丝忒陈16楼
2017-10-17 11:12
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
^_^ 发自小木虫IOS客户端
slytjiaofei17楼
2017-10-17 11:30
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
沙沙鱼18楼
2017-10-17 11:48
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
^_^ 发自小木虫IOS客户端
hongyingwu20楼
2017-10-17 15:03
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
qyj200621楼
2017-10-17 18:58
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
o 发自小木虫Android客户端
yuzhuce22楼
2017-10-17 20:11
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
祝福 发自小木虫IOS客户端
nicenicey23楼
2017-10-17 20:32
回复
sz_kebaoyuan24楼
2017-10-17 23:00
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
zhgjiang25楼
2017-10-17 23:47
回复
