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Ivy尘

新虫 (正式写手)

[求助] Autodock对接酶和产物,binding energy极低,可信么

新手上路,刚搞懂autodock操作,但是许多参数还不太了解。如题,对接产物1后binding energy低达  -290000,结合点和文献报道的不太一样,这样可信么?对应的底物是 -7.31*e^13
Autodock对接酶和产物,binding energy极低,可信么

产物2对接,binding energy 是6.9, 对应的底物是 -6.1

而且,使用Genetic Algorithm  遗传算法,参数Maximun Number of evals 改为500000,Autodock操作一次可能没结果,但是多打开dlg文件几次,就会多结果,正常么?-290000这个 模型即使第4-5次打开dlg文件,才出现的。

Cluster后,应该选择binding energy最低的模型还是 丰度更高的模型?

Autodock对接酶和产物,binding energy极低,可信么-1

Autodock对接酶和产物,binding energy极低,可信么-2


Autodock对接酶和产物,binding energy极低,可信么-3
QQ截图20171011162600.png


Autodock对接酶和产物,binding energy极低,可信么-4
QQ截图20171011162659.png
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Ivy尘

新虫 (正式写手)

求大神出没啊~~~
2楼2017-10-11 19:09:10
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hclwonder

新虫 (正式写手)

对接的打分结果(比如autodock的binding energy)是不可信的

发自小木虫Android客户端
3楼2017-10-13 12:49:56
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Ivy尘

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hclwonder at 2017-10-13 12:49:56
对接的打分结果(比如autodock的binding energy)是不可信的

那怎么选呢。。。
4楼2017-10-13 13:58:19
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hclwonder

新虫 (正式写手)

首先选个好软件,autodock虽然用的比较多,但精度一般,其改进版vina应该好一些。软件给出的排序可作参考,但不一定对。

发自小木虫Android客户端
5楼2017-10-13 18:56:47
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hclwonder

新虫 (正式写手)

挑好的对接结果是需要经验的。否则,就只能多选几个对接结果了,其中有正确结合模式的概率就大些了。

发自小木虫Android客户端

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6楼2017-10-13 18:59:03
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Ivy尘

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by hclwonder at 2017-10-13 18:59:03
挑好的对接结果是需要经验的。否则,就只能多选几个对接结果了,其中有正确结合模式的概率就大些了。

谢谢啊!
7楼2017-10-14 09:13:16
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