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zcsyyw

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 求助 解一个晶体已有2人参与

这个晶体存在无序,希望大神多费心。  P1空间群,R1在0.08以下。 附上了结构图以及参数不合格的cif。 @lich666
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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by zcsyyw at 2017-10-11 13:48:04
你好,感谢回复,但是P-1的结构存在以下几个问题。  有一个质子化的N上没有加氢,晶体的R1值偏大(大于0.08),有alert A B。  可以参考我发的cif文件。...

链接: https://pan.baidu.com/s/1kVegWnX 密码: a7jm
P-1可以解。但是R1值确实有点大
以大多数人的努力程度,还轮不到去拼天赋的地步
5楼2017-10-11 14:22:27
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我想更懂你29

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【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by zcsyyw at 2017-10-11 15:00:48
你好,goof值和R1值都很大。数据审核不会通过的。 抱歉拉不过多谢!...

这个不能就单单看R1值高不高,即使P1的时候R1值低,但是如果真实情况就是非手性的,那么就要按照P-1去解析,我们之前投稿,做的手性化合物,按照P-1修无序去处理数据,但是审稿人认为这一定是手性化合物,我们就按照P1去解析的,这就会出现ADDSYM Detects New (Pseudo) Centre of Symmetry .         96 %Fit  ,所以我们按照P1解也接受了,我觉的一个有经验的审稿人,尤其是晶体学审稿人,不会单单看这几个数值,建议你通过非晶体学手段去表征化合物的手性与否,如果确定是手性的,那么就P1,非手性的就P-1, 祝好运

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以大多数人的努力程度,还轮不到去拼天赋的地步
9楼2017-10-11 15:45:58
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我想更懂你29

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【答案】应助回帖

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zcsyyw: 金币+1000, ★★★★★最佳答案, 准备采用我上传的那个cif(怕) 2017-10-15 10:15:40
引用回帖:
10楼: Originally posted by zcsyyw at 2017-10-12 15:29:37
感谢回复,这个晶体按照p1解的时候属实存在对称问题。我们之前有个稿子投出去后,因为有个晶体也是这个问题被编辑返回,要求修改。重新处理过后才算过关的,所以,出现了同样的问题,只能采用升级空间群处理,把投 ...

还是建议你用非晶体学手段去证明空间群,这种问题可以试着说明一下,你参考一下我的说法:
我们仔细检查了衍射数据:Rint,I/σ及完成度表明很好的晶体质量,首先,我们使用P1空间群解析了晶体结构 (R1=?,GOOF=?),晶体中包含几个酸,几个胺,几个水,但是platon及check cif提示有更高的对称性,因此,我们使用P-1空间群去解析晶体结构 (R1=?,GOOF=?),晶体中包含几个酸,几个胺,几个水,必须强调的是,手性碳无序可能引起消旋化,最后,结合某某非晶体学手段,我们认为某个空间群是正确的,尽管check cif中存在更高的对称性提示或者高的R1值及GOOF值

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以大多数人的努力程度,还轮不到去拼天赋的地步
12楼2017-10-12 20:32:06
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sunzan

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
链接: https://pan.baidu.com/s/1jHPVOGm 密码: szmt
2楼2017-10-11 10:42:19
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sunzan

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sunzan at 2017-10-11 10:42:19
链接: https://pan.baidu.com/s/1jHPVOGm 密码: szmt

1位P-1,2为P1。
3楼2017-10-11 10:43:15
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zcsyyw

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sunzan at 2017-10-11 10:43:15
1位P-1,2为P1。...

你好,感谢回复,但是P-1的结构存在以下几个问题。  有一个质子化的N上没有加氢,晶体的R1值偏大(大于0.08),有alert A B。  可以参考我发的cif文件。
4楼2017-10-11 13:48:04
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sunzan

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by zcsyyw at 2017-10-11 13:48:04
你好,感谢回复,但是P-1的结构存在以下几个问题。  有一个质子化的N上没有加氢,晶体的R1值偏大(大于0.08),有alert A B。  可以参考我发的cif文件。...

P-1的我也看了,N上氢好加,但是不管怎么样,R值降不下去,我就没有继续。这次我就给你把氢加上吧,但是R值肯定降不下来。链接: https://pan.baidu.com/s/1c2uAjew 密码: wwtv
6楼2017-10-11 14:43:35
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zcsyyw

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by sunzan at 2017-10-11 14:43:35
P-1的我也看了,N上氢好加,但是不管怎么样,R值降不下去,我就没有继续。这次我就给你把氢加上吧,但是R值肯定降不下来。链接: https://pan.baidu.com/s/1c2uAjew 密码: wwtv...

这个结构只能用p-1的解,p1的含有对称元素,能升级为p-1.  p-1的R1降不下去不行,审稿的时候晶体不通过。
7楼2017-10-11 14:55:49
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zcsyyw

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2017-10-11 14:22:27
链接: https://pan.baidu.com/s/1kVegWnX 密码: a7jm
P-1可以解。但是R1值确实有点大...

你好,goof值和R1值都很大。数据审核不会通过的。 抱歉拉不过多谢!
8楼2017-10-11 15:00:48
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zcsyyw

铁杆木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2017-10-11 15:45:58
这个不能就单单看R1值高不高,即使P1的时候R1值低,但是如果真实情况就是非手性的,那么就要按照P-1去解析,我们之前投稿,做的手性化合物,按照P-1修无序去处理数据,但是审稿人认为这一定是手性化合物,我们 ...

感谢回复,这个晶体按照p1解的时候属实存在对称问题。我们之前有个稿子投出去后,因为有个晶体也是这个问题被编辑返回,要求修改。重新处理过后才算过关的,所以,出现了同样的问题,只能采用升级空间群处理,把投稿风险降低。
10楼2017-10-12 15:29:37
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