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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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樱花崖下

木虫 (小有名气)

[求助] 高斯基态优化后苯环上多了一个键已有1人参与

哪位好心的大神帮忙解决一下优化问题啊，我用的高斯09版本，分子式进行s0优化的时候，优化完成后，在gaussian view里看s0opt.log文件的结构，发现苯环上突然多了一个键，哪位大神知道怎么回事，小生刚开始学计算，现在一步也进行不下去啊，下面是我的图，只有C、N、H原子，用的是b3lyp/6-31g*进行的优化

高斯基态优化后苯环上多了一个键
360截图20170907172310617.jpg
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1楼2017-09-07 17:30:58
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lkk1213

新虫 (正式写手)
GV显示的成键，是根据原子间的距离判断的，不必太在意，

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樱花崖下
4楼2017-09-08 20:01:08
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把出错的苯环删掉，换成一个正确的苯环。试着旋转苯环的角度，每个角度做一次优化。
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我永远当不了老板
3楼2017-09-08 14:08:50
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ABetaCare

捐助贵宾 (著名写手)
3楼别坑新人可以吗？同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的，一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系，但是打开out输出文件时候还是会重新判断连接。

量化计算只依赖于输入文件里面的坐标，几重键什么的不影响最终结果。分子力学计算才需要依赖连接关系。

如果你真的想知道最后形成了几重键，可以用Multiwfn算一下mayer键级。

sob老师离开小木虫，对于后来人真的是一个损失，很大很大的损失。
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樱花崖下
懂一点点弱相互作用分析的电脑小白、EQ贫困户、高SQ烧脑症、自然科学忠实信徒、日常CSI下饭族。
5楼2017-09-09 09:16:14
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普通回帖

樱花崖下

木虫 (小有名气)
没有人解决么
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2楼2017-09-08 08:31:05
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
樱花崖下: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2017-09-13 09:02:29
优化后的结果如下
高斯基态优化后苯环上多了一个键-1
gjf和log文件放在附件里了，你可以检查一下。
我猜测你优化出错的原因可能是把所有的二面角都设成了0度或者180度。这时的结构容易优化到过渡态上。
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    • 2017-09-11 10:01:30, 744.48 K
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    • 2017-09-11 10:01:31, 3.18 K

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樱花崖下
我永远当不了老板
6楼2017-09-11 10:03:36
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樱花崖下

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-09-11 10:03:36
优化后的结果如下

gjf和log文件放在附件里了，你可以检查一下。
我猜测你优化出错的原因可能是把所有的二面角都设成了0度或者180度。这时的结构容易优化到过渡态上。...

感谢大神！！！
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7楼2017-09-11 22:40:56
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樱花崖下

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by lkk1213 at 2017-09-08 20:01:08
GV显示的成键，是根据原子间的距离判断的，不必太在意，

感谢大神 我再问一下 这里的实键和虚键是什么意思 我从CCDD上下载的晶体结构 看的时候还是双键 下载后就变成单键了 这是怎么回事呢
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8楼2017-09-11 22:45:22
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樱花崖下

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ABetaCare at 2017-09-09 09:16:14
3楼别坑新人可以吗？同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的，一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系，但是打开out输出文件时候还是 ...

小生真是羞愧 初学计算竟不知有sob老师 我搜一下
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9楼2017-09-11 22:48:40
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lkk1213

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ABetaCare at 2017-09-09 09:16:14
3楼别坑新人可以吗？同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的，一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系，但是打开out输出文件时候还是 ...

你才是大神

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10楼2017-09-11 23:55:16
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