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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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拉格朗日啊

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 测序结果分析已有3人参与

求虫友帮助 鉴定某菌（不知是真菌还是细菌）
我用16SrDNA通用引物提取，然后PCR，送去测序。正向测序结果是双峰，反向测序结果良好。我用反向测序结果在NCBI上blast，选取同源性较高的一些种类。用MEGA6.0建立发育树，结果如图，求解

测序结果分析
16s7.PNG
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1楼2017-09-06 22:38:49
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

通常细菌16S序列建树是为了看未知的种大致能聚到哪一已知的类群，所以选择合适的近缘种和外群组作为参照很重要，可以选择几个同属但不同种的，再选若干其他近缘属的作为外群组，这样的比对效果才好。如果你测序的质量和拼装质量都过关的话，从你的树大致判断很可能是参照序列选择的不合适。
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9楼2017-10-07 05:45:41
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看一下bootstrap consensus tree的情况

发自小木虫IOS客户端
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2楼2017-09-07 07:08:58
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曲水流

新虫 (正式写手)
不知道是真菌还是细菌怎么会选16s

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3楼2017-09-07 16:31:49
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拉格朗日啊

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 曲水流 at 2017-09-07 16:31:49
不知道是真菌还是细菌怎么会选16s

想用16s,its来分析它是真菌还是细菌
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4楼2017-09-07 16:34:13
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